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万見
- EMDB-25215: Cryo-EM structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25215
タイトルCryo-EM structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin A
キーワードBacteria flagellar filament / motility / flagellar polymorphism / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin A
機能・相同性情報
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kreutzberger MAB / Scharf BE
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Flagellin outer domain dimerization modulates motility in pathogenic and soil bacteria from viscous environments.
著者: Mark A B Kreutzberger / Richard C Sobe / Amber B Sauder / Sharanya Chatterjee / Alejandro Peña / Fengbin Wang / Jorge A Giron / Volker Kiessling / Tiago R D Costa / Vincent P Conticello / ...著者: Mark A B Kreutzberger / Richard C Sobe / Amber B Sauder / Sharanya Chatterjee / Alejandro Peña / Fengbin Wang / Jorge A Giron / Volker Kiessling / Tiago R D Costa / Vincent P Conticello / Gad Frankel / Melissa M Kendall / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: Flagellar filaments function as the propellers of the bacterial flagellum and their supercoiling is key to motility. The outer domains on the surface of the filament are non-critical for motility in ...Flagellar filaments function as the propellers of the bacterial flagellum and their supercoiling is key to motility. The outer domains on the surface of the filament are non-critical for motility in many bacteria and their structures and functions are not conserved. Here, we show the atomic cryo-electron microscopy structures for flagellar filaments from enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7, enteropathogenic E. coli O127:H6, Achromobacter, and Sinorhizobium meliloti, where the outer domains dimerize or tetramerize to form either a sheath or a screw-like surface. These dimers are formed by 180° rotations of half of the outer domains. The outer domain sheath (ODS) plays a role in bacterial motility by stabilizing an intermediate waveform and prolonging the tumbling of E. coli cells. Bacteria with these ODS and screw-like flagellar filaments are commonly found in soil and human intestinal environments of relatively high viscosity suggesting a role for the dimerization in these environments.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sn9
  • 表面レベル: 0.102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7sn9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.102 / ムービー #1: 0.102
最小 - 最大-0.24497432 - 0.40379044
平均 (標準偏差)0.0030663656 (±0.03322773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ138136120
NX/NY/NZ121111179
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.2450.4040.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament

全体名称: Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
要素
  • 複合体: Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin A

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超分子 #1: Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament

超分子名称: Structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

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分子 #1: Flagellin A

分子名称: Flagellin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 42 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
分子量理論値: 40.61568 KDa
組換発現生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
配列文字列: MTSILTNNSA MAALSGVRSI SSSMEDTQSR ISSGLRVGSA SDNAAYWSIA TTMRSDNQAL SAVQDALGLG AAKVDTAYSG MESAIEVVK EIKAKLVAAT EDGVDKAKIQ EEITQLKDQL TSIADAASFS GENWLQADLS GGAVTKSVVG SFVRDGSGSV A VKKVDYSL ...文字列:
MTSILTNNSA MAALSGVRSI SSSMEDTQSR ISSGLRVGSA SDNAAYWSIA TTMRSDNQAL SAVQDALGLG AAKVDTAYSG MESAIEVVK EIKAKLVAAT EDGVDKAKIQ EEITQLKDQL TSIADAASFS GENWLQADLS GGAVTKSVVG SFVRDGSGSV A VKKVDYSL NANSVLFDTV GDTGILDKVY NVSQASVTLT VNTNGVESQH TVAAYSLESL TEAGAEFQGN YALQGGNSYV KV ENVWVRA ETAATGATGQ EIAATTTAAG TITADSWVVD VGNAPAANVS AGQSVANINI VGMGAAALDA LISGVDAALT DMT SAAASL GSISSRIDLQ SEFVNKLSDS IESGVGRLVD ADMNEESTRL KALQTQQQLA IQALSIANSD SQNVLSLFR

UniProtKB: Flagellin A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 222 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 130.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16158
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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