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- EMDB-25361: Composite map of ciliary C2 central pair apparatus isolated from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25361
タイトルComposite map of ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータCiliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii
試料
  • 複合体: C2 central pair apparatus complex
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 3種
キーワードcilia / microtubule / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / microtubule associated complex / motile cilium ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / microtubule associated complex / motile cilium / regulation of cytoskeleton organization / axoneme / cilium assembly / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / transcription coactivator activity / hydrolase activity / ciliary basal body / cilium / GTPase activity / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Associate of Myc 1 / MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / : / : / : / : / MYCBP-associated protein family / Cilia- and flagella-associated protein 65-like, Ig-like domain / : ...Associate of Myc 1 / MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / : / : / : / : / MYCBP-associated protein family / Cilia- and flagella-associated protein 65-like, Ig-like domain / : / Cilia- and flagella-associated protein 65-like, Ig-like domain / : / CFAP74 first Ig-like domain / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / CFAP65, fourth Ig-like domain / : / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein ASH domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein / Predicted protein / Flagellar associated protein 174 ...Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein ASH domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein / Predicted protein / Flagellar associated protein 174 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Flagellar associated protein / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gui M / Wang X / Dutcher SK / Brown A / Zhang R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Ciliary central apparatus structure reveals mechanisms of microtubule patterning.
著者: Miao Gui / Xiangli Wang / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
要旨: A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules ...A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules are patterned asymmetrically with large protein complexes that repeat every 16 or 32 nm. The composition of these projections and the mechanisms that establish asymmetry and longitudinal periodicity are unknown. Here, by determining cryo-EM structures of the CA microtubules, we identify 48 different CA-associated proteins, which in turn reveal mechanisms for asymmetric and periodic protein binding to microtubules. We identify arc-MIPs, a novel class of microtubule inner protein, that bind laterally across protofilaments and remodel tubulin structure and lattice contacts. The binding mechanisms utilized by CA proteins may be generalizable to other microtubule-associated proteins. These structures establish a foundation to elucidate the contributions of individual CA proteins to ciliary motility and ciliopathies.
履歴
登録2021年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25361.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ciliary C2 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大0.0 - 1.9984493
平均 (標準偏差)0.00584893 (±0.04987752)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 711.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_25361_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Additional map 1

ファイルemd_25361_additional_1.map
注釈Additional map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map 2

ファイルemd_25361_additional_2.map
注釈Additional map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map 3

ファイルemd_25361_additional_3.map
注釈Additional map 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Additional map 4

ファイルemd_25361_additional_4.map
注釈Additional map 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: consensus refinement

ファイルemd_25361_additional_5.map
注釈consensus refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: mask for fsc curve

ファイルemd_25361_additional_6.map
注釈mask for fsc curve
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Additional map 7

ファイルemd_25361_additional_7.map
注釈Additional map 7
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map 8

ファイルemd_25361_additional_8.map
注釈Additional map 8
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map 9

ファイルemd_25361_additional_9.map
注釈Additional map 9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : C2 central pair apparatus complex

全体名称: C2 central pair apparatus complex
要素
  • 複合体: C2 central pair apparatus complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: FAP196
    • タンパク質・ペプチド: FAP213
    • タンパク質・ペプチド: FAP225
    • タンパク質・ペプチド: FAP239
    • タンパク質・ペプチド: FAP388
    • タンパク質・ペプチド: FAP424
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: FAP65
    • タンパク質・ペプチド: FAP70
    • タンパク質・ペプチド: FAP147
    • タンパク質・ペプチド: FAP178
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: C2 central pair apparatus complex

超分子名称: C2 central pair apparatus complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1-#2, #13-#18, #3, #11-#12, #7-#10, #4-#6
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Tubulin beta

分子名称: Tubulin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 74 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.665809 KDa
配列文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS ...文字列:
MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE CMVLDNEALY DICFRTLKLT TPTFGDLNHL ISAVMSGITC CL RFPGQLN ADLRKLAVNL IPFPRLHFFM VGFTPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMWDAK NMMCAADPRH GRYLTASALF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKSSVCDI PPKGLKMSAT FIGNSTAIQE MFKRVSEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDASAEEEGE FEGEEEEA

UniProtKB: Tubulin beta-1/beta-2 chain

+
分子 #2: Tubulin alpha

分子名称: Tubulin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 74 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.638008 KDa
配列文字列: MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列:
MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG FTVYPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRSLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDITEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNAAFE PASMMVKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNASVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MISNSTAIGE IFSRLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDFEEV GAESAEGAGE GEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain

+
分子 #3: Cilia- and flagella-associated protein 20

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 64.880324 KDa
配列文字列: MPLVLRHIAG LNGQMFGAMR SIPNSRGPYN IAQISGVSVI LGNENNLAPQ FTLRGHDDVI TAFAMSHGGS MLATGQKGSN SDVIVWDVA ACAPKYKFQE HDVEVATVSF SADDRLLLSA SCFTDAKLYV WDMATGKIVA KHGLEPGKRI TCSAWSPALA N GRAYTCAT ...文字列:
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UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 20

+
分子 #4: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.262674 KDa
配列文字列: MEGAAGPSGF RNVEPLSRQE RAAARDKDLL EKSRLQARNR GGPLKQPENV VGNPVMPARN APAFCDEYDR FNRDVAGEMN AKKQQNLQK KEEVYAVKRA EQYHRERSNW ETQAQAAARE AARLEASRTT GTGAKRNQGS ESYNIISLNY NNSSGGQQLA A KDTAVKEA ...文字列:
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+
分子 #5: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 81.430711 KDa
配列文字列: MATYEPPRSP GSRRVRRHAM GVSNASSIDE CEASSSARST VTLIQSGRLV RLQPHERPTD SVARETRTED RPIVDKVHDK LFKAHRERF VHKVLRSYAQ DDSGLLTPDQ LRSALDRLHT GLDAAEKDRI VARVAPAQHG KVHYMDFIRS LESPQPLGGP G LGVGFPGV ...文字列:
MATYEPPRSP GSRRVRRHAM GVSNASSIDE CEASSSARST VTLIQSGRLV RLQPHERPTD SVARETRTED RPIVDKVHDK LFKAHRERF VHKVLRSYAQ DDSGLLTPDQ LRSALDRLHT GLDAAEKDRI VARVAPAQHG KVHYMDFIRS LESPQPLGGP G LGVGFPGV TPQRAAAAGT APTFWNWQRH KKQHVPGLLE EVREGTFEQA QSDALLTSLM STKLNQYRDK LRLIFRQMDG NR NSLIDRE EFIRGIAKLR INVSKAQVER LFDLCDVDKS GELDYEEFVN RFEENGLASA ARNQTRAQPQ QPDGAPATVP LAQ SLGLTQ DEVAGALSHP MVHELARSLY GKASGATSVF VRNDLTRCGQ LPVRDMTRCC QALVPGISER QVAAVMAVVD PNSA GGVDY RAFVQKLTET GVANPRMLHS APARGEGFTA TGALTRFGEG GSLTAPDALP SAGSRSLSAV GTCRSPGGSG TTVLP ISAG LGVVLQPGGT LPPGAVTTRP AADRTSLDDL HDVCVAPFLE SLSRAGNNDL PAQHDNNNNN GGAGGPATSL PSVTRS IDM GTLSRSASLP NAHGGSPTRF GGAGGGGGFG GTAAGLSATG SKAPTHATGR FSRFWDRRYA DTSHITSVDP CSASYAP SE GTYVRKGWGS GDASSDFLTY QGADRDQRAR QRQAVAVRTT ARSEVEAKLS GLDDASGLDD GRLQVARATK QRYEERAE M YDRTRQQHEG GSCIFGRLPP FHEHQLEAAN TPARVFW

+
分子 #6: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 57.734598 KDa
配列文字列: MPPQLGREVQ ERVKVYGPLN ELTYEGRLLT QTLQDELNRS ISAPAGPRSP WYEGDPELES MRERVRQQRA IREAQRRRDH AALTASIQK RNLQEEQRRD AMLGSLLGDV IGGLTDPNSP LAEAEAALSH ADKVRRKKKE SLHNEWSTQV FDTIQGRLQA A VDARDPAA ...文字列:
MPPQLGREVQ ERVKVYGPLN ELTYEGRLLT QTLQDELNRS ISAPAGPRSP WYEGDPELES MRERVRQQRA IREAQRRRDH AALTASIQK RNLQEEQRRD AMLGSLLGDV IGGLTDPNSP LAEAEAALSH ADKVRRKKKE SLHNEWSTQV FDTIQGRLQA A VDARDPAA IESRLKTQYD QYLHTTNTKV AVFRDVIIEQ DYNPLAAADA AIRVPTGDIR DPLKRDVLKG EYERRLMTGG RG GGGASPT GRGGAAAAGA GSIYGPLGKE TLGTQQWGEL AVKATPYGHC TDGQGGYVAR PLSGSAVALR ASRVPMDHYD YPV GNAAAA AEVPPGKRIV PGPEQRRGRQ DLFDVVQHTV HLKPQGYTGG DQWLEHKGKG NAPGPEQRRG RRDLADVLQQ KAVA DGPRG TSAPARGDQL QHKEQGDAWL DAKGKRRVEG PEMRRGRQGL YETLQQTSNP YQGGNKVGDA WLEHKGRKVQ PRPEP EAAA ALSAVPPLPT VRPPRVGDDK KYAVNIEAAM GQMTVKDGAK VTGW

+
分子 #7: FAP65

分子名称: FAP65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 46.26157 KDa
配列文字列: MSERPHQSGP RSWAEDCNQY RTTRGSKSYS TLEDAGRVPE RYSRTNYVPF LAERHPLYSY NDLGEDGKGK VRLDPATQAD RFSRHGWGD VSLLKQEGLA GQPHPRSSEA GPTRSGRLRP GSPRGADGRN GLYGVLQMTE AGGTDSWVGH PQIDPTKGKR A VAPPPDPK ...文字列:
MSERPHQSGP RSWAEDCNQY RTTRGSKSYS TLEDAGRVPE RYSRTNYVPF LAERHPLYSY NDLGEDGKGK VRLDPATQAD RFSRHGWGD VSLLKQEGLA GQPHPRSSEA GPTRSGRLRP GSPRGADGRN GLYGVLQMTE AGGTDSWVGH PQIDPTKGKR A VAPPPDPK GRRDLFDVLH ARSPGMPADD SWLGHQKIDP ARGKAHPPGP EQSRGRRDLT ELFTMNILHD PRRLELLQKG AD KHGDAWC GNILIDPARG KKPVEDVAAA GQNLHGATFK PLPAGTPLPD APRRHTRPAP APASDAYAAE VIRGEAAGDD WGP RTKRSV PDMPKPNAFD GRTDLYAHMQ YRPLSNGEQG KYAKAFDDRG TRGRRQLHTP GDADPAKEAL LTWKPEMRVG QFVK NGGLA QENRVRGHTL RATAGR

UniProtKB: Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein ASH domain-containing protein

+
分子 #8: FAP70

分子名称: FAP70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.089324 KDa
配列文字列:
MFRQEEQPKT GVRQFGTHTT GKVDHMLGTH ATVRPEYKDP PPKRTVPTSQ LEAVRNIETQ YIKARKAAED ARERQGTSHL YAAGKGWGH

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 70

+
分子 #9: FAP147

分子名称: FAP147 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.193566 KDa
配列文字列: MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS ...文字列:
MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS DRLYSEEELP AEFKLFLPIQ KS

UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #10: FAP178

分子名称: FAP178 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 65.929133 KDa
配列文字列: MAAAGLDTLR LEDSDDDFKY EEVDVMSDGE DDASEDLDAA LRKLQQFTSK QEAATGPART TEVKPGQVVK KPEVIDDFLR NFFIKMGLS RTCECFEAEW YELKATGRLD NSTTVPDVYL RNAELEDDVA GLRRELAEAK SIAGRASATW DKFRKERDFH R MHHKRVAQ ...文字列:
MAAAGLDTLR LEDSDDDFKY EEVDVMSDGE DDASEDLDAA LRKLQQFTSK QEAATGPART TEVKPGQVVK KPEVIDDFLR NFFIKMGLS RTCECFEAEW YELKATGRLD NSTTVPDVYL RNAELEDDVA GLRRELAEAK SIAGRASATW DKFRKERDFH R MHHKRVAQ EKNKLLTDLR RLKEHYAKYE PTILELKKKY ETLMKEKMMM SLERDKLAAR VDALEQVASS PLPGAERSLG GQ STAAAGG GASGRALGAT NRALTGDVPP AAGAAAAAAT GRSGAVSAGP RSGWASLNAP PRRNPYADLE FPAAPVKMLS LNK TFKGHL LSVANLALHP TKPILVTASD DKTWKMWHMP GGDLIMCGEG HKDWVAGVDF HPAGTCLASG GGDSAVKIWD FEKQ RCVTT FTDHKQAIWS VRFHHLGEVV ASGSLDHTVR LWDLPAGKCR MALRGHVDSV NDLAWQPFSS SLATASSDKT VSVWD ARAG LCTQTYYGHQ NSCNGVSFNI LGTQLASTDA DGVVKLWDTR MTAEVATINT GKHPANKSCF DRSGQVLAVA CDDGKV KAY STTDGVLQAE LAGHEDAVQA VLFDPAGQYL VSCGSDNTFR LWS

UniProtKB: Calponin-homology (CH) domain-containing protein

+
分子 #11: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20

分子名称: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.336616 KDa
配列文字列:
MSESQKETFR KYLEQAGAID VLVKVLVQLY EEPSKPKTAL DYIKQCLGSP TPAEYEAVVA ERDGLQKQLE EANQLIAELQ SRVQSLEAA AETA

