+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25806 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Locally refined region of SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1 | |||||||||
マップデータ | Local refined cryo-EM map for SARS-COV-2 Omicron spike in complex with antibody A19-46.1 at the RBD-antibody interface | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou T / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis for potent antibody neutralization of SARS-CoV-2 variants including B.1.1.529. 著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng ...著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng / Adrian Creanga / Claudia Jenkins / Kwanyee Leung / Tracy Liu / Erik-Stephane D Stancofski / Tyler Stephens / Baoshan Zhang / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / John R Mascola / Nancy J Sullivan / Peter D Kwong / 要旨: The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a ...The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a search for monoclonal antibodies with potent neutralization. To provide insight into effective neutralization, we determined cryo-electron microscopy structures and evaluated receptor binding domain (RBD) antibodies for their ability to bind and neutralize B.1.1.529. Mutations altered 16% of the B.1.1.529 RBD surface, clustered on an RBD ridge overlapping the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding surface and reduced binding of most antibodies. Substantial inhibitory activity was retained by select monoclonal antibodies-including A23-58.1, B1-182.1, COV2-2196, S2E12, A19-46.1, S309, and LY-CoV1404-that accommodated these changes and neutralized B.1.1.529. We identified combinations of antibodies with synergistic neutralization. The analysis revealed structural mechanisms for maintenance of potent neutralization against emerging variants. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25806.map.gz | 234.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-25806-v30.xml emd-25806.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25806.png | 54.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25806 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25806_validation.pdf.gz | 377.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_25806_full_validation.pdf.gz | 377.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25806_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25806_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25806 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local refined cryo-EM map for SARS-COV-2 Omicron spike in complex with antibody A19-46.1 at the RBD-antibody interface | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1, local refinement.
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1, local refinement. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1, local refinement.
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike in complex with antibody A19-46.1, local refinement. タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 570 KDa |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.183078 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ITNLCPFDEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNL APFFTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKVSGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGNKPC NGVAGFNCYF P LRSYSFRP ...文字列: ITNLCPFDEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNL APFFTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKVSGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGNKPC NGVAGFNCYF P LRSYSFRP TYGVGHQPYR VVVLSFELLH APATVCG |
-分子 #2: Heavy chain of antibody A19-46.1
分子 | 名称: Heavy chain of antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.8699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK |
-分子 #3: Light chain of antibody A19-46.1
分子 | 名称: Light chain of antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.760273 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 150 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2-3.5 seconds before plugging.. |
詳細 | Complex at 0.5 mg/mL concentration in the buffer |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |