[日本語] English
万見
- EMDB-2548: Single particle electron cryomicroscopy of the complex between th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2548
タイトルSingle particle electron cryomicroscopy of the complex between the E.coli enzyme beta-galactosidase and the single chain Fv antibody scFv13R4.
マップデータMap of the structure of the complex between beta-galactosidase and the scFv13R4 single chain antibody domain.
試料
  • 試料: Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase
  • タンパク質・ペプチド: beta-galactosidase
  • タンパク質・ペプチド: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
  • タンパク質・ペプチド: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN
キーワードbeta-galactosidase / antibody / scFv13R4 / single particle cryoEM
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / carbohydrate binding / adaptive immune response ...alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / carbohydrate binding / adaptive immune response / magnesium ion binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Glycoside hydrolase family 1 / : / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Glycoside hydrolase superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase / Immunoglobulin kappa variable 5-48 / Ig heavy chain V region 36-60
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Vinothkumar KR / McMullan G / Henderson R
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism of antibody-mediated activation of β-galactosidase.
著者: Kutti R Vinothkumar / Greg McMullan / Richard Henderson /
要旨: Binding of a single-chain Fv antibody to Escherichia coli β-galactosidase (β-gal) is known to stabilize the enzyme and activate several inactive point mutants, historically called antibody-mediated ...Binding of a single-chain Fv antibody to Escherichia coli β-galactosidase (β-gal) is known to stabilize the enzyme and activate several inactive point mutants, historically called antibody-mediated enzyme formation mutants. To understand the nature of this activation, we have determined by electron cryo-microscopy the structure of the complex between β-gal and the antibody scFv13R4. Our structure localizes the scFv13R4 binding site to the crevice between domains 1 and 3 in each β-gal subunit. The mutations that scFv13R4 counteracts are located between the antibody binding site and the active site of β-gal, at one end of the TIM-barrel that forms domain 3 where the substrate lactose is hydrolyzed. The mode of binding suggests how scFv stabilizes both the active site of β-gal and the tetrameric state.
履歴
登録2014年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年1月15日-
更新2014年4月23日-
現状2014年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4ckd
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2548.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the structure of the complex between beta-galactosidase and the scFv13R4 single chain antibody domain.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300. Å		3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300. Å		3 Å/pix.
x 100 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.05654818 - 0.32245788
平均 (標準偏差)-0.00343177 (±0.04594183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0570.322-0.003

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase

全体名称: Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase
要素
  • 試料: Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase
  • タンパク質・ペプチド: beta-galactosidase
  • タンパク質・ペプチド: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN
  • タンパク質・ペプチド: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN

-
超分子 #1000: Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase

超分子名称: Single chain Fv antibody domain bound to the enzyme beta-galactosidase
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The occupancy of the antibody domains was estimated to be 90%
集合状態: one D2 symmetry tetramer, with 4 Fv antibody domains (heavy & light chains)
Number unique components: 3
分子量理論値: 560 KDa
手法: Known stoichiometry and known molecular weights of the components, which are 450 kiloDaltons for the D2 beta-galactosidase and 28 kiloDaltons for each Fv domain.

-
分子 #1: beta-galactosidase

分子名称: beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Central tetrameric enzyme in complex / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 465 KDa
配列UniProtKB: Beta-galactosidase / GO: beta-galactosidase complex / InterPro: Glycoside hydrolase family 1

-
分子 #2: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN

分子名称: SCFV13R4 ANTIBODY FV HEAVY CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetrameric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: HOUSE MOUSE
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pet16B

-
分子 #3: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN

分子名称: SCFV13R4 ANTIBODY FV LIGHT CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetrameric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: HOUSE MOUSE
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pet16b

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20% phosphate buffered saline (PBS)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample applied to glow-discharged (30 seconds in residual air) grids, blotted and frozen rapidly in an environmental plunge-freeze apparatus (Bellare et al, J. Electr. Micros. Tech., 1988, 10, 87-111).
グリッド詳細: Qunatifoil grids with 1.2 micron holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER
手法: Blot for 10-20 seconds until diameter of blotted meniscus ceases to expand, before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 88 K / 最高: 90 K / 平均: 89 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 200,000x once at start of session
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Exposure intensity set to give 50 electrons/pixel/second at the detector. This translates into 16 electron/square_Angstrom/second at the specimen.
日付2012年8月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 49 / 平均電子線量: 67 e/Å2
詳細: Every image is the average of all frames recorded by the Falcon II direct electron detector
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.027 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.678 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Polara cartridges / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細The map was obtained using Frealign, with a starting model consisting of a similar map from 43,000 single particle images of beta-galactosidase without antibody.
CTF補正詳細: done inside FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC, CTFFIND3, FREALIGN
詳細: Map was calculated from a single dataset of 2965 particles.
使用した粒子像数: 2965
最終 角度割当詳細: as determined by FREALIGN. Orientations were determined using the data out to a resolution limited to 14 Angstroms

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1f4a


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Since there are three orthogonal two-fold axes, there are actually no parameters required for the fitting, except to make sure the three axes are correctly assigned (which they were at an earlier stage) and relative magnification, which was tested from 0.95 to 1.05, determined. In this case, at this resolution, a relative magnification of 1.00 was adequate. For the higher resolution map of beta-galactosidase without antibody, a 2.5% correction was necessary. In addition to 1F4A, we also fitted the coordinates of Fv antibody HYHEL-10 (anti-hen egg lysozyme) with PDB coordinates 3A6B to all four antibody domains in the map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 0
当てはまり具合の基準: FSC curve between map and model
得られたモデル

PDB-4ckd:
Model of complex between the E.coli enzyme beta-galactosidase and four single chain Fv antibody domains scFv13R4.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る