UniProtKB: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20

+
分子 #12: Flagellar associated protein

分子名称: Flagellar associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 233.221547 KDa
配列文字列: MPASNGADQG TAPGGTMAYG VLSREQRKQM FGLDCPEQLE WRHWNPGTEY VKQLVLKNVS TSVLKIRFKQ PTSKAFGMDF PEPFKLRPG MSQPLKVVFR PLKQQHYSDN VELFVGNVSC LVPVHAYTPV THIEVPPALD FGFTPTKETV TAQLPVRNTG D VRVDVLWK ...文字列:
MPASNGADQG TAPGGTMAYG VLSREQRKQM FGLDCPEQLE WRHWNPGTEY VKQLVLKNVS TSVLKIRFKQ PTSKAFGMDF PEPFKLRPG MSQPLKVVFR PLKQQHYSDN VELFVGNVSC LVPVHAYTPV THIEVPPALD FGFTPTKETV TAQLPVRNTG D VRVDVLWK LDAPFSISPL FASLAPGEVV AFTASFTPPE ACSYTASAAC QLESGAAAIC KISGIGKFPY LSVEQAGVDF GA VVVGQRV ERLVRFGNHS VVPAHFAVTH DEAGPDDGVF TVGPARGTLG PEEYSMLKLS YTPRATGTFS SETFHIGTAG GNR VALNLR GTAVAPLVTL STRAFNFGNV AAGATASRVL YIRNHSAVPV PYDFQVDPLD VFAISRTRGV LAPDSTAHVT ITFR PMAGL AANLWRRVTL LLKDAEPQGV DLVATAYTDK SRPPPLSQRH VERYMARVLS GGPAVEESQL DSKPPSAATG AGGLD GASE GGAGPLLAGG GFGSLLPPLG DAAEGGEGAA SKLLGPDGWS LLFGGQDPAA ALTVDSDALD FGSCSRLSAS EYRSVT VTN HTPAKLTAFV LVPEWADPGA APGDAPQRVF QVFPESADMR PYGQATFKVA FRPPRDAAFF SQQLALVAHT KSQRNFR LV AEHQVLPAWC VPLRATGNTF LHSNPEFGPK VELSSRAVAF PPCRPGERVH QTLLIANSGD TPVAFSFGAA GAALGPLF S AKPAAGVVPP QGHVLVALRF APTDTRPAAA NALVTFNGVA SNAVSVSLRG AAHTPRLTTD LPSSTLYFRP TCVGASSQR AVTLHNPSRV PVAFRWRLPA RLQGLVTVSP AAGALRGNES VQLQWSFTPA AQKLYEARAA CLVMSPPEAA NGNAAGATAS AASLFPGAG LATGIEWYEG AGATAALAGM GEEEAADAVL LSLVGEGTQG AVALEPPSLE LGDLRVGHPV RRPLLLQNCS D GVLRYSLE VGPAEDDQPP AGDATLVDFT AGLDSAAEGG VGGGAGGAGG AALECWVDEP EGALPARASK TVMVTLFPRY RK RYSLQVR CRSSTVAPLL TGPNRPPSGG AGPRPLDAGS EAAAAAAAAA AAAAAPLPPP VIAPLTASTT FPTLEVTDVY CEG LPKQLL WQLLGLNDLN HHLRTEVTAT ELRLRAAQDR GALTTEAASA AMRPFLMEFG THGLGGRPRV VHVEISNPTP LPAS WQLHS FDDPDGVELE NWVEPGRPRT EGERMRDLIA EYKLFEMRPR SGELEPGARC TVTIEFRPSV EGSFELPVFL HITDG KRLR LQLQAVTTPE PLQLLALPPP LRTFRLEPVA LGERAPPLQM YVLRNGGPAP LHWRLDTAPL AALAEASWGH PVLELV GPE EGDIEEGGVA AINWRFSPLE AKEYRVEVPV LLGDGGIEVI ELLGRGFAPP PAPPHGAAAV QLIGPGAATS PAAPTTA AE DDDTPAAALD SVGGDAEAEA ARAAAAADRD WITWRGLSSA PSAGMAGRLA LVDHDLVSLG VTPVRGLTRR IIVLTNKS R YPLAFDWDLG CLAPPPPPGL AATQRAAAAS AMMGLGGGSL LPASQLQLLA GRPLQGALAI SPAAGSLEPG ERLVCRVSL HAGVTPQVFE GEVRCHVRID DDAVAEAEAA AAAAAAAGAA AVAAELPFVE QVEEVIAEAP VRGPPAPPPA VAAAQRASRL RSRLPVHQY MTTAVRTRIE PLNAAFTATM EARTRRLADA TRPPSWPEPQ SISVTLRGRI LDERQLGALR YVPPHERAAA R AAVVAGAA WVPPAMVPFW EEEGRSTPAV SAQPSSQGGG GYGVGGYGGG YGSGGSQGGE ASVAPSGGDP GGYSPRGGMA DS WPSLEPG LGMEETVVGP PTVGLDLSLS LQHAGGAGGA PGGDGDSDSR PGTPSMTAAA HHHHHHPRHA GPAPGSGTAE VME VTFSGD QQPTGGPMPS PPSISGAPDP DSATPDDDFA TSDAAVNAAA AVRAAGGGMG SPQPVDPGGS AAAAASELAP PALP PAPPR GGDIEYDALV SAREVLAGLF AELMEDADVV RAVAFLPEHE VPSFAEVRAT PPPCYDPAVR AAAEAARAEA EARAA AEAA TKAAAEAEAV AARAAAMLGP KHEASSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSAASS PGASPTGKAP VVEAATPRLV SAVGGM APS QPALALRPAP STPPRTPPKP SQGAAFAIPA AAAQAATEPP ALEDELAADT ELARVLVAPE WRAFADFVLE SAVLGLM QE SAAGDWEMPE EEVGR

