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- EMDB-25100: Unmethylated Mtb Ribosome 50S with SEQ-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25100
タイトルUnmethylated Mtb Ribosome 50S with SEQ-9
マップデータ
試料
  • 複合体: Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 3種
キーワードunmethylated / Mtb ribosome / drug discovery / SEQ-9 / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL14 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 30S ribosomal protein THX / 50S ribosomal protein L36 / 50S ribosomal protein L34 / : / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xing Z / Cui Z
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01AI095208 米国
Welch FoundationA1863 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Discovery of natural-product-derived sequanamycins as potent oral anti-tuberculosis agents.
著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin ...著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin / Florence Bordon-Pallier / Cathy Cantalloube / Stephanie Sans / Sandra Silve / Isabelle Blanc / Laurent Fraisse / Alexey Rak / Lasse B Jenner / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Junjie Zhang / Takushi Kaneko / T J Yang / Nader Fotouhi / Eric Nuermberger / Sandeep Tyagi / Fabrice Betoudji / Anna Upton / James C Sacchettini / Sophie Lagrange /
要旨: The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding ...The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding in vitro and in vivo activity against Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Sequanamycins are bacterial ribosome inhibitors that interact with the ribosome in a similar manner to classic macrolides like erythromycin and clarithromycin, but with binding characteristics that allow them to overcome the inherent macrolide resistance of Mtb. Structures of the ribosome with bound inhibitors were used to optimize sequanamycin to produce the advanced lead compound SEQ-9. SEQ-9 was efficacious in mouse models of acute and chronic TB as a single agent, and it demonstrated bactericidal activity in a murine TB infection model in combination with other TB drugs. These results support further investigation of this series as TB clinical candidates, with the potential for use in new regimens against drug-susceptible and drug-resistant TB.
履歴
登録2021年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25100.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 348.6 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 348.6 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 348.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.3354427 - 1.6184096
平均 (標準偏差)0.017556854 (±0.08232476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 348.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25100_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_25100_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_25100_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9

全体名称: Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9
要素
  • 複合体: Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: peptide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: Sequanamycin 9
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9

超分子名称: Unmethylated Mth Ribosome with SEQ-9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.525757 KDa
配列文字列:
MAVPKRRKSR SNTRSRRSQW KAAKTELVGV TVAGHAHKVP RRLLKAARLG LIDFDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.512581 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLELKK FCPNCGKHQA HRETR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 5.643697 KDa
配列文字列:
MTKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RSIVSSRRRK GRRTLSA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L34

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 7.24143 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPSTR TRRLDGRTVV AANDTKRVTS LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 4.323239 KDa
配列文字列:
VKVNPSVKPI CDKCRLIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: 50S ribosomal protein L36

