[日本語] English
万見
- EMDB-26139: Structure of human RyR2 in the closed state. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26139
タイトルStructure of human RyR2 in the closed state.
マップデータStructure of human RyR2 in the closed state
試料
  • 複合体: Complex of RyR2 with Calstabin
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine Receptor 2
キーワードcalcium channel / ATP / closed state / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Miotto MC / Marks AR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural analyses of human ryanodine receptor type 2 channels reveal the mechanisms for sudden cardiac death and treatment.
著者: Marco C Miotto / Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Qi Yuan / Yang Liu / Anetta Wronska / Zephan Melville / Leah Sittenfeld / Steven Reiken / Andrew R Marks /
要旨: Ryanodine receptor type 2 (RyR2) mutations have been linked to an inherited form of exercise-induced sudden cardiac death called catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT). CPVT ...Ryanodine receptor type 2 (RyR2) mutations have been linked to an inherited form of exercise-induced sudden cardiac death called catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT). CPVT results from stress-induced sarcoplasmic reticular Ca leak via the mutant RyR2 channels during diastole. We present atomic models of human wild-type (WT) RyR2 and the CPVT mutant RyR2-R2474S determined by cryo-electron microscopy with overall resolutions in the range of 2.6 to 3.6 Å, and reaching local resolutions of 2.25 Å, unprecedented for RyR2 channels. Under nonactivating conditions, the RyR2-R2474S channel is in a "primed" state between the closed and open states of WT RyR2, rendering it more sensitive to activation that results in stress-induced Ca leak. The Rycal drug ARM210 binds to RyR2-R2474S, reverting the primed state toward the closed state. Together, these studies provide a mechanism for CPVT and for the therapeutic actions of ARM210.
履歴
登録2022年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26139.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of human RyR2 in the closed state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.24 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.24 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8325 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.381
最小 - 最大-0.025854405 - 1.2424275
平均 (標準偏差)0.030909559 (±0.07760225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of RyR2 with Calstabin

全体名称: Complex of RyR2 with Calstabin
要素
  • 複合体: Complex of RyR2 with Calstabin
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine Receptor 2

-
超分子 #1: Complex of RyR2 with Calstabin

超分子名称: Complex of RyR2 with Calstabin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Ryanodine Receptor 2

