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- EMDB-24821: Structure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24821
タイトルStructure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococcus sp. PCC 7335 acclimated to far-red light
マップデータSharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335
試料
  • 複合体: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 13種
キーワードPhotosystem I / Far-red light photoacclimation / Chlorophyll f / Ferredoxin / PsaF / PsaJ / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Electron transport accessory-like domain superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit II / Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Gisriel CJ / Flesher DA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structure of a photosystem I-ferredoxin complex from a marine cyanobacterium provides insights into far-red light photoacclimation.
著者: Christopher J Gisriel / David A Flesher / Gaozhong Shen / Jimin Wang / Ming-Yang Ho / Gary W Brudvig / Donald A Bryant /
要旨: Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes ...Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes the replacement of six photosystem I (PSI) subunits with isoforms that confer the binding of chlorophyll (Chl) f molecules that absorb far-red light (FRL). However, the exact sites at which Chl f molecules are bound are still challenging to determine. To aid in the identification of Chl f-binding sites, we solved the cryo-EM structure of PSI from far-red light-acclimated cells of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7335. We identified six sites that bind Chl f with high specificity and three additional sites that are likely to bind Chl f at lower specificity. All of these binding sites are in the core-antenna regions of PSI, and Chl f was not observed among the electron transfer cofactors. This structural analysis also reveals both conserved and nonconserved Chl f-binding sites, the latter of which exemplify the diversity in FRL-PSI among species. We found that the FRL-PSI structure also contains a bound soluble ferredoxin, PetF1, at low occupancy, which suggests that ferredoxin binds less transiently than expected according to the canonical view of ferredoxin-binding to facilitate electron transfer. We suggest that this may result from structural changes in FRL-PSI that occur specifically during FRL photoacclimation.
履歴
登録2021年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月24日-
マップ公開2021年11月24日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0302 / ムービー #1: 0.0302
最小 - 最大-0.20111874 - 0.31543994
平均 (標準偏差)0.00018521286 (±0.010041001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.2010.3150.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus...

ファイルemd_24821_additional_1.map
注釈Unsharpened map for Far-red light-acclimated PSI from Synechococcus sp. PCC 7335
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335

全体名称: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
要素
  • 複合体: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I 16 kDa polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: PsaI2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335

超分子名称: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 86.411227 KDa
配列文字列: MTASPPKRNQ ASAATEQSPI PTSFERWAKP GHFDRTLARG PKTTTWIWNL HADAHDFDSH TNDLQDISRK IFSAHFGHLA VVFVWLSGM YFHGARFSNF SSWMADPTHI RPSAQVVWPL VGQDILNGDM GGGFRGIQIT SGLFQMWRGE GFTNEFQLYC T AIGALVMA ...文字列:
MTASPPKRNQ ASAATEQSPI PTSFERWAKP GHFDRTLARG PKTTTWIWNL HADAHDFDSH TNDLQDISRK IFSAHFGHLA VVFVWLSGM YFHGARFSNF SSWMADPTHI RPSAQVVWPL VGQDILNGDM GGGFRGIQIT SGLFQMWRGE GFTNEFQLYC T AIGALVMA GLMIFAGWFH YHVRSPKLEW FQNVQSMLNH HLAGLLGLGS LGWAGHLIHV ALPTNKLLDA GVAPQDIPLP HE FVLDKAL MAELYPSFAQ GIRPFFTLNW ATYSDFLTFN GGLNPVTGGL WMTDIAHHHV AIAVLFIFAG HMYRTNWGIG HSI RTMLED ARHPKMLPFL SFIGPVGHRG LFEVLTTSWH AQLSINLAMM GSLSIIVAQH MYSMPPYPYL ATDYGTVTSL FTHH MWIGG FLIVGAAAHA GIFMVRDYDP AENVNNVLDR VLRHRDAIIS HLVWVCQFLG FHSFAMYCHN DTMRAFGRPQ DMFSD TGIQ LQPIFAQWVQ HIQTMAVGSA QVAEPLGDAL GGIQNIALSG VGTTAPGVAS PASYAFGGGL VAVGGKVAMM PISLGT ADF LIHHIHAFTI HVTVLVLLKG VLFARNSRLI PDKSELGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSI AMVIFHF FW KMQSDVWGAV DANGTVSHIT GGNFAQSSIT INGWLRDFLW AQATQVISSY GSALSAYGLM FLAGHFVFAF SLMFLFSG R GYWQELIESI VWAHNKLRIT TAIQPRALSI TQGRAVGAAH YLLGSIVTTW AFFLARMAAI G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 83.207648 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ELQQDPTTRR IFYSLATAHD FESHDGMTEE SLYQRIFASH FGHLAIIFLW TSGILFHVAW QGNFEAWIKD PLNISPIAH AIWDPQFGPA AMDAFTPAGA GNPVNFCYSG VYHWWYTIGL RTNGDLFAGA MFLLLLAAVM LYAGWLHLQP R YRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ELQQDPTTRR IFYSLATAHD FESHDGMTEE SLYQRIFASH FGHLAIIFLW TSGILFHVAW QGNFEAWIKD PLNISPIAH AIWDPQFGPA AMDAFTPAGA GNPVNFCYSG VYHWWYTIGL RTNGDLFAGA MFLLLLAAVM LYAGWLHLQP R YRPSLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLSMPPH PEGLKPFFTG NWGAYALNPD TS EHLFNTS QGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNFGI GHSIKEMTES LQGPGWTGFF IAP NTGRGH KGIYDAYNNS LHFQLGWHLA CLGVVTSLVA QHMYAMPPYA FIARDYTTTA ALYTHHQYIA GFLMLGAFAH GGIF LIRDY DPVANENNVL ARVLDHKEAI ISHLSWVSLF LGFHTLALYV HNDCEVAFGS PDKQILVEPV FAQWIQAVHG KALYG ISSL LSNPDSIAST AWPNHANVWL PGWLEAINNG TNSLFLAIGP GDFLVHHAIA LGLHVTTLIL VKGALDARGS KLMPDK KDF GYAFPCDGPG RGGTCDISAW DSVYLATFWM LNTLGWVTFY WHWKHLAIWS GNVAQFNEGS TYLMGWFRDY LWLNSAQ LI NGYNPYGTNN LAIWAWIFLF GHLVWAISFM FLITWRGYWQ ELIETLMWAH ENTPLSFGYP KDKPVALSIV QARLVGLV H FTVGYIATYG AFLIASTGSR FP

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
分子量理論値: 8.809169 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCRAGQIA ASPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETSRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I 16 kDa polypeptide

分子名称: Photosystem I 16 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 17.051336 KDa
配列文字列:
MALTGSMPKF GGSTGGLLTA AFVEERYAIT WTSSKEQVFE MPTGGAATMN EGENLLELAR KEQCLALGAQ LRTKFKPKIT DYKIYRIFP NGETTFIHPA DGVFPEKVNE GRGYSGKKDR RIGENPNPAT IKFSGQNTFE TDMKSTDVKT TGLPRP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 7.955112 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFRE VGSVASVDQS GIKYPVVVRF SKVNYAGVNT NNFSEAELVE VEAPPKKAAK K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 18.569213 KDa
配列文字列:
MHKTIRKFFS LLLAAFVWLS VVSPAVAASE GYTDTHLVPC ASSPAFNERM QNAPEGYYFD TPYQSYAANL LCGAEGLPHQ QLRFDRAID VLIPFGIFFY VAGFIGWSGR AYLISSNRNS KPEETEIFID VALAIKSFVQ GLLWPLLAVK ELTTGELTAP V SEVSVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: PsaI2

分子名称: PsaI2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 7.668838 KDa
配列文字列:
MVDATQLEGA YAAAWLPWIM IPMITYILPF PIFAIAFLWI EREGGEGGLD IDVMGSNAMS NEAMGRDISS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 5.170094 KDa
配列文字列:
MKYFAKYLTS APIMATVALV SLSVVLIELN HFFPGLQYGT YFHSVP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 8.195834 KDa
配列文字列:
MLSLVAAAGV VPNTVTWGPN VAIVMIICNL IAFAIGKQVI QIPDAGPAPG TFLGLGLPAL LGVTSLGHAI GVGAILGLAN IGVL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK

+
分子 #10: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 18.632201 KDa
配列文字列:
MSASDAYISD DPIQPYQGNP QLGNLATPIN SSNLAKAFIN NLPAYRPGLT PFLRGLEIGM AHGYFLVGPE VVFGPLKEGS HGANLSGLI TAIYITVSAC LGISIFALAT FQGDPRGTYN SHSRDRLRPL RKKEDWYQLS GGILMGSLGG AIFAYALLEN F ELLDSILR GAVNVG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
分子量理論値: 3.366065 KDa
配列文字列:
MALSDSQIFL ALALALIPGF LALRLATELY K

+
分子 #12: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein

分子名称: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 10.835725 KDa
配列文字列:
MASYKVTLVN ETENLNTTIE VADDEYILDA AEEQGIDLPY SCRAGACSTC AGKLTEGTVD QSDQSFLDDD QIEAGYVLTC VAYPTSDCT VMTHQEEELY

UniProtKB: Ferredoxin-1

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 255 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #15: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 18 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

+
分子 #16: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 57 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 12 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 9 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 39 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 333 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 286672
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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