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- EMDB-25750: Structure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25750
タイトルStructure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterotrimeric ubiquitin ligase complex
マップデータStructure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterotrimeric ubiquitin ligase complex
試料
  • 複合体: Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab
    • 複合体: Peroxin12, Peroxin2, Peroxin10
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-12
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-2
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-10
    • 複合体: Fab heavy chain, Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードperoxisome / retro-translocon / ubiquitin ligase / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / peroxisomal membrane / RING-type E3 ubiquitin transferase / transferase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pex, N-terminal / Peroxisome assembly protein 12 / Pex2 / Pex12 amino terminal region / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisome assembly protein 10 / Peroxisome assembly protein 2 / Peroxisome assembly protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Peiqiang F / Tom R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A peroxisomal ubiquitin ligase complex forms a retrotranslocation channel.
著者: Peiqiang Feng / Xudong Wu / Satchal K Erramilli / Joao A Paulo / Pawel Knejski / Steven P Gygi / Anthony A Kossiakoff / Tom A Rapoport /
要旨: Peroxisomes are ubiquitous organelles that house various metabolic reactions and are essential for human health. Luminal peroxisomal proteins are imported from the cytosol by mobile receptors, which ...Peroxisomes are ubiquitous organelles that house various metabolic reactions and are essential for human health. Luminal peroxisomal proteins are imported from the cytosol by mobile receptors, which then recycle back to the cytosol by a poorly understood process. Recycling requires receptor modification by a membrane-embedded ubiquitin ligase complex comprising three RING finger domain-containing proteins (Pex2, Pex10 and Pex12). Here we report a cryo-electron microscopy structure of the ligase complex, which together with biochemical and in vivo experiments reveals its function as a retrotranslocation channel for peroxisomal import receptors. Each subunit of the complex contributes five transmembrane segments that co-assemble into an open channel. The three ring finger domains form a cytosolic tower, with ring finger 2 (RF2) positioned above the channel pore. We propose that the N terminus of a recycling receptor is inserted from the peroxisomal lumen into the pore and monoubiquitylated by RF2 to enable extraction into the cytosol. If recycling is compromised, receptors are polyubiquitylated by the concerted action of RF10 and RF12 and degraded. This polyubiquitylation pathway also maintains the homeostasis of other peroxisomal import factors. Our results clarify a crucial step during peroxisomal protein import and reveal why mutations in the ligase complex cause human disease.
履歴
登録2021年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterotrimeric ubiquitin ligase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 260 pix.
= 275.6 Å		1.06 Å/pix.
x 260 pix.
= 275.6 Å		1.06 Å/pix.
x 260 pix.
= 275.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.14288855 - 0.27496657
平均 (標準偏差)0.00019035877 (±0.006544081)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 275.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab

全体名称: Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab
要素
  • 複合体: Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab
    • 複合体: Peroxin12, Peroxin2, Peroxin10
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-12
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-2
      • タンパク質・ペプチド: Peroxin-10
    • 複合体: Fab heavy chain, Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab

超分子名称: Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Peroxin12, Peroxin2, Peroxin10

超分子名称: Peroxin12, Peroxin2, Peroxin10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)

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超分子 #3: Fab heavy chain, Fab light chain

超分子名称: Fab heavy chain, Fab light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Peroxin-12

分子名称: Peroxin-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799
分子量理論値: 49.369703 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MEFIPALQAR IDEHKPSLFE LLSEQQLAAL LPPTVRYLLT VLTQRYPRYL LRVLNSFDEL YALAALVVER HYLRTRGGSF TEHFYGLKR ERALAAEIPR ASAAAPGAVR DALRLRPADV WRNLLVIVGV PYLKRKLDEA HEADAPRAMM GAAYNRPPLP G APWRERVA ...文字列:
MEFIPALQAR IDEHKPSLFE LLSEQQLAAL LPPTVRYLLT VLTQRYPRYL LRVLNSFDEL YALAALVVER HYLRTRGGSF TEHFYGLKR ERALAAEIPR ASAAAPGAVR DALRLRPADV WRNLLVIVGV PYLKRKLDEA HEADAPRAMM GAAYNRPPLP G APWRERVA FWWRCFLRRV YPAVNAAYYL SILAFNLAYL FDNSKYHSPF LCLIGTRVRR MSAADYRAIE ALEERAAKRR GG RSVAARM LGGLSLVLPT SIFALKFLEW WYASDFAKQL SRKAAESLDL PPPVVAGLPT GAGGGGGSEK AQQPRREKEL GKE KDEEVE EEEEEVSEEE KERRAIERAP VSASSLLPIY TVPPPENSDQ CPICEGEITT AAACQTGIVY CYPCIHKWLT GTHP RQEKF MAERAGKWES GEGRCAVTGR RVLGGTEGLR RIMV