分子名称: Ryanodine Receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADGGEGEDE IQFLRTDDEV VLQCTATIHK EQQKLCLAAE GFGNRLCFLE STSNSKNVPP DLSICTFVL EQSLSVRALQ EMLANTVEKS EGQVDVEKWK FMMKTAQGGG HRTLLYGHAI L LRHSYSGM YLCCLSTSRS STDKLAFDVG LQEDTTGEAC WWTIHPASKQ ...文字列:
MADGGEGEDE IQFLRTDDEV VLQCTATIHK EQQKLCLAAE GFGNRLCFLE STSNSKNVPP DLSICTFVL EQSLSVRALQ EMLANTVEKS EGQVDVEKWK FMMKTAQGGG HRTLLYGHAI L LRHSYSGM YLCCLSTSRS STDKLAFDVG LQEDTTGEAC WWTIHPASKQ RSEGEKVRVG DD LILVSVS SERYLHLSYG NGSLHVDAAF QQTLWSVAPI SSGSEAAQGY LIGGDVLRLL HGH MDECLT VPSGEHGEEQ RRTVHYEGGA VSVHARSLWR LETLRVAWSG SHIRWGQPFR LRHV TTGKY LSLMEDKNLL LMDKEKADVK STAFTFRSSK EKLDVGVRKE VDGMGTSEIK YGDSV CYIQ HVDTGLWLTY QSVDVKSVRM GSIQRKAIMH HEGHMDDGIS LSRSQHEESR TARVIR STV FLFNRFIRGL DALSKKAKAS TVDLPIESVS LSLQDLIGYF HPPDEHLEHE DKQNRLR AL KNRQNLFQEE GMINLVLECI DRLHVYSSAA HFADVAGREA GESWKSILNS LYELLAAL I RGNRKNCAQF SGSLDWLISR LERLEASSGI LEVLHCVLVE SPEALNIIKE GHIKSIISL LDKHGRNHKV LDVLCSLCVC HGVAVRSNQH LICDNLLPGR DLLLQTRLVN HVSSMRPNIF LGVSEGSAQ YKKWYYELMV DHTEPFVTAE ATHLRVGWAS TEGYSPYPGG GEEWGGNGVG D DLFSYGFD GLHLWSGCIA RTVSSPNQHL LRTDDVISCC LDLSAPSISF RINGQPVQGM FE NFNIDGL FFPVVSFSAG IKVRFLLGGR HGEFKFLPPP GYAPCYEAVL PKEKLKVEHS REY KQERTY TRDLLGPTVS LTQAAFTPIP VDTSQIVLPP HLERIREKLA ENIHELWVMN KIEL GWQYG PVRDDNKRQH PCLVEFSKLP EQERNYNLQM SLETLKTLLA LGCHVGISDE HAEDK VKKM KLPKNYQLTS GYKPAPMDLS FIKLTPSQEA MVDKLAENAH NVWARDRIRQ GWTYGI QQD VKNRRNPRLV PYTLLDDRTK KSNKDSLREA VRTLLGYGYN LEAPDQDHAA RAEVCSG TG ERFRIFRAEK TYAVKAGRWY FEFETVTAGD MRVGWSRPGC QPDQELGSDE RAFAFDGF K AQRWHQGNEH YGRSWQAGDV VGCMVDMNEH TMMFTLNGEI LLDDSGSELA FKDFDVGDG FIPVCSLGVA QVGRMNFGKD VSTLKYFTIC GLQEGYEPFA VNTNRDITMW LSKRLPQFLQ VPSNHEHIE VTRIDGTIDS SPCLKVTQKS FGSQNSNTDI MFYRLSMPIE CAEVFSKTVA G GLPGAGLF GPKNDLEDYD ADSDFEVLMK TAHGHLVPDR VDKDKEATKP EFNNHKDYAQ EK PSRLKQR FLLRRTKPDY STSHSARLTE DVLADDRDDY DFLMQTSTYY YSVRIFPGQE PAN VWVGWI TSDFHQYDTG FDLDRVRTVT VTLGDEKGKV HESIKRSNCY MVCAGESMSP GQGR NNNGL EIGCVVDAAS GLLTFIANGK ELSTYYQVEP STKLFPAVFA QATSPNVFQF ELGRI KNVM PLSAGLFKSE HKNPVPQCPP RLHVQFLSHV LWSRMPNQFL KVDVSRISER QGWLVQ CLD PLQFMSLHIP EENRSVDILE LTEQEELLKF HYHTLRLYSA VCALGNHRVA HALCSHV DE PQLLYAIENK YMPGLLRAGY YDLLIDIHLS SYATARLMMN NEYIVPMTEE TKSITLFP D ENKKHGLPGI GLSTSLRPRM QFSSPSFVSI SNECYQYSPE FPLDILKSKT IQMLTEAVK EGSLHARDPV GGTTEFLFVP LIKLFYTLLI MGIFHNEDLK HILQLIEPSV FKEAATPEEE SDTLEKELS VDDAKLQGAG EEEAKGGKRP KEGLLQMKLP EPVKLQMCLL LQYLCDCQVR H RIEAIVAF SDDFVAKLQD NQRFRYNEVM QALNMSAALT ARKTKEFRSP PQEQINMLLN FK DDKSECP CPEEIRDQLL DFHEDLMTHC GIELDEDGSL DGNSDLTIRG RLLSLVEKVT YLK KKQAEK PVESDSKKSS TLQQLISETM VRWAQESVIE DPELVRAMFV LLHRQYDGIG GLVR ALPKT YTINGVSVED TINLLASLGQ IRSLLSVRMG KEEEKLMIRG LGDIMNNKVF YQHPN LMRA LGMHETVMEV MVNVLGGGES KEITFPKMVA NCCRFLCYFC RISRQNQKAM FDHLSY LLE NSSVGLASPA MRGSTPLDVA AASVMDNNEL ALALREPDLE KVVRYLAGCG LQSCQML VS KGYPDIGWNP VEGERYLDFL RFAVFCNGES VEENANVVVR LLIRRPECFG PALRGEGG N GLLAAMEEAI KIAEDPSRDG PSPNSGSSKT LDTEEEEDDT IHMGNAIMTF YSALIDLLG RCAPEMHLIH