[日本語] English
万見
- EMDB-2565: Cryo-EM of SecA-70S complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2565
タイトルCryo-EM of SecA-70S complex
マップデータreconstruction of monomeric SecA bound to 70S ribosome
試料
  • 試料: SecA-70S ribosome
  • 複合体: 70S ribosome
  • 複合体: SecA
キーワードSecA / ribosome
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.3 Å
データ登録者Singh R / Kraft C / Jaiswal R / Sejwal K / Kasaragod V / Kuper J / Buerger J / Mielke T / Luirink J / Bhushan S
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2014
タイトル: Cryo-electron microscopic structure of SecA protein bound to the 70S ribosome.
著者: Rajkumar Singh / Christian Kraft / Rahul Jaiswal / Kushal Sejwal / Vikram Babu Kasaragod / Jochen Kuper / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Joen Luirink / Shashi Bhushan /
要旨: SecA is an ATP-dependent molecular motor pumping secretory and outer membrane proteins across the cytoplasmic membrane in bacteria. SecA associates with the protein-conducting channel, the ...SecA is an ATP-dependent molecular motor pumping secretory and outer membrane proteins across the cytoplasmic membrane in bacteria. SecA associates with the protein-conducting channel, the heterotrimeric SecYEG complex, in a so-called posttranslational manner. A recent study further showed binding of a monomeric state of SecA to the ribosome. However, the true oligomeric state of SecA remains controversial because SecA can also form functional dimers, and high-resolution crystal structures exist for both the monomer and the dimer. Here we present the cryo-electron microscopy structures of Escherichia coli SecA bound to the ribosome. We show that not only a monomeric SecA binds to the ribosome but also that two copies of SecA can be observed that form an elongated dimer. Two copies of SecA completely surround the tunnel exit, providing a unique environment to the nascent polypeptides emerging from the ribosome. We identified the N-terminal helix of SecA required for a stable association with the ribosome. The structures indicate a possible function of the dimeric form of SecA at the ribosome.
履歴
登録2014年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年3月12日-
更新2014年5月21日-
現状2014年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 58.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 58.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2565-dim...

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2565.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 94.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of monomeric SecA bound to 70S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 364.56 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 364.56 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 364.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 58.700000000000003 / ムービー #1: 58.7
最小 - 最大-280.310943599999973 - 672.746276859999966
平均 (標準偏差)20.007276539999999 (±74.508453369999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-147-147-146
サイズ294294294
Spacing294294294
セルA=B=C: 364.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z294294294
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z364.560364.560364.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-147-147-146
NC/NR/NS294294294
D min/max/mean-280.311672.74620.007

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : SecA-70S ribosome

全体名称: SecA-70S ribosome
要素
  • 試料: SecA-70S ribosome
  • 複合体: 70S ribosome
  • 複合体: SecA

-
超分子 #1000: SecA-70S ribosome

超分子名称: SecA-70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomeric SecA bound to the 70S ribosome / Number unique components: 2
分子量実験値: 2 MDa / 理論値: 2 MDa

-
超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 2 MDa / 理論値: 2 MDa

-
超分子 #2: SecA

超分子名称: SecA / タイプ: complex / ID: 2 / Name.synonym: SecA / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 40 mM Hepes pH 7.6, 50 mM K-acetate, 25 mM Mg-Acetate, 5mM DTT, 0.1% protease inhibitor pill/ml, 0.1 U/ml RNAsin, 125 mM sucrose
グリッド詳細: 2-nm carbon-coated holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2011年6月11日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 0.25 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Spider
CTF補正詳細: Each Micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 83000
最終 角度割当詳細: Spider

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1m74

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using coot and chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る