EMDB-25592: Consensus map of 40S ribosome showing IRES binding

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-25592

タイトル

Consensus map of 40S ribosome showing IRES binding

マップデータ

Post processed map

試料

複合体: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM139453	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM55440	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R35GM122602	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R01AI123406	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comprehensive structural overview of the HCV IRES-mediated translation initiation pathway
著者: Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J

履歴

登録	2021年11月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年7月13日	-
マップ公開	2022年7月13日	-
更新	2022年7月13日	-
現状	2022年7月13日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_25592.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_25592.map.gz	228 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-25592-v30.xml emd-25592.xml	22.8 KB 22.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_25592_fsc.xml	14.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_25592.png	38.7 KB
マスクデータ	emd_25592_msk_1.map emd_25592_msk_2.map	244.1 MB 244.1 MB		マスクマップ
その他	emd_25592_additional_1.map.gz emd_25592_half_map_1.map.gz emd_25592_half_map_2.map.gz	193 MB 193.4 MB 194.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25592	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_25592_validation.pdf.gz	936.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_25592_full_validation.pdf.gz	936.3 KB	表示
XML形式データ	emd_25592_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_25592_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25592	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	25533C 25590C 25591C 25593C 7symC 25527 7syg C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_25592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Post processed map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.95 Å/pix. x 400 pix. = 380. Å	0.95 Å/pix. x 400 pix. = 380. Å	0.95 Å/pix. x 400 pix. = 380. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.95 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00798
最小 - 最大	-0.02262053 - 0.052536197
平均 (標準偏差)	0.00019529603 (±0.002236068)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_25592_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイル

emd_25592_msk_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Refine3D map

ファイル

emd_25592_additional_1.map

注釈

Refine3D map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map

ファイル

emd_25592_half_map_1.map

注釈

Half map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map

ファイル

emd_25592_half_map_2.map

注釈

Half map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

全体	名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES
要素	複合体: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

-
超分子 #1: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

超分子	名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#39
由来(天然)	生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量	理論値: 2 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.000075 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot time, force 3.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TECNAI F30
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 70.9 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 346516
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Relion 3
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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