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万見
- EMDB-24882: Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24882
タイトルHuman Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1)
マップデータhuman NEXT dimer bound to RNA - composite structure
試料
  • 複合体: human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Exosome RNA helicase MTR4
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8,Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein 7
    • RNA: RNA (46-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードHelicase / ATPase / RNA / Exosome / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / snRNA catabolic process / TRAMP complex / snRNA binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / pre-mRNA intronic binding / 14-3-3 protein binding ...: / snRNA catabolic process / TRAMP complex / snRNA binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / pre-mRNA intronic binding / 14-3-3 protein binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / meiotic cell cycle / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / DNA damage response / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM7, RNA recognition motif / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / PSP, proline-rich ...RBM7, RNA recognition motif / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome RNA helicase MTR4 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / RNA-binding protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Puno MR / Lima CD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for RNA surveillance by the human nuclear exosome targeting (NEXT) complex.
著者: M Rhyan Puno / Christopher D Lima /
要旨: RNA quality control relies on co-factors and adaptors to identify and prepare substrates for degradation by ribonucleases such as the 3' to 5' ribonucleolytic RNA exosome. Here, we determined ...RNA quality control relies on co-factors and adaptors to identify and prepare substrates for degradation by ribonucleases such as the 3' to 5' ribonucleolytic RNA exosome. Here, we determined cryogenic electron microscopy structures of human nuclear exosome targeting (NEXT) complexes bound to RNA that reveal mechanistic insights to substrate recognition and early steps that precede RNA handover to the exosome. The structures illuminate ZCCHC8 as a scaffold, mediating homodimerization while embracing the MTR4 helicase and flexibly anchoring RBM7 to the helicase core. All three subunits collaborate to bind the RNA, with RBM7 and ZCCHC8 surveying sequences upstream of the 3' end to facilitate RNA capture by MTR4. ZCCHC8 obscures MTR4 surfaces important for RNA binding and extrusion as well as MPP6-dependent recruitment and docking onto the RNA exosome core, interactions that contribute to RNA surveillance by coordinating RNA capture, translocation, and extrusion from the helicase to the exosome for decay.
履歴
登録2021年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24882.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human NEXT dimer bound to RNA - composite structure
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度
表面レベル登録者による: 11.5
最小 - 最大-58.578938000000001 - 117.664664999999999
平均 (標準偏差)-0.008782573 (±1.2400491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 417.79202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: focused refinement on protomer A MTR4 core, ZCCHC8...

ファイルemd_24882_additional_1.map
注釈focused refinement on protomer A MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 half map 1
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追加マップ: focused refinement on ZCCHC8-HD/KID MTR4-KOW half map 1

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注釈focused refinement on ZCCHC8-HD/KID MTR4-KOW half map 1
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追加マップ: focused refinement on ZCCHC8-HD/KID MTR4-KOW half map 2

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注釈focused refinement on ZCCHC8-HD/KID MTR4-KOW half map 2
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追加マップ: focused refinement on protomer A MTR4 half map 1

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注釈focused refinement on protomer A MTR4 half map 1
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追加マップ: Overall reconstruction half map 1

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注釈Overall reconstruction half map 1
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注釈focused refinement on protomer B MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 half map 1
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注釈Overall reconstruction half map 2
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注釈focused refinement on protomer A MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 half map 2
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注釈focused refinement on protomer B MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 (component map of composite structure)
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注釈focused refinement on protomer B MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 half map 2
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注釈focused refinement on protomer B MTR4 (component map of composite structure)
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注釈focused refinement on ZCCHC8-HD/KID MTR4-KOW (component map of composite structure)
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注釈focused refinement on protomer A MTR4 core, ZCCHC8 middle region and RBM7 (component map of composite structure)
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追加マップ: focused refinement on protomer B MTR4 half map 1

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注釈focused refinement on protomer B MTR4 half map 1
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追加マップ: focused refinement on protomer A MTR4 half map 2

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注釈focused refinement on protomer A MTR4 half map 2
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追加マップ: focused refinement on protomer B MTR4 half map 2

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注釈focused refinement on protomer B MTR4 half map 2
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追加マップ: Overall reconstruction (component map of composite structure)

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注釈Overall reconstruction (component map of composite structure)
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追加マップ: focused refinement on protomer A MTR4 (component map...