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.770074 KDa
配列文字列:
MKSDIHPAYE ETTVVCGCGN TFQTRSTKPG GRIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRKV GADKAVSTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.512807 KDa
配列文字列: AIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGRG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRMIDFRRND KDGVNAKVAH IEYDPNRTA RIALLHYLDG EKRYIIAPNG LSQGDVVESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT LIHAVELRPG GGAKLARSAG S SIQLLGKE ...文字列:
AIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGRG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRMIDFRRND KDGVNAKVAH IEYDPNRTA RIALLHYLDG EKRYIIAPNG LSQGDVVESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT LIHAVELRPG GGAKLARSAG S SIQLLGKE ASYASLRMPS GEIRRVDVRC RATVGEVGNA EQANINWGKA GRMRWKGKRP SVRGVVMNPV DHPHGGGEGK TS GGRHPVS PWGKPEGRTR NANKSSNKFI VRRRRTGKKH SR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.680992 KDa
配列文字列: ARKGILGTKL GMTQVFDESN RVVPVTVVKA GPNVVTRIRT PERDGYSAVQ LAYGEISPRK VNKPLTGQYT AAGVNPRRYL AELRLDDSD AATEYQVGQE LTAEIFADGS YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGASHG AQAVHRRPGS IGGCATPARV F KGTRMAGR ...文字列:
ARKGILGTKL GMTQVFDESN RVVPVTVVKA GPNVVTRIRT PERDGYSAVQ LAYGEISPRK VNKPLTGQYT AAGVNPRRYL AELRLDDSD AATEYQVGQE LTAEIFADGS YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGASHG AQAVHRRPGS IGGCATPARV F KGTRMAGR MGNDRVTVLN LLVHKVDAEN GVLLIKGAVP GRTGGLVMVR SAIKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.086125 KDa
配列文字列: LKIDVKTPAG KVDGAIELPA ELFDVPANIA LMHQVVTAQR AAARQGTHST KTRGEVSGGG RKPYRQKGTG RARQGSTRAP QFTGGGVVH GPKPRDYSQR TPKKMIAAAL RGALSDRARN GRIHAITELV EGQNPSTKSA RAFLASLTER KQVLVVIGRS D EAGAKSVR ...文字列:
LKIDVKTPAG KVDGAIELPA ELFDVPANIA LMHQVVTAQR AAARQGTHST KTRGEVSGGG RKPYRQKGTG RARQGSTRAP QFTGGGVVH GPKPRDYSQR TPKKMIAAAL RGALSDRARN GRIHAITELV EGQNPSTKSA RAFLASLTER KQVLVVIGRS D EAGAKSVR NLPGVHILAP DQLNTYDVLR ADDVVFSVEA LNAYIAANT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 20.048164 KDa
配列文字列:
QPRLKERYRS EIRDALRKQF GYGNVMQIPT VTKVVVNMGV GEAARDAKLI NGAVNDLALI TGQKPEVRRA RKSIAQFKLR EGMPVGVRV TLRGDRMWEF LDRLTSIALP RIRDFRGLSP KQFDGVGNYT FGLAEQAVFH EVDVDKIDRV RGMDINVVTS A ATDDEGRA LLRALGFPFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 19.190088 KDa
配列文字列:
RIGKQPIPVP AGVDVTIEGQ SISVKGPKGT LGLTVAEPIK VARNDDGAIV VTRPDDERRN RSLHGLSRTL VSNLVTGVTQ GYTTKMEIF GVGYRVQLKG SNLEFALGYS HPVVIEAPEG ITFAVQAPTK FTVSGIDKQK VGQIAANIRR LRRPDPYKGK G VRYEGEQI RRKVGKTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.196654 KDa
配列文字列:
MKLILTADVD HLGSIGDTVE VKDGYGRNFL LPRGLAIVAS RGAQKQADEI RRARETKSVR DLEHANEIKA AIEALGPIAL PVKTSADSG KLFGSVTAAD VVAAIKKAGG PNLDKRIVRL PKTHIKAVGT HFVSVHLHPE IDVEVSLDVV AQS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 21.646121 KDa
配列文字列: MLVGKLLGWR AVRRDLGSMS VAETNPPFTP DRRPGHPGIH PREKKVSAVP TYAPKAGDTT RSWYVIDATD VVLGRLAVAA ANLLRGKHK PTFAPNVDGG DFVIVINADK VAISGDKLQH KMVYRHSGYP GGLHKRTIGE LMQRHPDRVV EKAILGMLPK N RLSRQIQR ...文字列:
MLVGKLLGWR AVRRDLGSMS VAETNPPFTP DRRPGHPGIH PREKKVSAVP TYAPKAGDTT RSWYVIDATD VVLGRLAVAA ANLLRGKHK PTFAPNVDGG DFVIVINADK VAISGDKLQH KMVYRHSGYP GGLHKRTIGE LMQRHPDRVV EKAILGMLPK N RLSRQIQR KLRVYAGPEH PHSAQQPVPY ELKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.419649 KDa
配列文字列:
VIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RPDGSYIKFD ENAAVIIKP DNDPRGTRIF GPVGRELREK RFMKIISLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 15.566126 KDa
配列文字列:
MTLKLHDLRP ARGSKIARTR VGRGDGSKGK TAGRGTKGTR ARKQVPVTFE GGQMPIHMRL PKLKGFRNRF RTEYEIVNVG DINRLFPQG GAVGVDDLVA KGAVRKNALV KVLGDGKLTA KVDVSAHKFS GSARAKITAA GGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 15.724277 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPRQRGI ASGGTTVNFG DYGIQALEHA YVTNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP NEGVARAALT RAIHKLPIKA RIITREEQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 19.512273 KDa
配列文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQKAI LANLATSLFE HGRITTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVLKKL RDKDVVHTLF AEIGPFFAD RDGGYTRIIK IEARKGDNAP MAVIELVREK TVTSEANRAR RVAAAQAKAK KAAAMPTEES EAKPAEEGDV V GASEPDAK APEEPPAEAP EN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.211122 KDa
配列文字列:
MAQSVSATRR ISRLRRHTRL RKKLSGTAER PRLVVHRSAR HIHVQLVNDL NGTTVAAASS IEADVRGVPG DKKARSVRVG QLIAERAKA AGIDTVVFDR GGYTYGGRIA ALADAARENG LSF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.041126 KDa
配列文字列:
MNRLDFVDKP SLRDDIPAFN PGDTINVHVK VIEGAKERLQ VFKGVVIRRQ GGGIRETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIEVVTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.557777 KDa
配列文字列:
MARVKRAVNA HKKRRSILKA SRGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLNYAYRDR RARKGEFRKL WIARINAAAR LNDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLADIA ISDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.173147 KDa
配列文字列:
MMATYAIVKT GGKQYKVAVG DVVKVEKLES EQGEKVSLPV ALVVDGATVT TDAKALAKVA VTGEVLGHTK GPKIRIHKFK NKTGYHKRQ GHRQQLTVLK VTGIA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A7G7DRC6

