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- EMDB-25075: PR-RT portion of HIV-1 Pol -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25075
タイトルPR-RT portion of HIV-1 Pol
マップデータFull-map generated by Focussed Classification
試料
  • 複合体: PR-RT portion of HIV-1 Pol
    • タンパク質・ペプチド: PR-RT portion of HIV-1 Pol
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Lyumkis D / Passos D / Arnold E / Harrison J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136680 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI27690 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI150472 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the HIV-1 Pol polyprotein provides insights into virion maturation.
著者: Jerry Joe E K Harrison / Dario Oliveira Passos / Jessica F Bruhn / Joseph D Bauman / Lynda Tuberty / Jeffrey J DeStefano / Francesc Xavier Ruiz / Dmitry Lyumkis / Eddy Arnold /
要旨: Key proteins of retroviruses and other RNA viruses are translated and subsequently processed from polyprotein precursors by the viral protease (PR). Processing of the HIV Gag-Pol polyprotein yields ...Key proteins of retroviruses and other RNA viruses are translated and subsequently processed from polyprotein precursors by the viral protease (PR). Processing of the HIV Gag-Pol polyprotein yields the HIV structural proteins and enzymes. Structures of the mature enzymes PR, reverse transcriptase (RT), and integrase (IN) aided understanding of catalysis and design of antiretrovirals, but knowledge of the Pol precursor architecture and function before PR cleavage is limited. We developed a system to produce stable HIV-1 Pol and determined its cryo-electron microscopy structure. RT in Pol has a similar arrangement to the mature RT heterodimer, and its dimerization may draw together two PR monomers to activate proteolytic processing. HIV-1 thus may leverage the dimerization interfaces in Pol to regulate assembly and maturation of polyprotein precursors.
履歴
登録2021年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25075.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full-map generated by Focussed Classification
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-8.842363 - 17.400097
平均 (標準偏差)0.0062616 (±0.5817917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 259.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full-map generated by Focussed Classification filtered by 2

ファイルemd_25075_additional_1.map
注釈Full-map generated by Focussed Classification filtered by 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half-map 1

ファイルemd_25075_additional_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half-map 2

ファイルemd_25075_additional_3.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PR-RT portion of HIV-1 Pol

全体名称: PR-RT portion of HIV-1 Pol
要素
  • 複合体: PR-RT portion of HIV-1 Pol
    • タンパク質・ペプチド: PR-RT portion of HIV-1 Pol

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超分子 #1: PR-RT portion of HIV-1 Pol

超分子名称: PR-RT portion of HIV-1 Pol / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: 3D reconstruction of the HIV-1 Pol polyprotein comprising the PR-RT portion
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量実験値: 119 KDa

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分子 #1: PR-RT portion of HIV-1 Pol

分子名称: PR-RT portion of HIV-1 Pol / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGRDNNSPSE AGADRQGTVS FNFPQITLWQ RPLVTIKIGG QLKEALLATG ADDTVLEEMS LPGRWKPKMI GGIGGFIKVR QYDQILIEIC GHKAIGTVLV GPTPVNIIGR NLLTQIGCTL NFPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS ...文字列:
MGRDNNSPSE AGADRQGTVS FNFPQITLWQ RPLVTIKIGG QLKEALLATG ADDTVLEEMS LPGRWKPKMI GGIGGFIKVR QYDQILIEIC GHKAIGTVLV GPTPVNIIGR NLLTQIGCTL NFPISPIETV PVKLKPGMDG PKVKQWPLTE EKIKALVEIC TEMEKEGKIS KIGPENPYNT PVFAIKKKDS TKWRKLVDFR ELNKRTQDFW EVQLGIPHPA GLKKKKSVTV LDVGDAYFSV PLDEDFRKYT AFTIPSINNE TPGIRYQYNV LPQGWKGSPA IFQSSMTKIL EPFKKQNPDI VIYQYMDDLY VGSDLEIGQH RTKIEELRQH LLRWGLTTPD KKHQKEPPFL WMGYELHPDK WTVQPIVLPE KDSWTVNDIQ KLVGKLNWAS QIYPGIKVRQ LCKLLRGTKA LTEVIPLTEE AELELAENRE ILKEPVHGVY YDPSKDLIAE IQKQGQGQWT YQIYQEPFKN LKTGKYARMR GAHTNDVKQL TEAVQKITTE SIVIWGKTPK FKLPIQKETW ETWWTEYWQA TWIPEWEFVN TPPLVKLWYQ LEKEPIVGAE TFYVDGAANR ETKLGKAGYV TNKGRQKVVP LTNTTNQKTE LQAIYLALQD SGLEVNIVTD SQYALGIIQA QPDKSESELV NQIIEQLIKK EKVYLAWVPA HKGIGGNEQV DKLVSAGIRK ID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2710 pixel / 平均電子線量: 0.95 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 27555
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / 使用した粒子像数: 11025
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cisTEM

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1dlo

,

3bgr

,

2hb4

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coeficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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