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- EMDB-2557: Negative-stain electron microscopy of E. coli ClpB (BAP form boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2557
タイトルNegative-stain electron microscopy of E. coli ClpB (BAP form bound to ClpP)
マップデータReconstruction of wild-type ClpB (BAP form bound to ClpP). Six-fold symmetry applied.
試料
  • 試料: ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP.
  • タンパク質・ペプチド: ClpB
キーワードchaperone / disaggregase / ClpB / BAP / wild type / coiled-coil domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to heat / response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Carroni M / Kummer E / Oguchi Y / Clare DK / Wendler P / Sinning I / Kopp J / Mogk A / Bukau B / Saibil HR
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Head-to-tail interactions of the coiled-coil domains regulate ClpB activity and cooperation with Hsp70 in protein disaggregation.
著者: Marta Carroni / Eva Kummer / Yuki Oguchi / Petra Wendler / Daniel K Clare / Irmgard Sinning / Jürgen Kopp / Axel Mogk / Bernd Bukau / Helen R Saibil /
要旨: The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds ...The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds Hsp70. Although the ClpB subunit structure is known, positioning of the MD in the hexamer and its mechanism of action are unclear. We obtained electron microscopy (EM) structures of the BAP variant of ClpB that binds the protease ClpP, clearly revealing MD density on the surface of the ClpB ring. Mutant analysis and asymmetric reconstructions show that MDs adopt diverse positions in a single ClpB hexamer. Adjacent, horizontally oriented MDs form head-to-tail contacts and repress ClpB activity by preventing Hsp70 interaction. Tilting of the MD breaks this contact, allowing Hsp70 binding, and releasing the contact in adjacent subunits. Our data suggest a wavelike activation of ClpB subunits around the ring.DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.02481.001.
履歴
登録2014年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年2月19日-
マップ公開2014年5月14日-
更新2014年6月25日-
現状2014年6月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.278
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.278
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4d2u
  • 表面レベル: 0.278
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2557.tiff

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of wild-type ClpB (BAP form bound to ClpP). Six-fold symmetry applied.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å		2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å		2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.278 / ムービー #1: 0.278
最小 - 最大-1.27364123 - 9.981047630000001
平均 (標準偏差)0.01397559 (±0.21327262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-127-127
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-127-127-127
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.2749.9810.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP.

全体名称: ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP.
要素
  • 試料: ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP.
  • タンパク質・ペプチド: ClpB

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超分子 #1000: ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP.

超分子名称: ClpB ATPgammaS. BAP variant bound to ClpP. / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Only the ClpB part was reconstructed and the molecular weight only refers to this part.
集合状態: Homohexamer. (One homohexamer of BAP bound to one homoheptamer of ClpP)
Number unique components: 1
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: ClpB

分子名称: ClpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The protein is engineered to bind to ClpP. / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 80 KDa / 理論値: 80 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: derivatives of MC4100 / 組換プラスミド: pDS56

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 20 mM KCl, 15 mM MgCl2, 1 mM DTT, 2 mM ATPgammaS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: protein adsorbed on carbon coated grids pretreated with 0.01% poly lysine chains. Stained with 2% uranyl acetate for 1 minute.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 x magnification
日付2012年3月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 220 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping entire frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, Spider
詳細: Starting models were generated by angular reconstitution and particle orientations were refined by projection matching in SPIDER. Only part of the molecule was refined in the alignment, but ...詳細: Starting models were generated by angular reconstitution and particle orientations were refined by projection matching in SPIDER. Only part of the molecule was refined in the alignment, but the final reconstruction includes the whole molecule.
使用した粒子像数: 11568
最終 角度割当詳細: Only side views used. Beta angles between 80 and 100 degrees (IMAGIC convention).
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1khy


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitting of separate domains was performed manually and locally optimised using Chimera. Known domain interfaces were used to guide the fit.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4d2u:
Negative-stain electron microscopy of E. coli ClpB (BAP form bound to ClpP)

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4ciu


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitting of separate domains was performed manually and locally optimised using Chimera. Known domain interfaces were used to guide the fit.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4d2u:
Negative-stain electron microscopy of E. coli ClpB (BAP form bound to ClpP)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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