UniProtKB: Flagellar associated protein 174

+
分子 #13: FAP196

分子名称: FAP196 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 111.116258 KDa
配列文字列: MAPKKKEDKD APPPEDTNPY GVFVSVTMPS ATVVLDVQDD AAAQRETHIT LNIPGCHVPW ASAHTAPSEG GVYQYSVVKH FRRSGGQDG LLQLINGVLT VTVNDSATNA VLASATVDQL QGFAIGQNTW STEGLDLVPA AEVPEGVPKA RSARLAFASI A LQERPLPE ...文字列:
MAPKKKEDKD APPPEDTNPY GVFVSVTMPS ATVVLDVQDD AAAQRETHIT LNIPGCHVPW ASAHTAPSEG GVYQYSVVKH FRRSGGQDG LLQLINGVLT VTVNDSATNA VLASATVDQL QGFAIGQNTW STEGLDLVPA AEVPEGVPKA RSARLAFASI A LQERPLPE GADAAALAAA PPPPEAELPP LLPYSYVSGE AAEKGNMVEL VVSGLSPLPP NLQAAADAAG GKLHVTVGLA LP GGGPAVA VSLAVAGGRV AAPAFRRELL PPGCLQALQY ALEDGLPVVL EVARYVSAEG MADPAFEGYH AAAAAPALAA GLG AAGATE AAAEGLSLTA WAASGAKTCL PPYTAPAGKP KPVEAEVPPA GTCLWEKAGA QLAVSLRFAR PVVPAWRPPP PPPR PLLEL IPPRDLTPKP PPTTAVDEFK AKVRVIARAL AEEYKAVLPP PDASVAAAAA GGGAEGRHKA LIFELNRSGK YAQMR DSLK TAVVSLVREK YRKSGSMSPN EMALLYNDLY GSLLAAVHSS LNDLVDAAAA RPRAPPPAPV PDKQRLGELL ELAAQA EAM GDTDRAELLH QRRLLAKNDA QVWYEYGTYC LRRGGAKRGR AEECFREALA LEPAHRGALL ALLGCSVAAG RNTDPAY LE SAEAAAHRLL DVAGRSSLDA WAALAVVYRA YGEAKRAELA SCEQEMARLE KQQLAAAAAA ASAGVSPSPS YGEGRAGG N GGGVPATEPS TASAGSVAGS AGELQARSFI SLANTLLESL ALPAEAALAL ELAAGLRHWP SVGPDTRTLH ALAGALAEQ ALARAAGGGA ASAAAEAMLT PGSSVLSMMR ADAGEAVSSV AAEAAWRCRL LVAQLHKARG ATDEAIRFYQ EYIEAARSSG RLAEVPLSA WLELAEAYAA RGQARFAADV FLLGASARPG CAVLWRGAGR CFVGAEELGP ADMALSEANV LDPEDPEAWG W LALVALRE GRAEDAEKAL AFGLRCGLGD PGLLLDIAAE YRAAGQRRAE QRVLQEVAVK LMPESCSARL LLARCLVAQR CG AEAAEAV AAARQLAAHE DDEAAVAELE AELRGMA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: FAP213

