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- EMDB-25688: CryoEM structure of 2x HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25688
タイトルCryoEM structure of 2x HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and 2x neutralizing fabs 8I21 and 13H11
マップデータFull map of overall pentamer-NRP2-dimer
試料
  • 複合体: Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and 2x fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein L
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL128
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL130
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL131A
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain
キーワードHuman Cytomegalovirus / glycoprotein complex / antibody complex / Neuropilin 2 / VIRAL PROTEIN
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Kschonsak M / Johnson MC / Schelling R / Green EM / Rouge L / Ho H / Patel N / Kilic C / Kraft E / Arthur CP ...Kschonsak M / Johnson MC / Schelling R / Green EM / Rouge L / Ho H / Patel N / Kilic C / Kraft E / Arthur CP / Rohou AL / Comps-Agrar L / Martinez-Martin N / Perez L / Payandeh J / Ciferri C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization.
著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV.
履歴
登録2021年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25688.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of overall pentamer-NRP2-dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.48 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.48 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0712 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-6.281493 - 14.697578
平均 (標準偏差)-0.0006546065 (±0.44949132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Half map 1 of focused refinement on NRP2-UL region

ファイルemd_25688_additional_1.map
注釈Half map 1 of focused refinement on NRP2-UL region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full map of focused refinement on NRP2-UL region

ファイルemd_25688_additional_2.map
注釈Full map of focused refinement on NRP2-UL region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 2 of focused refinement on NRP2-UL region

ファイルemd_25688_additional_3.map
注釈Half map 2 of focused refinement on NRP2-UL region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of overall pentamer-NRP2-dimer

ファイルemd_25688_half_map_1.map
注釈Half map 2 of overall pentamer-NRP2-dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of overall pentamer-NRP2-dimer

ファイルemd_25688_half_map_2.map
注釈Half map 1 of overall pentamer-NRP2-dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A...

全体名称: Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and 2x fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
要素
  • 複合体: Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and 2x fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein L
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL128
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL130
    • タンパク質・ペプチド: HCMV envelope glycoprotein UL131A
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain

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超分子 #1: Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A...

超分子名称: Complex of 2x HCMV Pentamer proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and 2x fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 720 KDa

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分子 #1: HCMV envelope glycoprotein H

分子名称: HCMV envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM ...文字列:
MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM PPQTTPHGWT ESHTTSGLHR PHFNQTCILF DGHDLLFSTV TPCLHQGFYL IDELRYVKIT LTEDFFVVTV SI DDDTPML LIFGHLPRVL FKAPYQRDNF ILRQTEKHEL LVLVKKDQLN RHSYLKDPDF LDAALDFNYL DLSALLRNSF HRY AVDVLK SGRCQMLDRR TVEMAFAYAL ALFAAARQEE AGAQVSVPRA LDRQAALLQI QEFMITCLSQ TPPRTTLLLY PTAV DLAKR ALWTPNQITD ITSLVRLVYI LSKQNQQHLI PQWALRQIAD FALKLHKTHL ASFLSAFARQ ELYLMGSLVH SMLVH TTER REIFIVETGL CSLAELSHFT QLLAHPHHEY LSDLYTPCSS SGRRDHSLER LTRLFPDATV PATVPAALSI LSTMQP STL ETFPDLFCLP LGESFSALTV SEHVSYIVTN QYLIKGISYP VSTTVVGQSL IITQTDSQTK CELTRNMHTT HSITVAL NI SLENCAFCQS ALLEYDDTQG VINIMYMHDS DDVLFALDPY NEVVVSSPRT HYLMLLKNGT VLEVTDVVVD ATDGTKLG P EQKLISEEDL NSAVDGSGLN DIFEAQKIEW HENLYFQGHH HHHHHH

+
分子 #2: HCMV envelope glycoprotein L

分子名称: HCMV envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS ...文字列:
MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS YGRSIFTEHV LGFELVPPSL FNVVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DP PLLRHLD KYYAGLPPEL KQTRVNLPAH SRYGPQAVDA R

+
分子 #3: HCMV envelope glycoprotein UL128

分子名称: HCMV envelope glycoprotein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSPKNLTPFL TALWLLLGHS RVPRVRAEEC CEFINVNHPP ERCYDFKMCN RFTVALRCPD GEVCYSPEKT AEIRGIVTTM THSLTRQVV HNKLTSCNYN PLYLEADGRI RCGKVNDKAQ YLLGAAGSVP YRWINLEYDK ITRIVGLDQY LESVKKHKRL D VCRAKMGY MLQ

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分子 #4: HCMV envelope glycoprotein UL130

分子名称: HCMV envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR ...文字列:
MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR YQMCVMKLES WAHVFRDYSV SFQVRLTFTE ANNQTYTFCT HPNLIVGSEN LYFQGSAWSH PQFEKGGGSG GG SGGGSAW SHPQFEK

