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万見
- EMDB-2544: Electron cryo-microscopy subtomogram average of a contracted cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2544
タイトルElectron cryo-microscopy subtomogram average of a contracted contractile structure in a MAC array
マップデータSubtomogram average of a contracted contractile structure in a MAC array
試料
  • 試料: Culture of Pseudoalteromonas violacea cells
  • 細胞器官・細胞要素: Contracted contractile structure in a MAC array
キーワードmetamorphosis / contractile / tubeworm / phage tail / extended / MAC
生物種Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Shikuma NJ / Pilhofer M / Weiss GL / Hadfield MG / Jensen GJ / Newman DK
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Marine tubeworm metamorphosis induced by arrays of bacterial phage tail-like structures.
著者: Nicholas J Shikuma / Martin Pilhofer / Gregor L Weiss / Michael G Hadfield / Grant J Jensen / Dianne K Newman /
要旨: Many benthic marine animal populations are established and maintained by free-swimming larvae that recognize cues from surface-bound bacteria to settle and metamorphose. Larvae of the tubeworm ...Many benthic marine animal populations are established and maintained by free-swimming larvae that recognize cues from surface-bound bacteria to settle and metamorphose. Larvae of the tubeworm Hydroides elegans, an important biofouling agent, require contact with surface-bound bacteria to undergo metamorphosis; however, the mechanisms that underpin this microbially mediated developmental transition have been enigmatic. Here, we show that a marine bacterium, Pseudoalteromonas luteoviolacea, produces arrays of phage tail-like structures that trigger metamorphosis of H. elegans. These arrays comprise about 100 contractile structures with outward-facing baseplates, linked by tail fibers and a dynamic hexagonal net. Not only do these arrays suggest a novel form of bacterium-animal interaction, they provide an entry point to understanding how marine biofilms can trigger animal development.
履歴
登録2013年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年2月12日-
更新2014年2月12日-
現状2014年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

PastedGraphi...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of a contracted contractile structure in a MAC array
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
16.8 Å/pix.
x 65 pix.
= 1092. Å		16.8 Å/pix.
x 65 pix.
= 1092. Å		16.8 Å/pix.
x 65 pix.
= 1092. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 16.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 127.0 / ムービー #1: 127
最小 - 最大22.141006470000001 - 226.5
平均 (標準偏差)115.221542360000001 (±11.83436584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ656565
Spacing656565
セルA=B=C: 1092.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z16.816.816.8
M x/y/z656565
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1092.0001092.0001092.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS656565
D min/max/mean22.141226.500115.222

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Culture of Pseudoalteromonas violacea cells

全体名称: Culture of Pseudoalteromonas violacea cells
要素
  • 試料: Culture of Pseudoalteromonas violacea cells
  • 細胞器官・細胞要素: Contracted contractile structure in a MAC array

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超分子 #1000: Culture of Pseudoalteromonas violacea cells

超分子名称: Culture of Pseudoalteromonas violacea cells / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Contracted contractile structure in a MAC array

超分子名称: Contracted contractile structure in a MAC array / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 集合状態: Structure is part of a MAC array / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
Organelle: MAC array / 細胞中の位置: cytoplasmic and extracellular

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
日付2013年7月12日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細PEET
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: ETOMO / 使用したサブトモグラム数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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