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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2550 | |||||||||
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タイトル | Four levels of hierarchical organization including non-covalent chainmail brace the mature tumor herpesvirus capsid against pressurization | |||||||||
マップデータ | Capsid reconstruction of the rhesus monkey rhadinovirus | |||||||||
試料 |
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キーワード | gammaherpesvirus / virus / Rhesus monkey rhadinovirus / non-covalent chainmail | |||||||||
生物種 | Macaca mulatta rhadinovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou ZH / Hui W / Shah S / Jih J / O'Connor C / Sherman M / Kedes D / Schein S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Four levels of hierarchical organization, including noncovalent chainmail, brace the mature tumor herpesvirus capsid against pressurization. 著者: Z Hong Zhou / Wong Hoi Hui / Sanket Shah / Jonathan Jih / Christine M O'Connor / Michael B Sherman / Dean H Kedes / Stan Schein / 要旨: Like many double-stranded DNA viruses, tumor gammaherpesviruses Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus withstand high internal pressure. Bacteriophage HK97 uses covalent ...Like many double-stranded DNA viruses, tumor gammaherpesviruses Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus withstand high internal pressure. Bacteriophage HK97 uses covalent chainmail for this purpose, but how this is achieved noncovalently in the much larger gammaherpesvirus capsid is unknown. Our cryoelectron microscopy structure of a gammaherpesvirus capsid reveals a hierarchy of four levels of organization: (1) Within a hexon capsomer, each monomer of the major capsid protein (MCP), 1,378 amino acids and six domains, interacts with its neighboring MCPs at four sites. (2) Neighboring capsomers are linked in pairs by MCP dimerization domains and in groups of three by heterotrimeric triplex proteins. (3) Small (∼280 amino acids) HK97-like domains in MCP monomers alternate with triplex heterotrimers to form a belt that encircles each capsomer. (4) One hundred sixty-two belts concatenate to form noncovalent chainmail. The triplex heterotrimer orchestrates all four levels and likely drives maturation to an angular capsid that can withstand pressurization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2550.map.gz | 728.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2550-v30.xml emd-2550.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2550.jpg | 212.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2550 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2550 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2550_validation.pdf.gz | 221 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2550_full_validation.pdf.gz | 220.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2550_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2550 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2550 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2550.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 953.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Capsid reconstruction of the rhesus monkey rhadinovirus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rhesus monkey rhadinovirus capsid
全体 | 名称: Rhesus monkey rhadinovirus capsid |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rhesus monkey rhadinovirus capsid
超分子 | 名称: Rhesus monkey rhadinovirus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The capsid has T=16 icosahedral symmetry. / 集合状態: icosahedral viral capsid / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 198.4 MDa / 手法: theoreomatic estimation |
-超分子 #1: Macaca mulatta rhadinovirus
超分子 | 名称: Macaca mulatta rhadinovirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 703611 / 生物種: Macaca mulatta rhadinovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) / 別称: VERTEBRATES |
分子量 | 実験値: 198.4 MDa / 理論値: 198.4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Tris HCl at pH 8.0, 250 mM NaCl and 1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/1 grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot manually for about 1 second before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/T |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K |
日付 | 2004年8月30日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 320 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Data processing and 3D reconstruction were carried out in Microsoft Windows XP-based HP workstations with the IMIRS package |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 14374 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: fit in map function from Chimera |