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 20.424594 KDa
配列文字列: MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG ...文字列:
MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG VKKTPAKKAP AKKAPAKASE TSAAKGGSD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.976785 KDa
配列文字列:
MATLADPRDI ILAPVISEKS YGLLDDNVYT FLVRPDSNKT QIKIAVEKIF AVKVASVNTA NRQGKRKRTR TGYGKRKSTK RAIVTLAPG SRPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.500274 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLQAYPDR NRVLVEGVNR IKKHTAISTT QRGARSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRIGYRVDE ETGKRVRISK RNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.466166 KDa
配列文字列: MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ...文字列:
MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ISDPDLLVVN VVKAPTAEEL EGEVAGAEEA EEAAVEAGEA EAAGESE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.987272 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRYGGQV VKAGEILVRQ RGTKFHPGVN VGRGGDDTLF AKTAGAVEFG IKRGRKTVSI VGSTTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.920075 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWD PNIQTVHAVT RPGGNKKRLN VCTSCIKAGK ITRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.872015 KDa
配列文字列:
MAVGVSPGEL RELTDEELAE RLRESKEELF NLRFQMATGQ LNNNRRLRTV RQEIARIYTV LRERELGLAT GPDGKES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 7.361569 KDa
配列文字列:
MSQLKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLRR IRHSVIREDN AATRGLIAVV RHLVEVEPAQ TGGKT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.071018 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGITTDWKS RWYADKQYAE YVKEDVAIRR LLSSGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY ...文字列:
MGQKINPHGF RLGITTDWKS RWYADKQYAE YVKEDVAIRR LLSSGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY REGRVPLHTL RADIDYGLYE AKTTFGRIGV KVWIYKGDIV GGKRELAAAA PAGADRPRRE RPSGTRPRRS GA SGTTATG TDAGRAAGGE EAAPDAAAPV EAQSTES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 23.515898 KDa
配列文字列: MARYTGPVTR KSRRLRTDLV GGDQAFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYLLQL QEKQKARFTY GVMEKQFRRY YEEAVRQPGK TGEELLKIL ESRLDNVIYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFN VNGVHVNVPS YRVSQYDIVD VRDKSLNTVP FQIARETAGE R PIPSWLQV ...文字列:
MARYTGPVTR KSRRLRTDLV GGDQAFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYLLQL QEKQKARFTY GVMEKQFRRY YEEAVRQPGK TGEELLKIL ESRLDNVIYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFN VNGVHVNVPS YRVSQYDIVD VRDKSLNTVP FQIARETAGE R PIPSWLQV VGERQRVLIH QLPERAQIDV PLTEQLIVEY YSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.925242 KDa
配列文字列: MAEQPAGQAG TTDNRDARGD REGRRRDSGR GSRERDGEKS NYLERVVAIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGNGMVGVG YGKAKEVPA AIAKGVEEAR KSFFRVPLIG GTITHPVQGE AAAGVVLLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL G SDNAINVV ...文字列:
MAEQPAGQAG TTDNRDARGD REGRRRDSGR GSRERDGEKS NYLERVVAIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGNGMVGVG YGKAKEVPA AIAKGVEEAR KSFFRVPLIG GTITHPVQGE AAAGVVLLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL G SDNAINVV HATVAALKLL QRPEEVAARR GLPIEDVAPA GMLKARRKSE ALAASVLPDR TI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.952728 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVV RKDGGKVEKV DIWGKRRLAY EIAKHAEGIY VVIDVKAAPA TVSELDRQLS LNESVLRTK VMRTDKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 17.633418 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLKGKKSLAE RIVYGALEQA RDKTGTDPVI TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVGYSR QRREKTMIER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.432563 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADF LTRLRNANSA YHDEVSLPHS KLKANIAQIL KNEGYISDFR TEDARVGKSL VIQLKYGPSR ERSIAGLRRV SKPGLRVYA KSTNLPRVLG GLGVAIISTS SGLLTDRQAA RQGVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.465061 KDa
配列文字列:
MTETTPAPQT PAAPAGPAQS FVLERPIQTV GRRKEAVVRV RLVPGTGKFD LNGRSLEDYF PNKVHQQLIK APLVTVDRVE SFDIFAHLG GGGPSGQAGA LRLGIARALI LVSPEDRPAL KKAGFLTRDP RATERKKYGL KKARKAPQYS KR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.45234 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL KAYDHEAIDA SARKIVETVV RTGASVVGPV PLPTEKNVYC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDIIDPT PKTVDALMR IDLPASVDVN IQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.815918 KDa
配列文字列:
MPPAKKGPAT SARKGQKTRR REKKNVPHGA AHIKSTFNNT IVTITDPQGN VIAWASSGHV GFKGSRKSTP FAAQLAAENA ARKAQDHGV RKVDVFVKGP GSGRETAIRS LQAAGLEVGA ISDVTPQPHN GVRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.882341 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRRDKISKVK TAALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVKLTSQ VEVTAYIPGE GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIIR GSLDTQGVKN RKQARSRYGA KKEKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.383779 KDa
配列文字列:
MARLVGVDLP RDKRMEVALT YIFGIGRTRS NEILAATGID RDLRTRDLTE EQLIHLRDYI EANLKVEGDL RREVQADIRR KIEIGCYQG LRHRRGMPVR GQRTKTNART RKGPKRTIAG KKKAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.841249 KDa
配列文字列:
MAKKALVNKA AGKPRFAVRA YTRCSKCGRP RAVYRKFGLC RICLREMAHA GELPGVQKSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.500277 KDa
配列文字列:
MALTAEQKKE ILRSYGLHET DTGSPEAQIA LLTKRIADLT EHLKVHKHDH HSRRGLLLLV GRRRRLIKYI SQIDVERYRS LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 17.4661 KDa
配列文字列:
MAVKIKLTRL GKIRNPQYRV AVADARTRRD GRAIEVIGRY HPKEEPSLIE INSERAQYWL SVGAQPTEPV LKLLKITGDW QKFKGLPGA QGRLKVAAPK PSKLEVFNAA LAAADGGPTT EATKPKKKSP AKKAAKAAEP APQPEQPDTP ALGGEQAELT A ES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.776373 KDa
配列文字列:
MAEAKTGAKA APRVAKAAKA APKKAAPNDA EAIGAANAAN VKGPKHTPRT PKPRGRRKTR IGYVVSDKMQ KTIVVELEDR MRHPLYGKI IRTTKKVKAH DEDSVAGIGD RVSLMETRPL SATKRWRLVE ILEKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 9.565279 KDa
配列文字列:
MAKSSKRRPA PEKPVKTRKC VFCAKKDQAI DYKDTALLRT YISERGKIRA RRVTGNCVQH QRDIALAVKN AREVALLPFT SSVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.830629 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDEHLLKKVD VQNEKNTKQV IKTWSRRSTI IPDFIGHTFA VHDGRKHVPV FVTESMVGHK LGEFAPTRTF KGHIKDDRK SKRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 9.428941 KDa
配列文字列:
MANIKSQQKR NRTNERARLR NKAVKSSLRT AVRAFREAAH AGDKAKAAEL LASTNRKLDK AASKGVIHKN QAANKKSALA QALNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #51: peptide

分子名称: peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 2.664129 KDa
配列文字列:
AKRGRKKRDR KYSKANHGKR PN

UniProtKB: 30S ribosomal protein THX

+
分子 #7: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 1.017862688 MDa
配列文字列: UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU ...文字列:
UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU AGGGUGCGGG AGGGAACGCG GGGAAGUGAA ACAUCUCAGU ACCCGUAGGA GGAGAAAACA AUUGUGAUUC CG CAAGUAG UGGCGAGCGA ACGCGGAACA GGCUAAACCG CACGCAUGGG UAACCGGGUA GGGGUUGUGU GUGCGGGGUU GUG GGAGGA UAUGUCUCAG CGCUACCCGG CUGAGAGGCA GUCAGAAAGU GUCGUGGUUA GCGGAAGUGG CCUGGGAUGG UCUG CCGUA GACGGUGAGA GCCCGGUACG CGAAAACCCG GCACCUGCCU AGUAUCAAUU CCCGAGUAGC AGCGGGCCCG UGGAA UCCG CUGUGAAUCC GCCGGGACCA CCCGGUAAGC CUAAAUACUC CUCGAUGACC GAUAGCGGAU UAGUACCGUG AGGGAA UGG UGAAAAGUAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAGA GUACCUGAAA CCGUGUGCCU ACAAUCCGUC AGAGCCUCCU UUUCCUC UC CGGAGGAGGG UGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCAAGGUUAA CCCGUGUG G GGUAGCCGCA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGACCCAC ACGCGCAUAC GCGCGUGUGA AUAGUGGCGU GUUCUGGAC CCGAAGCGGA GUGAUCUACC CAUGGCCAGG GUGAAGCGCG GGUAAGACCG CGUGGAGGCC CGAACCCACU UAGGUUGAAG ACUGAGGGG AUGAGCUGUG GGUAGGGGUG AAAGGCCAAU CAAACUCCGU GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AUGCAUUUAG G UGCAGCGU UGCGUGGUUC ACCGCGGAGG UAGAGCUACU GGAUGGCCGA UGGGCCCUAC UAGGUUACUG ACGUCAGCCA AA CUCCGAA UGCCGUGGUG UAAAGCGUGG CAGUGAGACG GCGGGGGAUA AGCUCCGUAC GUCGAAAGGG AAACAGCCCA GAU CGCCGG CUAAGGCCCC CAAGCGUGUG CUAAGUGGGA AAGGAUGUGC AGUCGCAAAG ACAACCAGGA GGUUGGCUUA GAAG CAGCC ACCCUUGAAA GAGUGCGUAA UAGCUCACUG GUCAAGUGAU UGUGCGCCGA UAAUGUAGCG GGGCUCAAGC ACACC GCCG AAGCCGCGGC ACAUCCACCU UGUGGUGGGU GUGGGUAGGG GAGCGUCCCU CAUUCAGCGA AGCCACCGGG UGACCG GUG GUGGAGGGUG GGGGAGUGAG AAUGCAGGCA UGAGUAGCGA CAAGGCAAGU GAGAACCUUG CCCGCCGAAA GACCAAG GG UUCCUGGGCC AGGCCAGUCC GCCCAGGGUG AGUCGGGACC UAAGGCGAGG CCGACAGGCG UAGUCGAUGG ACAACGGG U UGAUAUUCCC GUACCCGUGU GUGGGCGCCC GUGACGAAUC AGCGGUACUA ACCACCCAAA