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- EMDB-25442: Cryo-EM structure of prestin from gerbil (Meriones unguiculatus) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25442
タイトルCryo-EM structure of prestin from gerbil (Meriones unguiculatus) in the presence of NaCl
マップデータ
試料
  • 複合体: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent
    • タンパク質・ペプチド: Prestin, Enhanced Yellow Fluorescent Protein chimera
キーワードPrestin (Slc26a5) / cochlear amplification / NonLinear Capacitance / MEMBRANE PROTEIN / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active sulfate transmembrane transporter activity / sensory perception of sound / regulation of cell shape / basolateral plasma membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Prestin / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Meriones unguiculatus (スナネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Butan C / Santos-Sacchi J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01 DC016318, R01 DC008130 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Single particle cryo-EM structure of the outer hair cell motor protein prestin.
著者: Carmen Butan / Qiang Song / Jun-Ping Bai / Winston J T Tan / Dhasakumar Navaratnam / Joseph Santos-Sacchi /
要旨: The mammalian outer hair cell (OHC) protein prestin (Slc26a5) differs from other Slc26 family members due to its unique piezoelectric-like property that drives OHC electromotility, the putative ...The mammalian outer hair cell (OHC) protein prestin (Slc26a5) differs from other Slc26 family members due to its unique piezoelectric-like property that drives OHC electromotility, the putative mechanism for cochlear amplification. Here, we use cryo-electron microscopy to determine prestin's structure at 3.6 Å resolution. Prestin is structurally similar to the anion transporter Slc26a9. It is captured in an inward-open state which may reflect prestin's contracted state. Two well-separated transmembrane (TM) domains and two cytoplasmic sulfate transporter and anti-sigma factor antagonist (STAS) domains form a swapped dimer. The transmembrane domains consist of 14 transmembrane segments organized in two 7+7 inverted repeats, an architecture first observed in the bacterial symporter UraA. Mutation of prestin's chloride binding site removes salicylate competition with anions while retaining the prestin characteristic displacement currents (Nonlinear Capacitance), undermining the extrinsic voltage sensor hypothesis for prestin function.
履歴
登録2021年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sun
  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0233 / ムービー #1: 0.0233
最小 - 最大-0.06466008 - 0.14309588
平均 (標準偏差)0.00019112107 (±0.0051936614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0681.0681.068
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.320256.320256.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0650.1430.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Prestin dimer surrounded by a belt of detergent

全体名称: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent
要素
  • 複合体: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent
    • タンパク質・ペプチド: Prestin, Enhanced Yellow Fluorescent Protein chimera

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超分子 #1: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent

超分子名称: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Meriones unguiculatus (スナネズミ)

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分子 #1: Prestin, Enhanced Yellow Fluorescent Protein chimera

分子名称: Prestin, Enhanced Yellow Fluorescent Protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 111.865805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDHAEENEIP VATQKYHVER PIFSHPVLQE RLHVKDKVSE SIGDKLKQAF TCTPKKIRNI IYMFLPITKW LPAYKFKEYV LGDLVSGIS TGVLQLPQGL AFAMLAAVPP VFGLYSSFYP VIMYCFFGTS RHISIGPFAV ISLMIGGVAV RLVPDDIVIP G GVNATNGT ...文字列:
MDHAEENEIP VATQKYHVER PIFSHPVLQE RLHVKDKVSE SIGDKLKQAF TCTPKKIRNI IYMFLPITKW LPAYKFKEYV LGDLVSGIS TGVLQLPQGL AFAMLAAVPP VFGLYSSFYP VIMYCFFGTS RHISIGPFAV ISLMIGGVAV RLVPDDIVIP G GVNATNGT EARDALRVKV AMSVTLLSGI IQFCLGVCRF GFVAIYLTEP LVRGFTTAAA VHVFTSMLKY LFGVKTKRYS GI FSVVYST VAVLQNVKNL NVCSLGVGLM VFGLLLGGKE FNERFKEKLP APIPLEFFAV VMGTGISAGF NLHESYSVDV VGT LPLGLL PPANPDTSLF HLVYVDAIAI AIVGFSVTIS MAKTLANKHG YQVDGNQELI ALGICNSIGS LFQTFSISCS LSRS LVQEG TGGKTQLAGC LASLMILLVI LATGFLFESL PQAVLSAIVI VNLKGMFMQF SDLPFFWRTS KIELTIWLTT FVSSL FLGL DYGLITAVII ALLTVIYRTQ SPSYKVLGQL PDTDVYIDID AYEEVKEIPG IKIFQINAPI YYANSDLYSN ALKRKT GVN PALIMGARRK AMRKYAKEVG NANIANAAVV KVDGEVDGEN ATKPEEEDDE VKYPPIVIKT TFPEELQRFM PQTENVH TI ILDFTQVNFI DSVGVKTLAV MVKEYGDVGI YVYLAGCSPQ VVNDLTRNRF FENPALKELL FHSIHDAVLG SHVREAMA E QEASAPPPQD DMEPNATPTT PEAARDPPVA TMVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTFGYG LQCFARYPDH MKQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMADK QKNGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSYQSA L SKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITLGMDE LYKEQKLISE EDLNMHTGHH HHHH

UniProtKB: Prestin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 200 mM NaCl, 0.02% GDN, pH 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.15 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.1500000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rtf

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 111863
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rtf


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7sun:
Atomic model of prestin from gerbil (Meriones unguiculatus)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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