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- EMDB-26833: Structure of the homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26833
タイトルStructure of the homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex
マップデータFull map
試料
  • 複合体: homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-25
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-17 receptor B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth ...interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth / defense response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Interleukin-17 family ...Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-25 / Interleukin-17 receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wilson SC / Caveney NA / Jude KM / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Organizing structural principles of the IL-17 ligand-receptor axis.
著者: Steven C Wilson / Nathanael A Caveney / Michelle Yen / Christoph Pollmann / Xinyu Xiang / Kevin M Jude / Maximillian Hafer / Naotaka Tsutsumi / Jacob Piehler / K Christopher Garcia /
要旨: The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ...The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ligand-receptor signalling assemblies remain unclear. IL-17E (also known as IL-25) is a key regulator of type 2 immune responses and driver of inflammatory diseases, such as allergic asthma, and requires both IL-17 receptor A (IL-17RA) and IL-17RB to elicit functional responses. Here we studied IL-25-IL-17RB binary and IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary complexes using a combination of cryo-electron microscopy, single-molecule imaging and cell-based signalling approaches. The IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary signalling assembly is a C2-symmetric complex in which the IL-25-IL-17RB homodimer is flanked by two 'wing-like' IL-17RA co-receptors through a 'tip-to-tip' geometry that is the key receptor-receptor interaction required for initiation of signal transduction. IL-25 interacts solely with IL-17RB to allosterically promote the formation of the IL-17RB-IL-17RA tip-to-tip interface. The resulting large separation between the receptors at the membrane-proximal level may reflect proximity constraints imposed by the intracellular domains for signalling. Cryo-electron microscopy structures of IL-17A-IL-17RA and IL-17A-IL-17RA-IL-17RC complexes reveal that this tip-to-tip architecture is a key organizing principle of the IL-17 receptor family. Furthermore, these studies reveal dual actions for IL-17RA sharing among IL-17 cytokine complexes, by either directly engaging IL-17 cytokines or alternatively functioning as a co-receptor.
履歴
登録2022年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.026378714 - 2.1835
平均 (標準偏差)0.0012293906 (±0.023604373)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 218.1376 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26833_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_26833_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_26833_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex

全体名称: homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex
要素
  • 複合体: homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-25
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-17 receptor B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex

超分子名称: homodimeric IL-25-IL-17RB binary complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-25

分子名称: Interleukin-25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.490201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DASATHTYSH WPSCCPSKGQ DTSEELLRWS TVPVPPLEPA RPNRHPESCR ASEDGPLNSR AISPWRYELD RDLNRLPQDL YHARCLCPH CVSLQTGSHM DPRGNSELLY HNQTVFYRRP CHGEKGTHKG YCLERRLYRV SLACVCVRPR VMGAPAALEV L FQGPGAAG LNDIFEAQKI EWHEHHHHHH

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分子 #2: Interleukin-17 receptor B

分子名称: Interleukin-17 receptor B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.196123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: REPTVQCGSE TGPSPEWMLQ HDLIPGDLRD LRVEPVTTSV ATGDYSILMN VSWVLRADAS IRLLKATKIC VTGKSNFQSY SCVRCNYTE AFQTQTRPSG GKWTFSYIGF PVELNTVYFI GAHNIPNANM NEDGPSMSVN FTSPGCLDHI MKYKKKCVKA G SLWDPNIT ...文字列:
REPTVQCGSE TGPSPEWMLQ HDLIPGDLRD LRVEPVTTSV ATGDYSILMN VSWVLRADAS IRLLKATKIC VTGKSNFQSY SCVRCNYTE AFQTQTRPSG GKWTFSYIGF PVELNTVYFI GAHNIPNANM NEDGPSMSVN FTSPGCLDHI MKYKKKCVKA G SLWDPNIT ACKKNEETVE VNFTTTPLGN RYMALIQHST IIGFSQVFEP HQKKQTRASV VIPVTGDSEG ATVQLTPYFP TC GSDCIRH KGTVVLCP

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 712571
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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