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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25644 | |||||||||
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タイトル | Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA | |||||||||
マップデータ | Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA | |||||||||
試料 |
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キーワード | anchor / antibodies / influenza A virus / hemagglutinin / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Han J / Richey ST / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Broadly neutralizing antibodies target a haemagglutinin anchor epitope. 著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W Freyn / Fatima Amanat / Olivia Stovicek / Lauren Gentles / Sara T Richey / Alba Torrents de la Peña / Victoria Rosado / Haley L Dugan / Nai-Ying Zheng / Micah E Tepora / Dalia J Bitar / Siriruk Changrob / Shirin Strohmeier / Min Huang / Adolfo García-Sastre / Klaus R Liedl / Jesse D Bloom / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Lynda Coughlan / Andrew B Ward / Patrick C Wilson / 要旨: Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral ...Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral mutants that escape broadly neutralizing antibodies have been reported. The identification of broadly neutralizing antibody classes that can neutralize viral escape mutants is critical for universal influenza virus vaccine design. Here we report a distinct class of broadly neutralizing antibodies that target a discrete membrane-proximal anchor epitope of the haemagglutinin stalk domain. Anchor epitope-targeting antibodies are broadly neutralizing across H1 viruses and can cross-react with H2 and H5 viruses that are a pandemic threat. Antibodies that target this anchor epitope utilize a highly restricted repertoire, which encodes two public binding motifs that make extensive contacts with conserved residues in the fusion peptide. Moreover, anchor epitope-targeting B cells are common in the human memory B cell repertoire and were recalled in humans by an oil-in-water adjuvanted chimeric haemagglutinin vaccine, which is a potential universal influenza virus vaccine. To maximize protection against seasonal and pandemic influenza viruses, vaccines should aim to boost this previously untapped source of broadly neutralizing antibodies that are widespread in the human memory B cell pool. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25644.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25644-v30.xml emd-25644.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25644.png | 33.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25644.cif.gz | 4.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25644 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25644_validation.pdf.gz | 406.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25644_full_validation.pdf.gz | 406 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25644_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25644_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25644 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA
全体 | 名称: Polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA |
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要素 |
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-超分子 #1: Polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA
超分子 | 名称: Polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: A/Michigan/45/2015 H1N1 |
-超分子 #2: Polyclonal Fab
超分子 | 名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: A/Michigan/45/2015 H1N1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Tris-buffered saline |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5324 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |