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万見
- EMDB-25195: CryoEM structure of SMCT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25195
タイトルCryoEM structure of SMCT1
マップデータsodium monocarboxylate cotransporter
試料
  • 複合体: SMCT1 and nanobody complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb2
  • リガンド: butanoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate transmembrane transporter activity / propanoate transmembrane transport / short-chain fatty acid transmembrane transport / passive transmembrane transporter activity / monocarboxylate:sodium symporter activity / organic acid:sodium symporter activity / Organic anion transporters / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway ...propionate transmembrane transporter activity / propanoate transmembrane transport / short-chain fatty acid transmembrane transport / passive transmembrane transporter activity / monocarboxylate:sodium symporter activity / organic acid:sodium symporter activity / Organic anion transporters / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / lactate transmembrane transporter activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / symporter activity / sodium ion transport / monoatomic ion transport / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / apoptotic process / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
SMCT1, solute-binding domain / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Qu Q / Han L / Panova O / Feng L / Skiniotis G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of the SGLT family of glucose transporters.
著者: Lei Han / Qianhui Qu / Deniz Aydin / Ouliana Panova / Michael J Robertson / Yan Xu / Ron O Dror / Georgios Skiniotis / Liang Feng /
要旨: Glucose is a primary energy source in living cells. The discovery in 1960s that a sodium gradient powers the active uptake of glucose in the intestine heralded the concept of a secondary active ...Glucose is a primary energy source in living cells. The discovery in 1960s that a sodium gradient powers the active uptake of glucose in the intestine heralded the concept of a secondary active transporter that can catalyse the movement of a substrate against an electrochemical gradient by harnessing energy from another coupled substrate. Subsequently, coupled Na/glucose transport was found to be mediated by sodium-glucose cotransporters (SGLTs). SGLTs are responsible for active glucose and galactose absorption in the intestine and for glucose reabsorption in the kidney, and are targeted by multiple drugs to treat diabetes. Several members within the SGLT family transport key metabolites other than glucose. Here we report cryo-electron microscopy structures of the prototypic human SGLT1 and a related monocarboxylate transporter SMCT1 from the same family. The structures, together with molecular dynamics simulations and functional studies, define the architecture of SGLTs, uncover the mechanism of substrate binding and selectivity, and shed light on water permeability of SGLT1. These results provide insights into the multifaceted functions of SGLTs.
履歴
登録2021年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2022年1月26日-
現状2022年1月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sl9
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sodium monocarboxylate cotransporter
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大-0.21009777 - 0.2996394
平均 (標準偏差)-0.00015502173 (±0.0068297293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.000212.000212.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2100.300-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SMCT1 and nanobody complex

全体名称: SMCT1 and nanobody complex
要素
  • 複合体: SMCT1 and nanobody complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb2
  • リガンド: butanoic acid

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超分子 #1: SMCT1 and nanobody complex

超分子名称: SMCT1 and nanobody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1

分子名称: Sodium-coupled monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.636219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDTPRGIGTF VVWDYVVFAG MLVISAAIGI YYAFAGGGQQ TSKDFLMGGR RMTAVPVALS LTASFMSAVT VLGTPSEVYR FGAIFSIFA FTYFFVVVIS AEVFLPVFYK LGITSTYEYL ELRFNKCVRL CGTVLFIVQT ILYTGIVIYA PALALNQVTG F DLWGAVVA ...文字列:
MDTPRGIGTF VVWDYVVFAG MLVISAAIGI YYAFAGGGQQ TSKDFLMGGR RMTAVPVALS LTASFMSAVT VLGTPSEVYR FGAIFSIFA FTYFFVVVIS AEVFLPVFYK LGITSTYEYL ELRFNKCVRL CGTVLFIVQT ILYTGIVIYA PALALNQVTG F DLWGAVVA TGVVCTFYCT LGGLKAVIWT DVFQVGIMVA GFASVIIQAV VMQGGISTIL NDAYDGGRLN FWNFNPNPLQ RH TFWTIII GGTFTWTSIY GVNQSQVQRY ISCKSRFQAK LSLYINLVGL WAILTCSVFC GLALYSRYHD CDPWTAKKVS APD QLMPYL VLDILQDYPG LPGLFVACAY SGTLSTVSSS INALAAVTVE DLIKPYFRSL SERSLSWISQ GMSVVYGALC IGMA ALASL MGALLQAALS VFGMVGGPLM GLFALGILVP FANSIGALVG LMAGFAISLW VGIGAQIYPP LPERTLPLHL DIQGC NSTY NETNLMTTTE MPFTTSVFQI YNVQRTPLMD NWYSLSYLYF STVGTLVTLL VGILVSLSTG GRKQNLDPRY ILTKED FLS NFDIFKKKKH VLSYKSHPVE DGGTDNPAFN HIELNSDQSG KSNGTRLSNS LEVLFQ

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分子 #2: nanobody Nb2

分子名称: nanobody Nb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.441961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLQESG GGLVQAGGSL RLSCAASGNI STRAGMGWYR QAPGKEREFV ASINWGAITN YADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKP EDTAVYYCAV EYKYGPQRSD TYYYWGQGTQ VTVSSHHHHH H

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分子 #3: butanoic acid

分子名称: butanoic acid / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: BUA
分子量理論値: 88.105 Da
Chemical component information

ChemComp-BUA:
butanoic acid / 酪酸 / 酪酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 173859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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