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- EMDB-26458: Structure of lineage I (Pinneo) Lassa virus glycoprotein bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26458
タイトルStructure of lineage I (Pinneo) Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C
    • タンパク質・ペプチド: 25.10C Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 25.10C Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードviral glycoprotein / antibody Fab fragment / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lassa mammarenavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Buck TK / Enriquez AE / Hastie KM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI137809 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI141251 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: Neutralizing Antibodies against Lassa Virus Lineage I.
著者: Tierra K Buck / Adrian S Enriquez / Sharon L Schendel / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / Haoyang Li / Alex Moon-Walker / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica ...著者: Tierra K Buck / Adrian S Enriquez / Sharon L Schendel / Michelle A Zandonatti / Stephanie S Harkins / Haoyang Li / Alex Moon-Walker / James E Robinson / Luis M Branco / Robert F Garry / Erica Ollmann Saphire / Kathryn M Hastie /
要旨: Lassa virus (LASV) is the causative agent of the deadly Lassa fever (LF). Seven distinct LASV lineages circulate through western Africa, among which lineage I (LI), the first to be identified, is ...Lassa virus (LASV) is the causative agent of the deadly Lassa fever (LF). Seven distinct LASV lineages circulate through western Africa, among which lineage I (LI), the first to be identified, is particularly resistant to antibody neutralization. Lineage I LASV evades neutralization by half of known antibodies in the GPC-A antibody competition group and all but one of the antibodies in the GPC-B competition group. Here, we solve two cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of LI GP in complex with a GPC-A and a GPC-B antibody. We used complementary structural and biochemical techniques to identify single-amino-acid substitutions in LI that are responsible for immune evasion by each antibody group. Further, we show that LI infection is more dependent on the endosomal receptor lysosome-associated membrane protein 1 (LAMP1) for viral entry relative to LIV. In the absence of LAMP1, LI requires a more acidic fusion pH to initiate membrane fusion with the host cell relative to LIV. No vaccine or therapeutics are approved to prevent LASV infection or treat LF. All vaccine platforms currently under development present only the LIV GP sequence. However, our data suggest that the high genetic diversity of LASV may be problematic for designing both a broadly reactive immunogen and therapeutic. Here, we examine antibodies that are highly potent against LIV yet are ineffective against LI. By pinpointing LI mutations responsible for this decrease in antibody efficacy, we suggest that future vaccine platforms may need to incorporate specific LI-like mutations in order to generate a broadly neutralizing antibody response against all LASV lineages.
履歴
登録2022年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 420.864 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 420.864 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 420.864 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0017336241 - 2.7971716
平均 (標準偏差)0.0005301072 (±0.01708752)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 420.86398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_26458_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_26458_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_26458_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C

全体名称: Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C
要素
  • 複合体: Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C
    • タンパク質・ペプチド: 25.10C Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 25.10C Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C

超分子名称: Lineage I Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: 25.10C Fab Heavy Chain

分子名称: 25.10C Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.27025 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLQESGGG LVKPGGSLRL SCTASGFNFN KYNMNWVRQA PGKGLEWVSS ISALSTYIYY ADSLKGRFTV SRDNAKNSLF LQMNSLRDD DTAVYYCARE IRRASTWSAD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLQESGGG LVKPGGSLRL SCTASGFNFN KYNMNWVRQA PGKGLEWVSS ISALSTYIYY ADSLKGRFTV SRDNAKNSLF LQMNSLRDD DTAVYYCARE IRRASTWSAD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDK

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分子 #2: 25.10C Fab Light Chain

分子名称: 25.10C Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.812377 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVII TCRASQSISS SLNWYQQKPG KAPKLLIYAA VNLETGVPSR FSGSGFGTDF TLAISNVQPE DFATYYCQQ SDTRTFGRGT KLDVKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES V TEQDSKDS ...文字列:
IQMTQSPSSL SASVGDRVII TCRASQSISS SLNWYQQKPG KAPKLLIYAA VNLETGVPSR FSGSGFGTDF TLAISNVQPE DFATYYCQQ SDTRTFGRGT KLDVKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES V TEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR G

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分子 #3: Glycoprotein G1

分子名称: Glycoprotein G1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 28.987398 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MGQIITFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSLLA ILKGLYNIAT CGIIGLVAFL FLCGKSCSLT LKGGYELQTL ELNMETLNMT MPLSCTKNS SHHYIRVGNE TGLELTLTNT SIINHKFCNL SDAHKKNLYD HALMSIISTF HLSIPNFNQY EAMSCDFNGG K ISVQYNLS ...文字列:
MGQIITFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSLLA ILKGLYNIAT CGIIGLVAFL FLCGKSCSLT LKGGYELQTL ELNMETLNMT MPLSCTKNS SHHYIRVGNE TGLELTLTNT SIINHKFCNL SDAHKKNLYD HALMSIISTF HLSIPNFNQY EAMSCDFNGG K ISVQYNLS HSYAGDAAEH CGTVANGVLQ TFMRMAWGGR YIALDSGCGN WDCIMTSYQY LIIQNTTWED HCQFSRPSPI GY LGLLSQR TRDIYISRRR R

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #4: Glycoprotein G2

分子名称: Glycoprotein G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス)
分子量理論値: 23.348145 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: GTFTWTLSDS EGNETPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIRRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTSSG RTSLPKCWLI SNGSYLNETQ FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y LPETGLVD ...文字列:
GTFTWTLSDS EGNETPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIRRLKAP AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MCIPYCNYSK YWYLNHTSSG RTSLPKCWLI SNGSYLNETQ FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y LPETGLVD LEVDDDDKAG WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 152874
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5vk2


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7uds:
Structure of lineage I (Pinneo) Lassa virus glycoprotein bound to Fab 25.10C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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