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- EMDB-26346: Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-prim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26346
タイトルCryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state
マップデータHuman CST-Pol alpha/Primase bound to ssDNA in a recruitment state.
試料
  • 複合体: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in a recruitment state
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit CTC1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit STN1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit TEN1
    • DNA: canonical telomeric DNA sequence
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードFill-in / Telomere / Replication / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 ...CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / telomere maintenance via telomere lengthening / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / telomere capping / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / single-stranded telomeric DNA binding / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / primosome complex / G-rich strand telomeric DNA binding / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / bone marrow development / DNA strand elongation involved in DNA replication / intermediate filament cytoskeleton / hematopoietic stem cell proliferation / DNA synthesis involved in DNA repair / telomeric DNA binding / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / replicative senescence / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / spleen development / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / thymus development / positive regulation of DNA replication / Defective pyroptosis / multicellular organism growth / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / protein import into nucleus / positive regulation of fibroblast proliferation / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like ...CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit TEN1 / CST complex subunit STN1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Cai SW / Zinder JC / Svetlov V / Bush MW / Nudler E / Walz T / de Lange T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5 R35 CA210036 米国
Breast Cancer Research FoundationBCRF-19-036 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human CST-Polα/primase complex in a recruitment state.
著者: Sarah W Cai / John C Zinder / Vladimir Svetlov / Martin W Bush / Evgeny Nudler / Thomas Walz / Titia de Lange /
要旨: The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST- ...The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST-Polα/primase, captured prior to catalysis in a recruitment state stabilized by chemical cross-linking. Our structure reveals an evolutionarily conserved interaction between the C-terminal domain of the catalytic POLA1 subunit and an N-terminal expansion in metazoan CTC1. Cross-linking mass spectrometry and negative-stain EM analysis provide insight into CST binding by the flexible POLA1 N-terminus. Finally, Coats plus syndrome disease mutations previously characterized to disrupt formation of the CST-Polα/primase complex map to protein-protein interfaces observed in the recruitment state. Together, our results shed light on the architecture and stoichiometry of the metazoan fill-in machinery.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26346.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human CST-Pol alpha/Primase bound to ssDNA in a recruitment state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.041180167 - 0.084259294
平均 (標準偏差)0.000015990241 (±0.0018551061)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26346_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26346_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in...

全体名称: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in a recruitment state
要素
  • 複合体: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in a recruitment state
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit CTC1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit STN1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit TEN1
    • DNA: canonical telomeric DNA sequence
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in...

超分子名称: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in a recruitment state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 / 詳細: Sample was GraFix cross-linked with glutaraldehyde.
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: DNA primase small subunit

分子名称: DNA primase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.981012 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: METFDPTELP ELLKLYYRRL FPYSQYYRWL NYGGVIKNYF QHREFSFTLK DDIYIRYQSF NNQSDLEKEM QKMNPYKIDI GAVYSHRPN QHNTVKLGAF QAQEKELVFD IDMTDYDDVR RCCSSADICP KCWTLMTMAI RIIDRALKED FGFKHRLWVY S GRRGVHCW ...文字列:
METFDPTELP ELLKLYYRRL FPYSQYYRWL NYGGVIKNYF QHREFSFTLK DDIYIRYQSF NNQSDLEKEM QKMNPYKIDI GAVYSHRPN QHNTVKLGAF QAQEKELVFD IDMTDYDDVR RCCSSADICP KCWTLMTMAI RIIDRALKED FGFKHRLWVY S GRRGVHCW VCDESVRKLS SAVRSGIVEY LSLVKGGQDV KKKVHLSEKI HPFIRKSINI IKKYFEEYAL VNQDILENKE SW DKILALV PETIHDELQQ SFQKSHNSLQ RWEHLKKVAS RYQNNIKNDK YGPWLEWEIM LQYCFPRLDI NVSKGINHLL KSP FSVHPK TGRISVPIDL QKVDQFDPFT VPTISFICRE LDAISTNEEE KEENEAESDV KHRTRDYKKT SLAPYVKVFE HFLE NLDKS RKGELLKKSD LQKDF