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注釈focused refinement on protomer A MTR4 (component map of composite structure)
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試料の構成要素

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全体 : human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex

全体名称: human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex
要素
  • 複合体: human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Exosome RNA helicase MTR4
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8,Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein 7
    • RNA: RNA (46-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex

超分子名称: human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Exosome RNA helicase MTR4

分子名称: Exosome RNA helicase MTR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 118.224961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SGDMADAFGD ELFSVFEGDS TTAAGTKKDK EKDKGKWKGP PGSADKAGKR FDGKLQSEST NNGKNKRDVD FEGTDEPIFG KKPRIEESI TEDLSLADLM PRVKVQSVET VEGCTHEVAL PAEEDYLPLK PRVGKAAKEY PFILDAFQRE AIQCVDNNQS V LVSAHTSA ...文字列:
SGDMADAFGD ELFSVFEGDS TTAAGTKKDK EKDKGKWKGP PGSADKAGKR FDGKLQSEST NNGKNKRDVD FEGTDEPIFG KKPRIEESI TEDLSLADLM PRVKVQSVET VEGCTHEVAL PAEEDYLPLK PRVGKAAKEY PFILDAFQRE AIQCVDNNQS V LVSAHTSA GKTVCAEYAI ALALREKQRV IFTSPIKALS NQKYREMYEE FQDVGLMTGD VTINPTASCL VMTTEILRSM LY RGSEVMR EVAWVIFDEI HYMRDSERGV VWEETIILLP DNVHYVFLSA TIPNARQFAE WICHLHKQPC HVIYTDYRPT PLQ HYIFPA GGDGLHLVVD ENGDFREDNF NTAMQVLRDA GDLAKGDQKG RKGGTKGPSN VFKIVKMIME RNFQPVIIFS FSKK DCEAY ALQMTKLDFN TDEEKKMVEE VFSNAIDCLS DEDKKLPQVE HVLPLLKRGI GIHHGGLLPI LKETIEILFS EGLIK ALFA TETFAMGINM PARTVLFTNA RKFDGKDFRW ISSGEYIQMS GRAGRRGMDD RGIVILMVDE KMSPTIGKQL LKGSAD PLN SAFHLTYNMV LNLLRVEEIN PEYMLEKSFY QFQHYRAIPG VVEKVKNSEE QYNKIVIPNE ESVVIYYKIR QQLAKLG KE IEEYIHKPKY CLPFLQPGRL VKVKNEGDDF GWGVVVNFSK KSNVKPNSGE LDPLYVVEVL LRCSKESLKN SATEAAKP A KPDEKGEMQV VPVLVHLLSA ISSVRLYIPK DLRPVDNRQS VLKSIQEVQK RFPDGIPLLD PIDDMGIQDQ GLKKVIQKV EAFEHRMYSH PLHNDPNLET VYTLCEKKAQ IAIDIKSAKR ELKKARTVLQ MDELKCRKRV LRRLGFATSS DVIEMKGRVA CEISSADEL LLTEMMFNGL FNDLSAEQAT ALLSCFVFQE NSSEMPKLTE QLAGPLRQMQ ECAKRIAKVS AEAKLEIDEE T YLSSFKPH LMDVVYTWAT GATFAHICKM TDVFEGSIIR CMRRLEELLR QMCQAAKAIG NTELENKFAE GITKIKRDIV FA ASLYL

UniProtKB: Exosome RNA helicase MTR4

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分子 #2: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8,Zinc finger CCHC dom...

分子名称: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8,Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.259805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SGDMAAEVYF GDLELFEPFD HPEESIPKPV HTRFKDDDGD EEDENGVGDA ELRERLRQCE ETIEQLRAEN QELKRKLNIL TRPSGILVN DTKLDGPILQ ILFMNNAISK QYHQEIEEFV SNLVKRFEEQ QKNDVEKTSF NLLPQPSSIV LEEDHKVEES C AIKNNKEA ...文字列:
SGDMAAEVYF GDLELFEPFD HPEESIPKPV HTRFKDDDGD EEDENGVGDA ELRERLRQCE ETIEQLRAEN QELKRKLNIL TRPSGILVN DTKLDGPILQ ILFMNNAISK QYHQEIEEFV SNLVKRFEEQ QKNDVEKTSF NLLPQPSSIV LEEDHKVEES C AIKNNKEA FSVVGSVLYF TNFCLDKLGQ PLLNENPQLS EGWEIPKYHQ VFSHIVSLEG QEIQVKAKRP KPHCFNCGSE EH QMKDCPM PRNAARISEK RKEYMDACGE ANNQNFQQRY HAEEVEERFG RFKPGVISEE LQDALGVTDK SLPPFIYRMR QLG YPPGWL KEAELENSGL ALYDGKDGTD GETEVGEIQQ NKSVTYDLSK LVNYPGFNIS TPRGIPDEWR IFGSIPMQAC QQKD VFANY LTSNFQAPGV KSGGAVDEDA LTLEELEEQQ RRIWAALEQA ESVNSDSDVP VDTPLTGNSV ASSPCPNELD LPVPE GKTS EKQTLDEPEV PEIFTKKSEA GHASSPDSEV TSLCQKEKAE LAPVNTEGAL LDNGSVVPNC DISNGGSQKL FPADTS PST ATKIHSPIPD MSKFATGITP FEFENMAEST GMYLRIRSLL KNSPRNQQKN KKASE

UniProtKB: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8, Zinc finger CCHC domain-containing protein 8

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分子 #3: RNA-binding protein 7

分子名称: RNA-binding protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.462986 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGDEADRTLF VGNLETKVTE ELLFELFHQA GPVIKVKIPK DKDGKPKQFA FVNFKHEVSV PYAMNLLNGI KLYGRPIKIQ FRS

UniProtKB: RNA-binding protein 7

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分子 #4: RNA (46-MER)

分子名称: RNA (46-MER) / タイプ: rna / ID: 4
詳細: The actual RNA sequence is: ACAUGAGGAUCACCCAUGUAAUCUCUUUCAAAAAA(2PU)ACAAAAAAAA. (2PU) is represented by "N" (any nucleotide. This residue is missing in the coordinates and the chemical is an ...詳細: The actual RNA sequence is: ACAUGAGGAUCACCCAUGUAAUCUCUUUCAAAAAA(2PU)ACAAAAAAAA. (2PU) is represented by "N" (any nucleotide. This residue is missing in the coordinates and the chemical is an internal 2' pyrene modified uridine
コピー数: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.605818 KDa
配列文字列:
ACAUGAGGAU CACCCAUGUA AUCUCUUUCA AAAAA(N)ACAA AAAAAA

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 67.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model from cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: A total of 618,412 particles were used for the consensus reconstruction with an overall resolution of 4.06 Angstrom (FSC 0.143 cut off). Focused 3D classification and local refinement were ...詳細: A total of 618,412 particles were used for the consensus reconstruction with an overall resolution of 4.06 Angstrom (FSC 0.143 cut off). Focused 3D classification and local refinement were performed in several regions of the complex. A composite map was generated using focused reconstructions of ZCCHC8 HD/KID-MTR4 KOW (3.26 Angstrom, FSC = 0.143; 117,561 particles), protomer A MTR4 (3.42 Angstrom, FSC = 0.143; 225,213 particles), protomer B MTR4 (3.54 Angstrom, FSC = 0.143; 236,602 particles), protomer A MTR4 core-ZCCHC8 PSP-RBM7 RRM (4.06 Angstrom, FSC = 0.143; 44,800 particles), and protomer B MTR4 core-ZCCHC8 PSP-RBM7 RRM (4.4 Angstrom, FSC = 0.143 37,088 particles).
使用した粒子像数: 618412
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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