UniProtKB: Peroxisome assembly protein 12

+
分子 #2: Peroxin-2

分子名称: Peroxin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799
分子量理論値: 38.493715 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: TRPAFRVGQV DAELLDEELV ELLRGQVREA LRYVGGGGGG GGGGGGGGVG SGVAQDWEAE ISLALRAVLF KLTVWDHDAT YGAALQNLK YTDARRDGPA LAPPSRWQKA LYGLVTVGGR YLWAKWEDWL LEQDDGFEGP SPRVKRLARW TSSLSTLHAS A ALVSFLVF ...文字列:
TRPAFRVGQV DAELLDEELV ELLRGQVREA LRYVGGGGGG GGGGGGGGVG SGVAQDWEAE ISLALRAVLF KLTVWDHDAT YGAALQNLK YTDARRDGPA LAPPSRWQKA LYGLVTVGGR YLWAKWEDWL LEQDDGFEGP SPRVKRLARW TSSLSTLHAS A ALVSFLVF LLHGRYRTLL DRLLRMRLAP PTSQVSREVS FEYLNRQLVW HAFTEFLLFV LPLVGINRWR RWLARTWRRT KK IMTADAD GGAGDKKGEY SFLPERTCAI CYRDQNSASS ETELLAAASG GVVGSAQTDI TNPYEAIPCG CTYCFVCLAT RIE REEGEG WPCLRCGELI KECKPWNGDV L

UniProtKB: Peroxisome assembly protein 2

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分子 #3: Peroxin-10

分子名称: Peroxin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799
分子量理論値: 48.952234 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MATQPPPARP PPPLTSSPYP YAAAPDIIRA HQKDAYFQGV LANRLSDLHR RLRGARSAHA WAAETRTFAA ALYLCLTTLL GNRTLGEEY CDLVQVEEAP SKLFASSSSK AADDHIYENG LGGGGDGGPL LPSLPRRAGY ILTAIVLPHL ASRALPSVRS A IRKRLQSR ...文字列:
MATQPPPARP PPPLTSSPYP YAAAPDIIRA HQKDAYFQGV LANRLSDLHR RLRGARSAHA WAAETRTFAA ALYLCLTTLL GNRTLGEEY CDLVQVEEAP SKLFASSSSK AADDHIYENG LGGGGDGGPL LPSLPRRAGY ILTAIVLPHL ASRALPSVRS A IRKRLQSR LATLSRRRQQ TGTKSGSGRG GRGGGGGITE YRVLRYLLTH LTPLTSGAHF RAATLAVFYF TGAYYELSKW VW GLRYVFT TRAGRVVDDD HNRHHHSPQH GGGNGGRAGY EVLGVLLVVQ MAVRAWLHVR EQLSSGSVAG GGGEEEEDGE DGF RERTAF GPGTNVDVSL DEHAFTSNNE LLGGGGGGGG SSSQRSLGEI GAMAHTPVLK AGRARYDLGT SDKVMGWIKG AQQR KCTLC LEELKDPAAT QCGHVFCWAC IGDWVREKPE CPLCRREAMV QHILPLRAA

UniProtKB: Peroxisome assembly protein 10

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分子 #4: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.518806 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNLY SSSIHWVRQA PGKGLEWVAY IYSSSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARG YYSWYKASWA LADYW

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分子 #5: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.135375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QGSSLGLLTF GQGTKV

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 15 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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分子 #8: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121644
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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