AGKGEAIRIR SILRSLIPLG DLVGVISIAF QMPTIAKDGN VVEPDMSAGF CPDHKAAMV LFLDRVYGIE VQDFLLHLLE VGFLPDLRAA ASLDTAALSA TDMALALNRY L CTAVLPLL TRCAPLFAGT EHHASLIDSL LHTVYRLSKG CSLTKAQRDS IEVCLLSICG QL RPSMMQH LLRRLVFDVP LLNEHAKMPL KLLTNHYERC WKYYCLPGGW GNFGAASEEE LHL SRKLFW GIFDALSQKK YEQELFKLAL PCLSAVAGAL PPDYMESNYV SMMEKQSSMD SEGN FNPQP VDTSNITIPE KLEYFINKYA EHSHDKWSMD KLANGWIYGE IYSDSSKVQP LMKPY KLLS EKEKEIYRWP IKESLKTMLA WGWRIERTRE GDSMALYNRT RRISQTSQVS VDAAHG YSP RAIDMSNVTL SRDLHAMAEM MAENYHNIWA KKKKMELESK GGGNHPLLVP YDTLTAK EK AKDREKAQDI LKFLQINGYA VSRGFKDLEL DTPSIEKRFA YSFLQQLIRY VDEAHQYI L EFDGGSRGKG EHFPYEQEIK FFAKVVLPLI DQYFKNHRLY FLSAASRPLC SGGHASNKE KEMVTSLFCK LGVLVRHRIS LFGNDATSIV NCLHILGQTL DARTVMKTGL ESVKSALRAF LDNAAEDLE KTMENLKQGQ FTHTRNQPKG VTQIINYTTV ALLPMLSSLF EHIGQHQFGE D LILEDVQV SCYRILTSLY ALGTSKSIYV ERQRSALGEC LAAFAGAFPV AFLETHLDKH NI YSIYNTK SSRERAALSL PTNVEDVCPN IPSLEKLMEE IVELAESGIR YTQMPHVMEV ILP MLCSYM SRWWEHGPEN NPERAEMCCT ALNSEHMNTL LGNILKIIYN NLGIDEGAWM KRLA VFSQP IINKVKPQLL KTHFLPLMEK LKKKAATVVS EEDHLKAEAR GDMSEAELLI LDEFT TLAR DLYAFYPLLI RFVDYNRAKW LKEPNPEAEE LFRMVAEVFI YWSKSHNFKR EEQNFV VQN EINNMSFLIT DTKSKMSKAA VSDQERKKMK RKGDRYSMQT SLIVAALKRL LPIGLNI CA PGDQELIALA KNRFSLKDTE DEVRDIIRSN IHLQGKLEDP AIRWQMALYK DLPNRTDD T SDPEKTVERV LDIANVLFHL EQKSKRVGRR HYCLVEHPQR SKKAVWHKLL SKQRKRAVV ACFRMAPLYN LPRHRAVNLF LQGYEKSWIE TEEHYFEDKL IEDLAKPGAE PPEEDEGTKR VDPLHQLIL LFSRTALTEK CKLEEDFLYM AYADIMAKSC HDEEDDDGEE EVKSFEEKEM E KQKLLYQQ ARLHDRGAAE MVLQTISASK GETGPMVAAT LKLGIAILNG GNSTVQQKML DY LKEKKDV GFFQSLAGLM QSCSVLDLNA FERQNKAEGL GMVTEEGSGE KVLQDDEFTC DLF RFLQLL CEGHNSDFQN YLRTQTGNNT TVNIIISTVD YLLRVQESIS DFYWYYSGKD VIDE QGQRN FSKAIQVAKQ VFNTLTEYIQ GPCTGNQQSL AHSRLWDAVV GFLHVFAHMQ MKLSQ DSSQ IELLKELMDL QKDMVVMLLS MLEGNVVNGT IGKQMVDMLV ESSNNVEMIL KFFDMF LKL KDLTSSDTFK EYDPDGKGVI SKRDFHKAME SHKHYTQSET EFLLSCAETD ENETLDY EE FVKRFHEPAK DIGFNVAVLL TNLSEHMPND TRLQTFLELA ESVLNYFQPF LGRIEIMG S AKRIERVYFE ISESSRTQWE KPQVKESKRQ FIFDVVNEGG EKEKMELFVN FCEDTIFEM QLAAQISESD LNERSANKEE SEKERPEEQG PRMAFFSILT VRSALFALRY NILTLMRMLS LKSLKKQMK KVKKMTVKDM VTAFFSSYWS IFMTLLHFVA SVFRGFFRII CSLLLGGSLV E GAKKIKVA ELLANMPDPT QDEVRGDGEE GERKPLEAAL PSEDLTDLKE LTEESDLLSD IF GLDLKRE GGQYKLIPHN PNAGLSDLMS NPVPMPEVQE KFQEQKAKEE EKEEKEETKS EPE KAEGED GEKEEKAKED KGKQKLRQLH THRYGEPEVP ESAFWKKIIA YQQKLLNYFA RNFY NMRML ALFVAFAINF ILLFYKVSTS SVVEGKELPT RSSSENAKVT SLDSSSHRII AVHYV LEES SGYMEPTLRI LAILHTVISF FCIIGYYCLK VPLVIFKREK EVARKLEFDG LYITEQ PSE DDIKGQWDRL VINTQSFPNN YWDKFVKRKV MDKYGEFYGR DRISELLGMD KAALDFS DA REKKKPKKDS SLSAVLNSID VKYQMWKLGV VFTDNSFLYL AWYMTMSVLG HYNNFFFA A HLLDIAMGFK TLRTILSSVT HNGKQLVLTV GLLAVVVYLY TVVAFNFFRK FYNKSEDGD TPDMKCDDML TCYMFHMYVG VRAGGGIGDE IEDPAGDEYE IYRIIFDITF FFFVIVILLA IIQGLIIDA FGELRDQQEQ VKEDMETKCF ICGIGNDYFD TVPHGFETHT LQEHNLANYL F FLMYLINK DETEHTGQES YVWKMYQERC WEFFPAGDCF RKQYEDQLN

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34247
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る