ACCGGAUCGA UCACUCCCC UUCGGGGGUG UGGAGUUCUG GGGCUGCGUG GGAACUUCGC UGGUAGUAGU CAAGCGAAGG GGUGACGCAG GAAGGUAGCC GUACCAGUC AGUGGUAACA CUGGGGCAAG CCGGUAGGGA GAGCGAUAGG CAAAUCCGUC GCUCACUAAU CCUGAGAGGU G ACGCAUAG CCGGUUGAGG CGAAUUCGGU GAUCCUCUGC UGCCAAGAAA AGCCUCUAGC GAGCACACAC ACGGCCCGUA CC CCAAACC GACACAGGUG GUCAGGUAGA GCAUACCAAG GCGUACGAGA UAACUAUGGU UAAGGAACUC GGCAAAAUGC CCC CGUAAC UUCGGGAGAA GGGGGACCGG AAUAUCGUGA ACACCCUUGC GGUGGGAGCG GGAUCCGGUC GCAGAAACCA GUGA GGAGC GACUGUUUAC UAAAAACACA GGUCCGUGCG AAGUCGCAAG ACGAUGUAUA CGGACUGACG CCUGCCCGGU GCUGG AAGG UUAAGAGGAC CCGUUAACCC GCAAGGGUGA AGCGGAGAAU UUAAGCCCCA GUAAACGGCG GUGGUAACUA UAACCA UCC UAAGGUAGCG AAA(5MU)UCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCUGC ACGAAUGGCG UAACGACUUC UCAACUGUCU CAA CCAUAG ACUCGGCGAA AUUGCACUAC GAGUA(6MZ)AGAU GCUCGUUACG CGCGGCAGGA CGAAAAGACC CCGGGACCUU CACUACAAC UUGGUAUUGA UGUUCGGUAC GGUUUGUGUA GGAUAGGUGG GAGACUGUGA AACCUCGACG CCAGUUGGGG C GGAGUCGU UGUUGAAAUA CCACUCUGAU CGUAUUGGGC AUCUAACCUC GAACCCUGAA UCGGGUUUAG GGACAGUGCC UG GCGGGUA GUUUAACUG(OMG) GGCGGUUGCC UCCUAAAAUG UAACGGAGGC GCCCAAAGGU UCCCUCAACC UGGACGGCA AUCAGGUGGC GAGUGUAAAU GCACAAGGGA GCUUGACUGC GAGACUUACA AGUCAAGCAG GGACGAAAGU CGGGAUUAGU GAUCCGGCA CCCCCGAGUG GAAGGGGUGU CGCUCAACGG AUAAAAGGUA CCCCGGGGAU AACAGGCUGA UCUUCCCCAA G AGUCCAUA UCGACGGGAU GGUUUGGCA(OMC) CUCGAUGUCG GCUCGUCGCA UCCUGGGGCU GGAGCAGGUC CCAAGGGU U GGGCU(OMG)UUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GUCUCUAUCC GCCGC GCGC GUCAGAAACU UGAGGAAACC UGUCCCUAGU ACGAGAGGAC CGGGACGGAC GAACCUCUGG UGCACCAGUU GUCCCG CCA GGGGCACCGC UGGAUAGCCA CGUUCGGUCA GGAUAACCGC UGAAAGCAUC UAAGCGGGAA ACCUUCUCCA AGAUCAG GU UUCUCACCCA CUUGGUGGGA UAAGGCCCCC CGCAGAACAC GGGUUCAAUA GGUCAGACCU GGAAGCUCAG UAAUGGGU G UAGGGAACUG GUGCUAACCG GCCGAAAACU UACAACA

GENBANK: GENBANK: CP023578.1

+
分子 #8: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 37.097238 KDa
配列文字列:
UUACGGCGGC CACAGCGGCA GGGAAACGCC CGGUCCCAUU CCGAACCCGG AAGCUAAGCC UGCCAGCGCC GAUGAUACUG CCCCUCCGG GUGGAAAAGU AGGACACCGC CGAACA

GENBANK: GENBANK: CP023593.1

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分子 #32: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 498.41575 KDa
配列文字列: UUUUGUUUGG AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC UUAACACAUG CAAGUCGAAC GGAAAGGUCU CUUCGGAGA UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UCGGGAUAAG CCUGGGAAAC U GGGUCUAA ...文字列:
UUUUGUUUGG AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC UUAACACAUG CAAGUCGAAC GGAAAGGUCU CUUCGGAGA UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UCGGGAUAAG CCUGGGAAAC U GGGUCUAA UACCGGAUAG GACCACGGGA UGCAUGUCUU GUGGUGGAAA GCGCUUUAGC GGUGUGGGAU GAGCCCGCGG CC UAUCAGC UUGUUGGUGG GGUGACGGCC UACCAAGGCG ACGACGGGUA GCCGGCCUGA GAGGGUGUCC GGCCACACUG GGA CUGAGA UACGGCCCAG ACUCCUACGG GAGGCAGCAG UGGGGAAUAU UGCACAAUGG GCGCAAGCCU GAUGCAGCGA CGCC GCGUG GGGGAUGACG GCCUUCGGGU UGUAAACCUC UUUCACCAUC GACGAAGGUC CGGGUUCUCU CGGAUUGACG GUAGG UGGA GAAGAAGCAC CGGCCAACUA CGUGCCAGCA GCC(G7M)CGGUAA UACGUAGGGU GCGAGCGUUG UCCGGAAUUA CU GGGCGUA AAGAGCUCGU AGGUGGUUUG UCGCGUUGUU CGUGAAAUCU CACGGCUUAA CUGUGAGCGU GCGGGCGAUA CGG GCAGAC UAGAGUACUG CAGGGGAGAC UGGAAUUCCU GGUGUAGCGG UGGAAUGCGC AGAUAUCAGG AGGAACACCG GUGG CGAAG GCGGGUCUCU GGGCAGUAAC UGACGCUGAG GAGCGAAAGC GUGGGGAGCG AACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUC CACG CCGUAAACGG UGGGUACUAG GUGUGGGUUU CCUUCCUUGG GAUCCGUGCC GUAGCUAACG CAUUAAGUAC CCCGCC UGG GGAGUACGGC CGCAAGGCUA AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGCGGA GCAUGUGGAU UAAUUCG AU (2MG)(5MC)AACGCGAA GAACCUUACC UGGGUUUGAC AUGCACAGGA CGCGUCUAGA GAUAGGCGUU CCCUUGUGGC CUGUGUGCA GGUGGUGCAU GGCUGUCGUC AGCUCGUGUC GUGAGAUGUU GGGUUAAGUC CCGCAACGAG CGCAACCCUU G UCUCAUGU UGCCAGCACG UAAUGGUGGG GACUCGUGAG AGACUGCCGG GGUCAACUCG GAGGAAGGUG GGGAUGACGU CA AGUCAUC AUGCCCCUUA UGUCCAGGGC UUCACACAUG CUACAAUGGC CGGUACAAAG GGCUGCGAUG CCGCGAGGUU AAG CGAAUC CUUAAAAGCC GGUCUCAGUU CGGAUCGGGG UCUGCAACUC GACCCCGUGA AGUCGGAGUC GCUAGUAAUC GCAG AUCAG CAACGCUGCG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC G(4OC)CCGUCACG UCAUGAAAGU CGGUAACACC C GAAGCCAG UGGCCUAACC CUCGGGAGGG AGCUGUCGAA GGUGGGAUCG GCGAUUGGGA CGAAGUCG(UR3)A ACAAGGUA G CCGUACC(2MG)G(MA6) (MA6)GGUGCGGCU GGAUCACCUC CUUUCU

GENBANK: GENBANK: CP020381.2

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分子 #52: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #53: Sequanamycin 9

分子名称: Sequanamycin 9 / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: WDP
分子量理論値: 1.243542 KDa
Chemical component information

ChemComp-WDP:
Sequanamycin 9

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分子 #54: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 447 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMKClPotassium Chloride
10.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgClMagnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 4 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Monodispersed unmethylated Mtb ribosome with SEQ-9

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kgb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 719250
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7kgb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7sfr:
Unmethylated Mtb Ribosome 50S with SEQ-9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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