UniProtKB: DNA primase small subunit

+
分子 #2: DNA primase large subunit

分子名称: DNA primase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.092102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGSMEFSGRK WRKLRLAGDQ RNASYPHCLQ FYLQPPSENI SLIEFENLAI DRVKLLKSVE NLGVSYVKGT EQYQSKLESE LRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD E EKTLREQE ...文字列:
GGSMEFSGRK WRKLRLAGDQ RNASYPHCLQ FYLQPPSENI SLIEFENLAI DRVKLLKSVE NLGVSYVKGT EQYQSKLESE LRKLKFSYR ENLEDEYEPR RRDHISHFIL RLAYCQSEEL RRWFIQQEMD LLRFRFSILP KDKIQDFLKD SQLQFEAISD E EKTLREQE IVASSPSLSG LKLGFESIYK IPFADALDLF RGRKVYLEDG FAYVPLKDIV AIILNEFRAK LSKALALTAR SL PAVQSDE RLQPLLNHLS HSYTGQDYST QGNVGKISLD QIDLLSTKSF PPCMRQLHKA LRENHHLRHG GRMQYGLFLK GIG LTLEQA LQFWKQEFIK GKMDPDKFDK GYSYNIRHSF GKEGKRTDYT PFSCLKIILS NPPSQGDYHG CPFRHSDPEL LKQK LQSYK ISPGGISQIL DLVKGTHYQV ACQKYFEMIH NVDDCGFSLN HPNQFFCESQ RILNGGKDIK KEPIQPETPQ PKPSV QKTK DASSALASLN SSLEMDMEGL EDYFSEDS

UniProtKB: DNA primase large subunit

+
分子 #3: DNA polymerase alpha catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 129.635125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSADEEQV FHFYWLDAYE DQYNQPGVVF LFGKVWIESA ETHVSCCVMV KNIERTLYFL PREMKIDLNT GKETGTPISM KDVYEEFDE KIATKYKIMK FKSKPVEKNY AFEIPDVPEK SEYLEVKYSA EMPQLPQDLK GETFSHVFGT NTSSLELFLM N RKIKGPCW ...文字列:
GPGSADEEQV FHFYWLDAYE DQYNQPGVVF LFGKVWIESA ETHVSCCVMV KNIERTLYFL PREMKIDLNT GKETGTPISM KDVYEEFDE KIATKYKIMK FKSKPVEKNY AFEIPDVPEK SEYLEVKYSA EMPQLPQDLK GETFSHVFGT NTSSLELFLM N RKIKGPCW LEVKSPQLLN QPVSWCKVEA MALKPDLVNV IKDVSPPPLV VMAFSMKTMQ NAKNHQNEII AMAALVHHSF AL DKAAPKP PFQSHFCVVS KPKDCIFPYA FKEVIEKKNV KVEVAATERT LLGFFLAKVH KIDPDIIVGH NIYGFELEVL LQR INVCKA PHWSKIGRLK RSNMPKLGGR SGFGERNATC GRMICDVEIS AKELIRCKSY HLSELVQQIL KTERVVIPME NIQN MYSES SQLLYLLEHT WKDAKFILQI MCELNVLPLA LQITNIAGNI MSRTLMGGRS ERNEFLLLHA FYENNYIVPD KQIFR KPQQ KLGDEDEEID GDTNKYKKGR KKAAYAGGLV LDPKVGFYDK FILLLDFNSL YPSIIQEFNI CFTTVQRVAS EAQKVT EDG EQEQIPELPD PSLEMGILPR EIRKLVERRK QVKQLMKQQD LNPDLILQYD IRQKALKLTA NSMYGCLGFS YSRFYAK PL AALVTYKGRE ILMHTKEMVQ KMNLEVIYGD TDSIMINTNS TNLEEVFKLG NKVKSEVNKL YKLLEIDIDG VFKSLLLL K KKKYAALVVE PTSDGNYVTK QELKGLDIVR RDWCDLAKDT GNFVIGQILS DQSRDTIVEN IQKRLIEIGE NVLNGSVPV SQFEINKALT KDPQDYPDKK SLPHVHVALW INSQGGRKVK AGDTVSYVIC QDGSNLTASQ RAYAPEQLQK QDNLTIDTQY YLAQQIHPV VARICEPIDG IDAVLIATWL GLDPTQFRVH HYHKDEENDA LLGGPAQLTD EEKYRDCERF KCPCPTCGTE N IYDNVFDG SGTDMEPSLY RCSNIDCKAS PLTFTVQLSN KLIMDIRRFI KKYYDGWLIC EEPTCRNRTR HLPLQFSRTG PL CPACMKA TLQPEYSDKS LYTQLCFYRY IFDAECALEK LTTDHEKDKL KKQFFTPKVL QDYRKLKNTA EQFLSRSGYS EVN LSKLFA GCAVKS

UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit

+
分子 #4: DNA polymerase alpha subunit B

分子名称: DNA polymerase alpha subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.015539 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSASAQQLAE ELQIFGLDCE EALIEKLVEL CVQYGQNEEG MVGELIAFCT STHKVGLTSE ILNSFEHEFL SKRLSKARHS TCKDSGHAG ARDIVSIQEL IEVEEEEEIL LNSYTTPSKG SQKRAISTPE TPLTKRSVST RSPHQLLSPS SFSPSATPSQ K YNSRSNRG ...文字列:
MSASAQQLAE ELQIFGLDCE EALIEKLVEL CVQYGQNEEG MVGELIAFCT STHKVGLTSE ILNSFEHEFL SKRLSKARHS TCKDSGHAG ARDIVSIQEL IEVEEEEEIL LNSYTTPSKG SQKRAISTPE TPLTKRSVST RSPHQLLSPS SFSPSATPSQ K YNSRSNRG EVVTSFGLAQ GVSWSGRGGA GNISLKVLGC PEALTGSYKS MFQKLPDIRE VLTCKIEELG SELKEHYKIE AF TPLLAPA QEPVTLLGQI GCDSNGKLNN KSVILEGDRE HSSGAQIPVD LSELKEYSLF PGQVVIMEGI NTTGRKLVAT KLY EGVPLP FYQPTEEDAD FEQSMVLVAC GPYTTSDSIT YDPLLDLIAV INHDRPDVCI LFGPFLDAKH EQVENCLLTS PFED IFKQC LRTIIEGTRS SGSHLVFVPS LRDVHHEPVY PQPPFSYSDL SREDKKQVQF VSEPCSLSIN GVIFGLTSTD LLFHL GAEE ISSSSGTSDR FSRILKHILT QRSYYPLYPP QEDMAIDYES FYVYAQLPVT PDVLIIPSEL RYFVKDVLGC VCVNPG RLT KGQVGGTFAR LYLRRPAADG AERQSPCIAV QVVRI

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

+
分子 #5: CST complex subunit CTC1

分子名称: CST complex subunit CTC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135.050328 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSMAAGRA QVPSSEQAWL EDAQVFIQKT LCPAVKEPNV QLTPLVIDCV KTVWLSQGRN QGSTLPLSYS FVSVQDLKTH QRLPCCSHL SWSSSAYQAW AQEAGPNGNP LPREQLLLLG TLTDLSADLE QECRNGSLYV RDNTGVLSCE LIDLDLSWLG H LFLFPRWS ...文字列:
GPGSMAAGRA QVPSSEQAWL EDAQVFIQKT LCPAVKEPNV QLTPLVIDCV KTVWLSQGRN QGSTLPLSYS FVSVQDLKTH QRLPCCSHL SWSSSAYQAW AQEAGPNGNP LPREQLLLLG TLTDLSADLE QECRNGSLYV RDNTGVLSCE LIDLDLSWLG H LFLFPRWS YLPPARWNSS GEGHLELWDA PVPVFPLTIS PGPVTPIPVL YPESASCLLR LRNKLRGVQR NLAGSLVRLS AL VKSKQKA YFILSLGRSH PAVTHVSIIV QVPAQLVWHR ALRPGTAYVL TELRVSKIRG QRQHVWMTSQ SSRLLLLKPE CVQ ELELEL EGPLLEADPK PLPMPSNSED KKDPESLVRY SRLLSYSGAV TGVLNEPAGL YELDGQLGLC LAYQQFRGLR RVMR PGVCL QLQDVHLLQS VGGGTRRPVL APCLRGAVLL QSFSRQKPGA HSSRQAYGAS LYEQLVWERQ LGLPLYLWAT KALEE LACK LCPHVLRHHQ FLQHSSPGSP SLGLQLLAPT LDLLAPPGSP VRNAHNEILE EPHHCPLQKY TRLQTPSSFP TLATLK EEG QRKAWASFDP KALLPLPEAS YLPSCQLNRR LAWSWLCLLP SAFCPAQVLL GVLVASSHKG CLQLRDQSGS LPCLLLA KH SQPLSDPRLI GCLVRAERFQ LIVERDVRSS FPSWKELSMP GFIQKQQARV YVQFFLADAL ILPVPRPCLH SATPSTPQ T DPTGPEGPHL GQSRLFLLCH KEALMKRNFC VPPGASPEVP KPALSFYVLG SWLGGTQRKE GTGWGLPEPQ GNDDNDQKV HLIFFGSSVR WFEFLHPGQV YRLIAPGPAT PMLFEKDGSS CISRRPLELA GCASCLTVQD NWTLELESSQ DIQDVLDANK SLPESSLTD LLSDNFTDSL VSFSAEILSR TLCEPLVASL WMKLGNTGAM RRCVKLTVAL ETAECEFPPH LDVYIEDPHL P PSLGLLPG ARVHFSQLEK RVSRSHNVYC CFRSSTYVQV LSFPPETTIS IPLPHIYLAE LLQGGQSPFQ ATASCHIVSV FS LQLFWVC AYCTSICRQG KCTRLGSTCP TQTAISQAII RLLVEDGTAE AVVTCRNHHV AAALGLCPRE WASLLDFVQV PGR VVLQFA GPGAQLESSA RVDEPMTMFL WTLCTSPSVL RPIVLSFELE RKPSKIVPLE PPRLQRFQCG ELPFLTHVNP RLRL SCLSI RESEYSSSLG ILASSC

UniProtKB: CST complex subunit CTC1

+
分子 #6: CST complex subunit STN1

分子名称: CST complex subunit STN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.172949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQPGSSRCEE ETPSLLWGLD PVFLAFAKLY IRDILDMKES RQVPGVFLYN GHPIKQVDVL GTVIGVRERD AFYSYGVDDS TGVINCICW KKLNTESVSA APSAARELSL TSQLKKLQET IEQKTKIEIG DTIRVRGSIR TYREEREIHA TTYYKVDDPV W NIQIARML ...文字列:
MQPGSSRCEE ETPSLLWGLD PVFLAFAKLY IRDILDMKES RQVPGVFLYN GHPIKQVDVL GTVIGVRERD AFYSYGVDDS TGVINCICW KKLNTESVSA APSAARELSL TSQLKKLQET IEQKTKIEIG DTIRVRGSIR TYREEREIHA TTYYKVDDPV W NIQIARML ELPTIYRKVY DQPFHSSALE KEEALSNPGA LDLPSLTSLL SEKAKEFLME NRVQSFYQQE LEMVESLLSL AN QPVIHSA SSDQVNFKKD TTSKAIHSIF KNAIQLLQEK GLVFQKDDGF DNLYYVTRED KDLHRKIHRI IQQDCQKPNH MEK GCHFLH ILACARLSIR PGLSEAVLQQ VLELLEDQSD IVSTMEHYYT AF

UniProtKB: CST complex subunit STN1

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分子 #7: CST complex subunit TEN1

分子名称: CST complex subunit TEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.872013 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MMLPKPGTYY LPWEVSAGQV PDGSTLRTFG RLCLYDMIQS RVTLMAQHGS DQHQVLVCTK LVEPFHAQVG SLYIVLGELQ HQQDRGSVV KARVLTCVEG MNLPLLEQAI REQRLYKQER GGSQ

UniProtKB: CST complex subunit TEN1

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分子 #8: canonical telomeric DNA sequence

分子名称: canonical telomeric DNA sequence / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.682672 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.075 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was cross-linked with glutaraldehyde (GraFix)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 131850
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5exr

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6w6w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7u5c:
Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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