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万見
- EMDB-2527: The electron crystallography structure of the cAMP-free potassium... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2527
タイトルThe electron crystallography structure of the cAMP-free potassium channel MloK1
マップデータMloK1 without cAMP
試料
  • 試料: MloK1 without cAMP
  • タンパク質・ペプチド: MloK1
キーワードElectron crystallography / 2dx / voltage gated potassium channel / CNBD / 2D crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


transport / potassium channel activity / membrane => GO:0016020 / cAMP binding / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / nucleotide binding / protein-containing complex binding / identical protein binding ...transport / potassium channel activity / membrane => GO:0016020 / cAMP binding / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / nucleotide binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...: / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Kowal J / Chami M / Baumgartner P / Arheit M / Chiu P-L / Rangl M / Scheuring S / Schroeder GF / Nimigean CM / Stahlberg H
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Ligand-induced structural changes in the cyclic nucleotide-modulated potassium channel MloK1.
著者: Julia Kowal / Mohamed Chami / Paul Baumgartner / Marcel Arheit / Po-Lin Chiu / Martina Rangl / Simon Scheuring / Gunnar F Schröder / Crina M Nimigean / Henning Stahlberg /
要旨: Cyclic nucleotide-modulated ion channels are important for signal transduction and pacemaking in eukaryotes. The molecular determinants of ligand gating in these channels are still unknown, mainly ...Cyclic nucleotide-modulated ion channels are important for signal transduction and pacemaking in eukaryotes. The molecular determinants of ligand gating in these channels are still unknown, mainly because of a lack of direct structural information. Here we report ligand-induced conformational changes in full-length MloK1, a cyclic nucleotide-modulated potassium channel from the bacterium Mesorhizobium loti, analysed by electron crystallography and atomic force microscopy. Upon cAMP binding, the cyclic nucleotide-binding domains move vertically towards the membrane, and directly contact the S1-S4 voltage sensor domains. This is accompanied by a significant shift and tilt of the voltage sensor domain helices. In both states, the inner pore-lining helices are in an 'open' conformation. We propose a mechanism in which ligand binding can favour pore opening via a direct interaction between the cyclic nucleotide-binding domains and voltage sensors. This offers a simple mechanistic hypothesis for the coupling between ligand gating and voltage sensing in eukaryotic HCN channels.
履歴
登録2013年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月8日-
マップ公開2014年1月15日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4chw
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MloK1 without cAMP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 107 pix.
= 104.325 Å		0.98 Å/pix.
x 107 pix.
= 104.325 Å		0.98 Å/pix.
x 107 pix.
= 104.325 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-1.16991782 - 4.0808568
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin55133
サイズ107107107
Spacing107107107
セルA=B=C: 104.325005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9750.9750.975
M x/y/z107107107
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z104.325104.325104.325
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-299
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS55133
NC/NR/NS107107107
D min/max/mean-1.1704.081-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MloK1 without cAMP

全体名称: MloK1 without cAMP
要素
  • 試料: MloK1 without cAMP
  • タンパク質・ペプチド: MloK1

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超分子 #1000: MloK1 without cAMP

超分子名称: MloK1 without cAMP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 148 KDa
手法: Calculated from sequence for the tetrameric assembly. Lipids are not included.

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分子 #1: MloK1

分子名称: MloK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MlotiK1 / 詳細: cAMP not present in buffer / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mesorhizobium loti (根粒菌) / 別称: Rhizobium / 細胞中の位置: Membrane
分子量理論値: 148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK90
配列UniProtKB: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
GO: transport, monoatomic ion transport, potassium ion transport, potassium ion transmembrane transport, nucleotide binding, potassium channel activity, cAMP binding, plasma membrane, membrane, membrane => GO:0016020
InterPro: Potassium channel domain, Cyclic nucleotide-binding domain superfamily, Cyclic nucleotide-binding, conserved site, Cyclic nucleotide-binding domain, INTERPRO: IPR003091, 1-aminocyclopropane- ...InterPro: Potassium channel domain, Cyclic nucleotide-binding domain superfamily, Cyclic nucleotide-binding, conserved site, Cyclic nucleotide-binding domain, INTERPRO: IPR003091, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase, RmlC-like jelly roll fold

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM KCl, 1 mM BaCl2, 1 mM EDTA, 20 mM Tris
グリッド詳細: Holey carbon film (Quantifoil) covered with ultra thin carbon film. Vitrified in crystallization buffer solution by plunge freezing into ethane.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging
詳細Dialysis
結晶化詳細: Dialysis

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 85 K / 平均: 85 K
日付2012年3月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 78 / 平均電子線量: 5 e/Å2 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.077 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.655 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 46 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 46 °

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画像解析

詳細2dx
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: 2dx / 詳細: Resolution was limited to 7 x 7 x 12 Angstroems
結晶パラメータ単位格子 - A: 130 Å / 単位格子 - B: 130 Å / 単位格子 - C: 400 Å / 単位格子 - γ: 90.0 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 4 21 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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