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- EMDB-2668: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2668
タイトルMxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome
マップデータmxiN mutant structure
試料
  • 試料: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome
  • 細胞器官・細胞要素: Shigella Type III secretion injectisome
キーワードMxiN mutant / T3SS / Secretion
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Hu B / Margolin W / Rohde J / Picking WL / Picking WD / Liu J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Visualization of the type III secretion sorting platform of Shigella flexneri.
著者: Bo Hu / Dustin R Morado / William Margolin / John R Rohde / Olivia Arizmendi / Wendy L Picking / William D Picking / Jun Liu /
要旨: Bacterial type III secretion machines are widely used to inject virulence proteins into eukaryotic host cells. These secretion machines are evolutionarily related to bacterial flagella and consist of ...Bacterial type III secretion machines are widely used to inject virulence proteins into eukaryotic host cells. These secretion machines are evolutionarily related to bacterial flagella and consist of a large cytoplasmic complex, a transmembrane basal body, and an extracellular needle. The cytoplasmic complex forms a sorting platform essential for effector selection and needle assembly, but it remains largely uncharacterized. Here we use high-throughput cryoelectron tomography (cryo-ET) to visualize intact machines in a virulent Shigella flexneri strain genetically modified to produce minicells capable of interaction with host cells. A high-resolution in situ structure of the intact machine determined by subtomogram averaging reveals the cytoplasmic sorting platform, which consists of a central hub and six spokes, with a pod-like structure at the terminus of each spoke. Molecular modeling of wild-type and mutant machines allowed us to propose a model of the sorting platform in which the hub consists mainly of a hexamer of the Spa47 ATPase, whereas the MxiN protein comprises the spokes and the Spa33 protein forms the pods. Multiple contacts among those components are essential to align the Spa47 ATPase with the central channel of the MxiA protein export gate to form a unique nanomachine. The molecular architecture of the Shigella type III secretion machine and its sorting platform provide the structural foundation for further dissecting the mechanisms underlying type III secretion and pathogenesis and also highlight the major structural distinctions from bacterial flagella.
履歴
登録2014年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月2日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 955.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mxiN mutant structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10 Å/pix.
x 100 pix.
= 1000. Å		10 Å/pix.
x 50 pix.
= 500. Å		10 Å/pix.
x 50 pix.
= 500. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-3.23486185 - 4.88196659
平均 (標準偏差)0.0 (±1.00000012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-25-25-50
サイズ5050100
Spacing5050100
セルA: 500.0 Å / B: 500.0 Å / C: 1000.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z101010
M x/y/z5050100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z500.000500.0001000.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-25-25-50
NC/NR/NS5050100
D min/max/mean-3.2354.882-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome

全体名称: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome
要素
  • 試料: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome
  • 細胞器官・細胞要素: Shigella Type III secretion injectisome

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超分子 #1000: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome

超分子名称: MxiN mutant structure of Shigella Type III secretion injectisome
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Shigella Type III secretion injectisome

超分子名称: Shigella Type III secretion injectisome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: 200 mesh carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2014年2月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 17385 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.01 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.008 µm / 倍率（公称値）: 15500
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The subtomograms were visually selected
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, RAPTOR, PROTOMO / 使用したサブトモグラム数: 582
最終 3次元分類クラス数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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