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分子 #5: HCMV envelope glycoprotein UL131A

分子名称: HCMV envelope glycoprotein UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRLCRVWLSV CLCAVVLGQC QRETAEKNDY YRVPHYWDAC SRALPDQTRY KYVEQLVDLT LNYHYDASHG LDNFDVLKRI NVTEVSLLI SDFRRQNRRG GTNKRTTFNA AGSLAPHARS LEFSVRLFAN

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分子 #6: Neuropilin-2

分子名称: Neuropilin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMFPLTWVF LALYFSRHQV RGQPDPPCGG RLNSKDAGYI TSPGYPQDYP SHQNCEWIVY APEPNQKIVL NFNPHFEIEK HDCKYDFIE IRDGDSESAD LLGKHCGNIA PPTIISSGSM LYIKFTSDYA RQGAGFSLRY EIFKTGSEDC SKNFTSPNGT I ESPGFPEK ...文字列:
MDMFPLTWVF LALYFSRHQV RGQPDPPCGG RLNSKDAGYI TSPGYPQDYP SHQNCEWIVY APEPNQKIVL NFNPHFEIEK HDCKYDFIE IRDGDSESAD LLGKHCGNIA PPTIISSGSM LYIKFTSDYA RQGAGFSLRY EIFKTGSEDC SKNFTSPNGT I ESPGFPEK YPHNLDCTFT ILAKPKMEII LQFLIFDLEH DPLQVGEGDC KYDWLDIWDG IPHVGPLIGK YCGTKTPSEL RS STGILSL TFHTDMAVAK DGFSARYYLV HQEPLENFQC NVPLGMESGR IANEQISASS TYSDGRWTPQ QSRLHGDDNG WTP NLDSNK EYLQVDLRFL TMLTAIATQG AISRETQNGY YVKSYKLEVS TNGEDWMVYR HGKNHKVFQA NNDATEVVLN KLHA PLLTR FVRIRPQTWH SGIALRLELF GCRVTDAPCS NMLGMLSGLI ADSQISASST QEYLWSPSAA RLVSSRSGWF PRIPQ AQPG EEWLQVDLGT PKTVKGVIIQ GARGGDSITA VEARAFVRKF KVSYSLNGKD WEYIQDPRTQ QPKLFEGNMH YDTPDI RRF DPIPAQYVRV YPERWSPAGI GMRLEVLGCD WTDSKPTVET LGPTVKSEET TTPYPTEEEA TECGENCSFE DDKDLQL PS GFNCNFDFLE EPCGWMYDHA KWLRTTWASS SSPNDRTFPD DRNFLRLQSD SQREGQYARL ISPPVHLPRS PVCMEFQY Q ATGGRGVALQ VVREASQESK LLWVIREDQG GEWKHGRIIL PSYDMEYQIV FEGVIGKGRS GEIAIDDIRI STDVPLENC MEPISAFAGE NFKVDIPEIH EREGYEDEID DEYEVDWSNS SSATSGSGAP STDKEKSWLY TLDPGNSDYK DDDDK

+
分子 #7: Fab 8I21 heavy chain

分子名称: Fab 8I21 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYALVELVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSSDGMHWV RQSPGRGLEW VAFISSDGST PYYADSVKG RFTISRDNSK NTLYLQMNSL RAEDTAMYFC AKDWALFRWL RTFDHWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYALVELVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSSDGMHWV RQSPGRGLEW VAFISSDGST PYYADSVKG RFTISRDNSK NTLYLQMNSL RAEDTAMYFC AKDWALFRWL RTFDHWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VD KKVEPKS CD

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分子 #8: Fab 8I21 light chain

分子名称: Fab 8I21 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAETVMTQS PATLSVSPGG RATLSCRASQ SVGINLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASTRASG FPARFSGSG SGTEFTLTIT SLQSEDFAVY YCQQYNDWPP WTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAETVMTQS PATLSVSPGG RATLSCRASQ SVGINLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASTRASG FPARFSGSG SGTEFTLTIT SLQSEDFAVY YCQQYNDWPP WTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #9: Fab 13H11 heavy chain

分子名称: Fab 13H11 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKKVEPK SCD

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分子 #10: Fab 13H11 light chain

分子名称: Fab 13H11 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPESHEPES
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging.
詳細Sample was mildly crosslinked with 0.025% glutaraldehyde, incubated for 10 min at room temperature and quenched with 9 mM TRIS pH 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21357 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 4 frames/second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 6.0 A or better were selected for particle picking.
粒子像選択選択した数: 1300844 / 詳細: template-matching particle picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: ab-initio 3D model generation from select particles within cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 使用した粒子像数: 72745
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 詳細: Auto-refine in cisTEM
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 詳細: Manual refine in cisTEM.
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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