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- EMDB-26406: Structure of enolase from Streptococcus Pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26406
タイトルStructure of enolase from Streptococcus Pyogenes
マップデータImage of Cryo-Em Map of Octameric streptococcal Enolase
試料
  • 複合体: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
    • タンパク質・ペプチド: Streptococcal Surface Enolase
キーワードmetalloenzyme / lyase / hPg-Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tjia-Fleck S / Readnour B / Castellino FJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013423 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Single-Particle Cryo-EM Hydrated Structure of Enolase Offers Insights into Its Function as a Plasminogen Receptor.
著者: Sheiny Tjia-Fleck / Bradley M Readnour / Yetunde A Ayinuola / Francis J Castellino /
要旨: Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host ...Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host inhibitors. One such PgR is the moonlighting enzyme, enolase, some of which leaves the cytoplasm and resides at the cell surface to potentially function as a PgR. Since microbes employ conscription of host Pg by PgRs as one virulence mechanism, we explored the structural basis of the ability of enolase (Sen) to function in this manner. Employing single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), recombinant Sen from was modeled at 2.6 Å as a stable symmetrical doughnut-shaped homooctamer with point group 422 (D4) symmetry, with a monomeric subunit molecular weight of ∼49 kDa. Binding sites for hPg were reported in other studies to include an internal K and the COOH-terminal K residues of Sen. However, in native Sen, the latter are buried within the minor interfaces of the octamer and do not function as a Pg-binding epitope. Whereas Sen and hPg do not interact in solution, when Sen is bound to a surface, hPg interacts with Sen independently of K. PgRs devoid of COOH-terminal lysine utilize lysine isosteres comprising a basic residue, "", and an anionic residue at " + 3" around one turn of an α-helix. We highlight a number of surface-exposed potential hPg-binding lysine isosteres and further conclude that while the octameric structure of Sen is critical for hPg binding, disruption of this octamer without dissociation exposes hPg-binding epitopes.
履歴
登録2022年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Image of Cryo-Em Map of Octameric streptococcal Enolase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.246
最小 - 最大-1.8541595 - 2.5878444
平均 (標準偏差)0.000019469257 (±0.0656735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 330.372 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26406_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Cryo-Em Map 1 of Octameric streptococcal Enolase

ファイルemd_26406_half_map_1.map
注釈Half Cryo-Em Map 1 of Octameric streptococcal Enolase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Cryo-Em Map 2 of Octameric streptococcal Enolase

ファイルemd_26406_half_map_2.map
注釈Half Cryo-Em Map 2 of Octameric streptococcal Enolase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes

全体名称: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
要素
  • 複合体: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
    • タンパク質・ペプチド: Streptococcal Surface Enolase

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超分子 #1: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes

超分子名称: Octameric structure of Enolase from Streoptococcus Pyogenes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Streptococcal Surface Enolase

分子名称: Streptococcal Surface Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQA IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYTYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP IAFQEFMIMP ...文字列:
HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQA IDRAMIALDG TPNKGKLGAN AILGVSIAVA RAAADYLEVP LYTYLGGFNT KVLPTPMMNI INGGSHSDAP IAFQEFMIMP VGAPTFKEGL RWGAEVFHAL KKILKERGLV TAVGDEGGFA PKFEGTEDGV ETILKAIEAA GYEAGENGIM IGFDCASSEF YDKERKVYDY TKFEGEGAAV RTSAEQVDYL EELVNKYPII TIEDGMDEND WDGWKVLTER LGKRVQLVGD DFFVTNTEYL ARGIKENAAN SILIKVNQIG TLTETFEAIE MAKEAGYTAV VSHRSGETED STIADIAVAT NAGQIKTGSL SRTDRIAKYN QLLRIEDQLG EVAQYKGIKS FYNLKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 0.05 mM / 構成要素 - 式: NaH2PO4 / 構成要素 - 名称: Sodium phospate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2756 / 平均電子線量: 61.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 813556
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 17
想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 442256
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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