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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26547 | |||||||||
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タイトル | Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator) | |||||||||
マップデータ | Mediator-PIC Early (Tail A Upstream DNA) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Divergent transcription / Mediator / RNA Polymerase II / PIC / Pre-Initiation / Activation / Transcription Factor / Gal4 / Gal4VP16 / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / galactose metabolic process / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / TFIIB-class transcription factor binding ...TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / galactose metabolic process / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / TFIIB-class transcription factor binding / replicative senescence / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / response to endoplasmic reticulum stress / transcription repressor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / cellular response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorbea Colon JJ / Chen S-F / Tsai KL / Murakami K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter. 著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami / 要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26547.map.gz | 40.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26547-v30.xml emd-26547.xml | 27.1 KB 27.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26547.png | 39.7 KB | ||
マスクデータ | emd_26547_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26547.cif.gz | 9.1 KB | ||
その他 | emd_26547_half_map_1.map.gz emd_26547_half_map_2.map.gz | 40.5 MB 40.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26547 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26547 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26547_validation.pdf.gz | 678.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26547_full_validation.pdf.gz | 678.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26547_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26547_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26547 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26547 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uikMC 7ui9C 7uicC 7uifC 7uigC 7uilC 7uioC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26547.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mediator-PIC Early (Tail A Upstream DNA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26547_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_26547_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26547_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Med-PICEarly (TailA+Activator & DNA Class 1)
+超分子 #1: Med-PICEarly (TailA+Activator & DNA Class 1)
+分子 #1: DNA (38-MER)
+分子 #2: DNA (37-MER)
+分子 #3: Regulatory protein GAL4
+分子 #4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
+分子 #5: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
+分子 #6: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
+分子 #7: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
+分子 #8: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
+分子 #9: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 40900 / 平均露光時間: 3.4 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199834 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |