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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26256 | |||||||||
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タイトル | Local refinement of cryo-EM structure of the interface of the Omicron RBD in complex with antibodies B-182.1 and A19-46.1 | |||||||||
マップデータ | Local refinement map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Surface glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou T / kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis for potent antibody neutralization of SARS-CoV-2 variants including B.1.1.529. 著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng ...著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng / Adrian Creanga / Claudia Jenkins / Kwanyee Leung / Tracy Liu / Erik-Stephane D Stancofski / Tyler Stephens / Baoshan Zhang / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / John R Mascola / Nancy J Sullivan / Peter D Kwong / 要旨: The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a ...The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a search for monoclonal antibodies with potent neutralization. To provide insight into effective neutralization, we determined cryo-electron microscopy structures and evaluated receptor binding domain (RBD) antibodies for their ability to bind and neutralize B.1.1.529. Mutations altered 16% of the B.1.1.529 RBD surface, clustered on an RBD ridge overlapping the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding surface and reduced binding of most antibodies. Substantial inhibitory activity was retained by select monoclonal antibodies-including A23-58.1, B1-182.1, COV2-2196, S2E12, A19-46.1, S309, and LY-CoV1404-that accommodated these changes and neutralized B.1.1.529. We identified combinations of antibodies with synergistic neutralization. The analysis revealed structural mechanisms for maintenance of potent neutralization against emerging variants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26256.map.gz | 405.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26256-v30.xml emd-26256.xml | 24.8 KB 24.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26256.png | 59.7 KB | ||
マスクデータ | emd_26256_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26256_additional_1.map.gz emd_26256_half_map_1.map.gz emd_26256_half_map_2.map.gz | 778.1 MB 765.4 MB 765.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26256 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26256 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26256_validation.pdf.gz | 923.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26256_full_validation.pdf.gz | 922.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26256_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26256_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26256 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26256 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26256_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened local refinement half map for the interface...
ファイル | emd_26256_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement half map for the interface of...
ファイル | emd_26256_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement half map for the interface of...
ファイル | emd_26256_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibod...
全体 | 名称: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibod...
超分子 | 名称: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Surface glycoprotein
分子 | 名称: Surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.297182 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR ...文字列: NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCG |
-分子 #2: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
分子 | 名称: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.8699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK |
-分子 #3: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
分子 | 名称: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.760273 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #4: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
分子 | 名称: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.285312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK |
-分子 #5: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
分子 | 名称: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.536008 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 150 mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2-3.5 seconds before plugging.. |
詳細 | Complex at 0.5 mg/mL concentration in the buffer |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |