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万見
- EMDB-2549: 3D structure of the KMN network -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2549
タイトル3D structure of the KMN network
マップデータReconstruction of KMN network
試料
  • 試料: KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to Ndc80complex (bonsai) and Knl1( from amino acids, 2106-2316)
  • タンパク質・ペプチド: Mis12
  • タンパク質・ペプチド: Polyamine-modulated factor 1
  • タンパク質・ペプチド: Dsn1
  • タンパク質・ペプチド: Nsl1
  • タンパク質・ペプチド: Bub-linking kinetochore protein
  • タンパク質・ペプチド: Highly expressed in cancer-1
  • タンパク質・ペプチド: Spc25
  • タンパク質・ペプチド: Spc24
  • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle-assoiciated protein1
キーワードMitosis / outer kinetochore / KMN network
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / kinetochore organization ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / kinetochore organization / acrosome assembly / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / acrosomal vesicle / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / regulation of protein stability / kinetochore / fibrillar center / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / mitotic cell cycle / microtubule binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / nuclear speck / nuclear body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinetochore-associated protein Nnf1 / Kinetochore protein NDC80 loop region / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 ...Kinetochore-associated protein Nnf1 / Kinetochore protein NDC80 loop region / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Mis14 like / Knl1 RWD C-terminal domain / MELT motif / Centromere protein Mis12 / Nuclear MIS12/MIND complex subunit PMF1/Nnf1 / Centromere protein Mis12 / Nnf1 / Mis12 protein / Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13 / Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13 / Mis12-Mtw1 protein family / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / : / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NDC80 homolog / Polyamine-modulated factor 1 / Kinetochore protein Spc24 / Outer kinetochore KNL1 complex subunit KNL1 / Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / Kinetochore protein Nuf2 / Protein MIS12 homolog / Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / Kinetochore protein Spc25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.7 Å
データ登録者Petrovic A / Mosalaganti S / Keller J / Mattiuzzo M / Overlack K / Krenn V / De Antoni A / Wohlgemuth S / Cecatiello V / Pasqualato S ...Petrovic A / Mosalaganti S / Keller J / Mattiuzzo M / Overlack K / Krenn V / De Antoni A / Wohlgemuth S / Cecatiello V / Pasqualato S / Raunser S / Musacchio A
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: Modular assembly of RWD domains on the Mis12 complex underlies outer kinetochore organization.
著者: Arsen Petrovic / Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Marta Mattiuzzo / Katharina Overlack / Veronica Krenn / Anna De Antoni / Sabine Wohlgemuth / Valentina Cecatiello / Sebastiano Pasqualato ...著者: Arsen Petrovic / Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Marta Mattiuzzo / Katharina Overlack / Veronica Krenn / Anna De Antoni / Sabine Wohlgemuth / Valentina Cecatiello / Sebastiano Pasqualato / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: Faithful chromosome segregation is mandatory for cell and organismal viability. Kinetochores, large protein assemblies embedded in centromeric chromatin, establish a mechanical link between ...Faithful chromosome segregation is mandatory for cell and organismal viability. Kinetochores, large protein assemblies embedded in centromeric chromatin, establish a mechanical link between chromosomes and spindle microtubules. The KMN network, a conserved 10-subunit kinetochore complex, harbors the microtubule-binding interface. RWD domains in the KMN subunits Spc24 and Spc25 mediate kinetochore targeting of the microtubule-binding subunits by interacting with the Mis12 complex, a KMN subcomplex that tethers directly onto the underlying chromatin layer. Here, we show that Knl1, a KMN subunit involved in mitotic checkpoint signaling, also contains RWD domains that bind the Mis12 complex and that mediate kinetochore targeting of Knl1. By reporting the first 3D electron microscopy structure of the KMN network, we provide a comprehensive framework to interpret how interactions of RWD-containing proteins with the Mis12 complex shape KMN network topology. Our observations unveil a regular pattern in the construction of the outer kinetochore.
履歴
登録2014年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月22日-
マップ公開2014年2月26日-
更新2014年5月21日-
現状2014年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.84
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9.84
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2549.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of KMN network
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 588.8 Å		4.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 588.8 Å		4.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 588.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.84 / ムービー #1: 9.84
最小 - 最大-11.614444730000001 - 38.082832340000003
平均 (標準偏差)0.03312875 (±1.02653921)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 588.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.64.64.6
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z588.800588.800588.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-11.61438.0830.033

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Binary mask representing the whole structure

注釈Binary mask representing the whole structure
ファイルemd_2549_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to...

