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万見
- EMDB-25648: CryoEM structure of the adenosine 2A receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25648
タイトルCryoEM structure of the adenosine 2A receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with ZM241385
マップデータStructure of the adenosine 2A receptor-BRIL/Anti BRIL Fab with ZM241385
試料
  • 複合体: A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 Fusion Protein
  • リガンド: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol
キーワードA2AAR / GPCR / ADENOSINE RECEPTOR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / neuron projection morphogenesis / asymmetric synapse / membrane depolarization / axolemma / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / cellular defense response / regulation of mitochondrial membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / astrocyte activation / response to amphetamine / positive regulation of apoptotic signaling pathway / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / calmodulin binding / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / apoptotic process / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang KH / Wu H / Hoppe N / Manglik A / Cheng YF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Fusion protein strategies for cryo-EM study of G protein-coupled receptors.
著者: Kaihua Zhang / Hao Wu / Nicholas Hoppe / Aashish Manglik / Yifan Cheng /
要旨: Single particle cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) is used extensively to determine structures of activated G protein-coupled receptors (GPCRs) in complex with G proteins or arrestins. However, ...Single particle cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) is used extensively to determine structures of activated G protein-coupled receptors (GPCRs) in complex with G proteins or arrestins. However, applying it to GPCRs without signaling proteins remains challenging because most receptors lack structural features in their soluble domains to facilitate image alignment. In GPCR crystallography, inserting a fusion protein between transmembrane helices 5 and 6 is a highly successful strategy for crystallization. Although a similar strategy has the potential to broadly facilitate cryo-EM structure determination of GPCRs alone without signaling protein, the critical determinants that make this approach successful are not yet clear. Here, we address this shortcoming by exploring different fusion protein designs, which lead to structures of antagonist bound A adenosine receptor at 3.4 Å resolution and unliganded Smoothened at 3.7 Å resolution. The fusion strategies explored here are likely applicable to cryo-EM interrogation of other GPCRs and small integral membrane proteins.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Allosteric Regulation of GPCRs by Sodium Ions
著者: Liu W
履歴
登録2021年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the adenosine 2A receptor-BRIL/Anti BRIL Fab with ZM241385
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.9305815 - 3.3283527
平均 (標準偏差)0.0019232043 (±0.047693416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex

全体名称: A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
要素
  • 複合体: A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 Fusion Protein
  • リガンド: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol

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超分子 #1: A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex

超分子名称: A2A adenosine receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 Fusion Protein

分子名称: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 Fusion Protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.415855 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VYITVELAIA VLAILGNVLV CWAVWLNSNL QNVTNYFVVS LAAADIAVGV LAIPFAITIS TGFCAACHGC LFIACFVLVL TQSSIFSLL AIAIDRYIAI RIPLRYNGLV TGTRAKGIIA ICWVLSFAIG LTPMLGWNNC GQPKEGKNHS QGCGEGQVAC L FEDVVPMN ...文字列:
VYITVELAIA VLAILGNVLV CWAVWLNSNL QNVTNYFVVS LAAADIAVGV LAIPFAITIS TGFCAACHGC LFIACFVLVL TQSSIFSLL AIAIDRYIAI RIPLRYNGLV TGTRAKGIIA ICWVLSFAIG LTPMLGWNNC GQPKEGKNHS QGCGEGQVAC L FEDVVPMN YMVYFNFFAC VLVPLLLMLG VYLRIFLAAR RQLADLEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LD AQKATPP KLEDKSPDSP EMKDFRHGFD ILVGQIDDAL KLANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ERARSTLQKE VHA AKSLAI IVGLFALCWL PLHIINCFTF FCPDCSHAPL WLMYLAIVLS HTNSVVNPFI YAYRIREFRQ TFRKI

UniProtKB: Adenosine receptor A2a, Soluble cytochrome b562, Adenosine receptor A2a

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分子 #2: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5...

分子名称: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZMA
分子量理論値: 337.336 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMA:
4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385 / アンタゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215946
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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