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- EMDB-26670: Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an asso... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26670
タイトルRhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an associated apical vesicle
マップデータRhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an associated apical vesicle
試料
  • 細胞: Plasmodium falciparum merozoite
    • 複合体: Rhoptry secretory apparatus
    • 細胞器官・細胞要素: Apical vesicle
キーワードExocytosis Membrane Parasite / CELL INVASION
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.0 Å
データ登録者Martinez M / Chang Y-W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation 米国
引用
ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Rhoptry secretion system structure and priming in Plasmodium falciparum revealed using in situ cryo-electron tomography.
著者: Matthew Martinez / William David Chen / Marta Mendonça Cova / Petra Molnár / Shrawan Kumar Mageswaran / Amandine Guérin / Audrey R Odom John / Maryse Lebrun / Yi-Wei Chang /
要旨: Apicomplexan parasites secrete contents of the rhoptries, club-shaped organelles in the apical region, into host cells to permit their invasion and establishment of infection. The rhoptry secretory ...Apicomplexan parasites secrete contents of the rhoptries, club-shaped organelles in the apical region, into host cells to permit their invasion and establishment of infection. The rhoptry secretory apparatus (RSA), which is critical for rhoptry secretion, was recently discovered in Toxoplasma and Cryptosporidium. It is unknown whether a similar molecular machinery exists in the malaria parasite Plasmodium. In this study, we use in situ cryo-electron tomography to investigate the rhoptry secretion system in P. falciparum merozoites. We identify the presence of an RSA at the cell apex and a morphologically distinct apical vesicle docking the tips of the two rhoptries to the RSA. We also discover two additional rhoptry organizations that lack the apical vesicle. Using subtomogram averaging, we reveal different conformations of the RSA structure corresponding to different rhoptry organizations. Our results highlight previously unknown steps in the process of rhoptry secretion and indicate a regulatory role for the conserved apical vesicle in host invasion by apicomplexan parasites.
#1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2022
タイトル: In situ structure and priming mechanism of the rhoptry secretion system in Plasmodium revealed by cryo-electron tomography
著者: Martinez M / Chen WD / Cova MM / Molnar P / Mageswaran SK / Guerin A / Odom John AR / Lebrun M / Chang Y-W
履歴
登録2022年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an associated apical vesicle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.6 Å/pix.
x 90 pix.
= 954. Å		10.6 Å/pix.
x 90 pix.
= 954. Å		10.6 Å/pix.
x 90 pix.
= 954. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.2
最小 - 最大-13.780433 - 12.055191000000001
平均 (標準偏差)0.0000026727116 (±1.719382)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-45-45-45
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 954.00006 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26670_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an...

ファイルemd_26670_half_map_1.map
注釈Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an associated apical vesicle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an...

ファイルemd_26670_half_map_2.map
注釈Rhoptry secretory apparatus of Plasmodium falciparum with an associated apical vesicle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum merozoite

全体名称: Plasmodium falciparum merozoite
要素
  • 細胞: Plasmodium falciparum merozoite
    • 複合体: Rhoptry secretory apparatus
    • 細胞器官・細胞要素: Apical vesicle

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超分子 #1: Plasmodium falciparum merozoite

超分子名称: Plasmodium falciparum merozoite / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Rhoptry secretory apparatus

超分子名称: Rhoptry secretory apparatus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: 8-fold symmetric protein structure, anchored into the plasma membrane, which docks the associated apical vesicle to the plasma membrane
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Organelle: Apical complex / 細胞中の位置: Cytoplasm

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超分子 #3: Apical vesicle

超分子名称: Apical vesicle / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: A small vesicle at the rhoptry tips that is docked at the rhoptry secretory apparatus.
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Organelle: Apical complex / 細胞中の位置: Cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: RPMI medium modified with 27 mM NaHCO3, 11 mM glucose, 5 mM HEPES, 0.01 mM thymidine, 1 mM sodium pyruvate, 0.37 mM hypoxanthine, 10 ug/mL gentamicin, and 5 g/L Albumax
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Blot for 4 or 6 seconds from the front before plunging.
詳細Mechanically isolated merozoites from a highly synchronous culture of Plasmodium falciparum schizonts

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 9 / 平均露光時間: 0.45 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
詳細: Images were collected in dose-fractionation mode with 0.1 second exposure per frame, for a total of 0.4 or 0.5 seconds per tilt image
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: The "adaptive bandpass filtering" method in Dynamo was used. An ellipsoid mask covering the rhoptry secretory apparatus structure and the top of the apical vesicle was used for FSC calculation.
使用したサブトモグラム数: 149
抽出トモグラム数: 149 / 使用した粒子像数: 149
参照モデル: Average of manually preoriented particles with no search refinement
手法: Volumes picked manually
ソフトウェア:
名称詳細
IMOD (ver. 4.11.5)Volume selection
Dynamo (ver. 1.1.509)Volume extraction

詳細: In IMOD, volumes were manually selected and preoriented
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.509)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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