分子名称: FAP213 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 102.141609 KDa
配列文字列: MVGPSEPAGL PPKAKLKAYK VLGDVGEFQE RLAATLPPPK APEPPNVFNI SDTSEFPPDV WFAATISPDN GVAVIASYRE LCKARALYQ SQLTNIHTAR RQYGMGGSMG PGAGAPLPLP PAQQAAAENR TIAETMRVAA DTRKLGKFEQ QQAKWDEVSS T LAYRVGRA ...文字列:
MVGPSEPAGL PPKAKLKAYK VLGDVGEFQE RLAATLPPPK APEPPNVFNI SDTSEFPPDV WFAATISPDN GVAVIASYRE LCKARALYQ SQLTNIHTAR RQYGMGGSMG PGAGAPLPLP PAQQAAAENR TIAETMRVAA DTRKLGKFEQ QQAKWDEVSS T LAYRVGRA PTELAMQRGP AWRTRAELTE LLYRAQPRDA RGSNPDEVWT ASLRDAWERI LPLGSIFSGL AIKIRDRPGE LP ATRAARV GRPLDPLLAP LGGGGTTLSP ATLGHPAAAA AHAQHVATLA ANGVMLGATT NKPPLGRSLS ARGRAWEDSE MLK QRVAEY GTRLRALAPH DPDFGALVVA GEALESQLEA LAGAPITLAE VESHVRGHAP EAFEAYKAVK DEMEAQLRAA LEAE EAQRA AQEAAAAAAA PQPGPHVAFS SPFVSLACHV GEKAHGSVTL VSRGTAAVNW SWRRVPAPQH AHAATELSQP PCFAA SLQS GVLLPGQSLT VAVTFEAAAA GTYREAWELV TRPPLQGSEG PCLTLRLRGA AEVRDESGTG RGALEEALAE KEKRAK VAA ALERVLRDVR MPRRPQPHES VEELAAGDAW DRVNGCAAGA VGGPYAWPPL FHSPGVQSEL AEVYREAEAA LAAALKP SV DEDPKKKKKE TSARKGKKGD EPPPPPPKYP PSWTEPAPAG AGCSLAVLDE LLTELAAAAP AAAAPLAVRA EEAKARAR V PPNNRKVLRR AMRVLVGKMV DAVEEKFNVI RTDLEAKSAA EAAAAAAAAA AAAGEDGDDA DGEASAISVG AVKEKDKEK EKDGKEKKGG AKEKPGAKGG AGKDKKGGSA SHTDDGAAPE PGAGLPNVEH LQPVFHDKAT TAAKAAIKAA LNTLLDEVHR HKVAAGDAL EANIRSLDSR IEAAQADAQA NQEPAAAEAA AAAGLALFAP AAGGVPAPGP GPAARARSAE LEQLYWERLC V LRTWTGLG IPTRADVR

UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #15: FAP225

分子名称: FAP225 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.511406 KDa
配列文字列: MTNRATLSQT ATSLTSTTGR RDRLQRQEDT TLFGYESPPD TPALHRDVLK WVQGLDLSQS LKNCRRDVAN GFLVAEIFSR YFPADIQMH SFANAASSHF KRDNWTQLQA FCGRQGINLP GDLVEGCVQG VHGAAIALLE HLYEAFTGKK VPRLKVPDAA A AAAAAAAA ...文字列:
MTNRATLSQT ATSLTSTTGR RDRLQRQEDT TLFGYESPPD TPALHRDVLK WVQGLDLSQS LKNCRRDVAN GFLVAEIFSR YFPADIQMH SFANAASSHF KRDNWTQLQA FCGRQGINLP GDLVEGCVQG VHGAAIALLE HLYEAFTGKK VPRLKVPDAA A AAAAAAAA RGGPGAVGGS GEGAKLISST VKTAQNLEFG AVTTQQLAGA DATALRRRLA GGTS

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

+
分子 #16: FAP239

分子名称: FAP239 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.103049 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #17: FAP388

分子名称: FAP388 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.571091 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #18: FAP424

分子名称: FAP424 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.017944 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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UniProtKB: Predicted protein

+
分子 #19: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 74 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #20: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 74 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 74 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9385

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104806
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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