全体名称: KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to Ndc80complex (bonsai) and Knl1( from amino acids, 2106-2316)
要素
  • 試料: KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to Ndc80complex (bonsai) and Knl1( from amino acids, 2106-2316)
  • タンパク質・ペプチド: Mis12
  • タンパク質・ペプチド: Polyamine-modulated factor 1
  • タンパク質・ペプチド: Dsn1
  • タンパク質・ペプチド: Nsl1
  • タンパク質・ペプチド: Bub-linking kinetochore protein
  • タンパク質・ペプチド: Highly expressed in cancer-1
  • タンパク質・ペプチド: Spc25
  • タンパク質・ペプチド: Spc24
  • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle-assoiciated protein1

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超分子 #1000: KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to...

超分子名称: KMN network reconstituted as follows: human Mis12complex bound to Ndc80complex (bonsai) and Knl1( from amino acids, 2106-2316)
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: One heterotetramer of Mis12C binds heterotetramer of Ndc80C and Knl1(2106-2316)
Number unique components: 9
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa / 手法: Size-exclusion chromatography

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分子 #1: Mis12

分子名称: Mis12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)-codon-plus-RIL / 組換プラスミド: pST39
配列UniProtKB: Protein MIS12 homolog / GO: MIS12/MIND type complex / InterPro: Centromere protein Mis12

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分子 #2: Polyamine-modulated factor 1

分子名称: Polyamine-modulated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PMF1 or NNF1
詳細: truncated protein from amino acids (31-205) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)-codon-plus-RIL / 組換プラスミド: pST39
配列UniProtKB: Polyamine-modulated factor 1 / GO: MIS12/MIND type complex / InterPro: Kinetochore-associated protein Nnf1

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分子 #3: Dsn1

分子名称: Dsn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: truncated protein from amino acids (68-356) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 40 KDa / 理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)-codon-plus-RIL / 組換プラスミド: pST39
配列UniProtKB: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / GO: MIS12/MIND type complex / InterPro: Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13

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分子 #4: Nsl1

分子名称: Nsl1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Mis14, DC8, C1orf48
詳細: truncated protein from amino acids (1-206) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)-codon-plus-RIL / 組換プラスミド: pST39
配列UniProtKB: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / GO: MIS12/MIND type complex / InterPro: Kinetochore Mis14/Nsl1

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分子 #5: Bub-linking kinetochore protein

分子名称: Bub-linking kinetochore protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Blinkin, Casc5, Knl1
詳細: truncated protein from amino acids (2106-2311) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 30 KDa / 理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)-codon-plus-RIL / 組換プラスミド: pST39
配列UniProtKB: Outer kinetochore KNL1 complex subunit KNL1

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分子 #6: Highly expressed in cancer-1

分子名称: Highly expressed in cancer-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Hec1, Ndc80
詳細: truncated protein from amino acids (1-286) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pGEX6P-2rbs
配列UniProtKB: Kinetochore protein NDC80 homolog / GO: Ndc80 complex / InterPro: Kinetochore protein Ndc80

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分子 #7: Spc25

分子名称: Spc25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: spc25
詳細: truncated protein from amino acids (118-224) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 10 KDa / 理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pGEX6P-2rbs
配列UniProtKB: Kinetochore protein Spc25 / GO: Ndc80 complex / InterPro: Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal

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分子 #8: Spc24

分子名称: Spc24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: truncated protein from amino acids (122-197) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 9 KDa / 理論値: 9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pGEX6P-2rbs
配列UniProtKB: Kinetochore protein Spc24 / GO: Ndc80 complex / InterPro: Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24

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分子 #9: Cell division cycle-assoiciated protein1

分子名称: Cell division cycle-assoiciated protein1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / Name.synonym: Nuf2
詳細: truncated protein from amino acids (1-169) was generated and used for the complex formation
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: nucleus, centeromere / 細胞中の位置: Kinetochore
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pGEX6P-2rbs
配列UniProtKB: Kinetochore protein Nuf2 / GO: Ndc80 complex / InterPro: Kinetochore protein Nuf2, N-terminal

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 1mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 0.07% Uranyl formate
グリッド詳細: 200 mesh copper grids with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
詳細Minimal Dose system
日付2013年10月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 248 / 平均電子線量: 19 e/Å2
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 67200 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle min: -50

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画像解析

詳細Tilt pairs were collected at 50 and 0 degrees. Particle pairs were manually selected using e2RCTboxer program. RCT reconstruction of tilted particles was calculated from best class average by back projection and was followed by back projection refinement.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2/sparx / 使用した粒子像数: 3764
最終 2次元分類クラス数: 10

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ve7


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structures were fit into the overall density manually.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4nf9


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The crystal structures were fit into the overall density manually.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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