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- EMDB-25103: CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) T... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25103
タイトルCryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63
マップデータ
試料
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: hVEEV-63 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hVEEV-63 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVLP / VEEV / viral protein / fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2022
タイトル: Neutralizing antibodies protect mice against Venezuelan equine encephalitis virus aerosol challenge.
著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung ...著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung / Lindsay Droit / Douglas S Reed / Scott A Handley / William B Klimstra / James E Crowe / Michael S Diamond /
要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) from mice and a human immunized with attenuated VEEV strains. Functional assays and epitope mapping established that potently inhibitory anti-VEEV mAbs bind distinct antigenic sites in the A or B domains of the E2 glycoprotein and block multiple steps in the viral replication cycle including attachment, fusion, and egress. A 3.2-Å cryo-electron microscopy reconstruction of VEEV virus-like particles bound by a human Fab suggests that antibody engagement of the B domain may result in cross-linking of neighboring spikes to prevent conformational requirements for viral fusion. Prophylaxis or postexposure therapy with these mAbs protected mice against lethal aerosol challenge with VEEV. Our study defines functional and structural mechanisms of mAb protection and suggests that multiple antigenic determinants on VEEV can be targeted for vaccine or antibody-based therapeutic development.
履歴
登録2021年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sfv
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7sfv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.54 Å/pix.
x 550 pix.
= 847.897 Å		1.54 Å/pix.
x 550 pix.
= 847.897 Å		1.54 Å/pix.
x 550 pix.
= 847.897 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.54163 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.06416928 - 0.13651793
平均 (標準偏差)0.0009621796 (±0.009621279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 847.89655 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.54163090909091.54163090909091.5416309090909
M x/y/z550550550
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z847.897847.897847.897
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS550550550
D min/max/mean-0.0640.1370.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

全体名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: hVEEV-63 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hVEEV-63 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 11037
生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 47.69982 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST ...文字列:
YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST AWTPFDRKIV QYAGEIYNYD FPEYGAGQPG AFGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GF EQWKKDK APSLKFTAPF GCEIYTNPIR AENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKY SASKSG KCAVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IVTHPQYHAQ TFTA AVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQK

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 46.556094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH ...文字列:
STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH LPGSEVDSSL VSLSGSSVTV TPPDGTSALV ECECGGTKIS ETINKTKQFS QCTKKEQCRA YRLQNDKWVY NS DKLPKAA GATLKGKLHV PFLLADGKCT VPLAPEPMIT FGFRSVSLKL HPKNPTYLIT RQLADEPHYT HELISEPAVR NFT VTEKGW EFVWGNHPPK RFWAQETAPG NPHGLPHEVI THYYHRYPMS TILGLSICAA IATVSVAAST WLFCRSRVAC LTPY RLTPN ARIPFCLAVL CCA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83
分子量理論値: 17.781336 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RMVMKLESDK TFPIMLEGKI NGYACVVGGK LFRPMHVEGK IDNDVLAALK TKKASKYDLE YADVPQNMRA DTFKYTHEKP QGYYSWHHG AVQYENGRFT VPKGVGAKGD SGRPILDNQG RVVAIVLGGV NEGSRTALSV VMWNEKGVTV KYTPENCEQW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: hVEEV-63 Fab heavy chain

分子名称: hVEEV-63 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.197908 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKSSGYTFT NYIIHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQGRISV TRDTSASAAY MELSSLKSE DTALYYCATL QMDYGGNGDL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKSSGYTFT NYIIHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQGRISV TRDTSASAAY MELSSLKSE DTALYYCATL QMDYGGNGDL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK

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分子 #5: hVEEV-63 Fab light chain

分子名称: hVEEV-63 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.480836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YELTQPPSVS VSPGQTARIT CSGDALPKQY VYWYQQKPGQ APVLVIYKDS ERPSGIPERF SGSSSGTTVT LTISGVQAED DADYYCQAA DSSNTEYVFG TGTKVTVLQP KANPTVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADGSPVKAGV E TTKPSKQS ...文字列:
YELTQPPSVS VSPGQTARIT CSGDALPKQY VYWYQQKPGQ APVLVIYKDS ERPSGIPERF SGSSSGTTVT LTISGVQAED DADYYCQAA DSSNTEYVFG TGTKVTVLQP KANPTVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADGSPVKAGV E TTKPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP T

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Lacey Carbon.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10586 / 平均露光時間: 8.14 sec. / 平均電子線量: 40.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 17500
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7sfv:
CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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