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万見
- EMDB-2478: Negative stain electron microscopy structure of compound E-bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2478
タイトルNegative stain electron microscopy structure of compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex
マップデータNative human PS1 complex
試料
  • 試料: Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex
  • タンパク質・ペプチド: Presenilin-1
  • タンパク質・ペプチド: Nicastrin
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-secretase subunit APH-1A
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-secretase subunit PEN-2
  • リガンド: E ((S,S)- 2-[2-(3,5-Difluorophenyl)-acetylamino]-N-(1-methyl-2-oxo-5-phenyl-2,3-dihydro-1H-benzo[e][1,4]diazepin-3-yl)-propionamide)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / negative regulation of core promoter binding / positive regulation of endopeptidase activity / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / negative regulation of core promoter binding / positive regulation of endopeptidase activity / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / Noncanonical activation of NOTCH3 / protein catabolic process at postsynapse / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / synaptic vesicle targeting / negative regulation of axonogenesis / positive regulation of coagulation / central nervous system myelination / membrane protein intracellular domain proteolysis / choline transport / skin morphogenesis / T cell activation involved in immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / dorsal/ventral neural tube patterning / ciliary rootlet / neural retina development / regulation of resting membrane potential / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of phosphorylation / Regulated proteolysis of p75NTR / myeloid dendritic cell differentiation / metanephros development / brain morphogenesis / locomotion / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of postsynapse organization / embryonic limb morphogenesis / cell fate specification / astrocyte activation involved in immune response / regulation of canonical Wnt signaling pathway / myeloid cell homeostasis / aggresome / skeletal system morphogenesis / azurophil granule membrane / growth factor receptor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / glutamate receptor signaling pathway / Golgi cisterna membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of amyloid fibril formation / protein glycosylation / blood vessel development / mitochondrial transport / amyloid-beta formation / heart looping / amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of dendritic spine development / regulation of neuron projection development / positive regulation of receptor recycling / cerebral cortex cell migration / nuclear outer membrane / adult behavior / smooth endoplasmic reticulum / membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / autophagosome assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activator activity / neuron development / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / T cell proliferation / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Nuclear signaling by ERBB4 / calcium ion homeostasis / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / rough endoplasmic reticulum / Notch signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / neuron projection maintenance / astrocyte activation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to calcium ion / thymus development / cerebellum development / positive regulation of glycolytic process / epithelial cell proliferation / dendritic shaft / post-embryonic development / PDZ domain binding / neuromuscular junction / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants
類似検索 - 分子機能
Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Nicastrin / Nicastrin, small lobe ...Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Nicastrin / Nicastrin, small lobe / Nicastrin large lobe / Nicastrin small lobe / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family
類似検索 - ドメイン・相同性
Presenilin-1 / Nicastrin / Gamma-secretase subunit APH-1A / Gamma-secretase subunit PEN-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.4 Å
データ登録者Li Y / Lu S / Tsai CJ / Bohm C / Qamar S / Dodd RB / Meadows W / Jeon A / McLeod A / Chen F ...Li Y / Lu S / Tsai CJ / Bohm C / Qamar S / Dodd RB / Meadows W / Jeon A / McLeod A / Chen F / Arimon M / Berezovska O / Hyman BT / Tomita T / Iwatsubod T / Johnsof CM / Farrer L / Schmitt-Ulms G / Fraser P / St George-Hyslop P
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural interactions between inhibitor and substrate docking sites give insight into mechanisms of human PS1 complexes.
著者: Yi Li / Stephen Hsueh-Jeng Lu / Ching-Ju Tsai / Christopher Bohm / Seema Qamar / Roger B Dodd / William Meadows / Amy Jeon / Adam McLeod / Fusheng Chen / Muriel Arimon / Oksana Berezovska / ...著者: Yi Li / Stephen Hsueh-Jeng Lu / Ching-Ju Tsai / Christopher Bohm / Seema Qamar / Roger B Dodd / William Meadows / Amy Jeon / Adam McLeod / Fusheng Chen / Muriel Arimon / Oksana Berezovska / Bradley T Hyman / Taisuke Tomita / Takeshi Iwatsubo / Christopher M Johnson / Lindsay A Farrer / Gerold Schmitt-Ulms / Paul E Fraser / Peter H St George-Hyslop /
要旨: Presenilin-mediated endoproteolysis of transmembrane proteins plays a key role in physiological signaling and in the pathogenesis of Alzheimer disease and some cancers. Numerous inhibitors have been ...Presenilin-mediated endoproteolysis of transmembrane proteins plays a key role in physiological signaling and in the pathogenesis of Alzheimer disease and some cancers. Numerous inhibitors have been found via library screens, but their structural mechanisms remain unknown. We used several biophysical techniques to investigate the structure of human presenilin complexes and the effects of peptidomimetic γ-secretase inhibitors. The complexes are bilobed. The head contains nicastrin ectodomain. The membrane-embedded base has a central channel and a lateral cleft, which may represent the initial substrate docking site. Inhibitor binding induces widespread structural changes, including rotation of the head and closure of the lateral cleft. These changes block substrate access to the catalytic pocket and inhibit the enzyme. Intriguingly, peptide substrate docking has reciprocal effects on the inhibitor binding site. Similar reciprocal shifts may underlie the mechanisms of other inhibitors and of the "lateral gate" through which substrates access to the catalytic site.
履歴
登録2013年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2013年11月20日-
更新2016年3月2日-
現状2016年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0155
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2478.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native human PS1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.04 Å/pix.
x 128 pix.
= 261.12 Å		2.04 Å/pix.
x 128 pix.
= 261.12 Å		2.04 Å/pix.
x 128 pix.
= 261.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0155 / ムービー #1: 0.0155
最小 - 最大-0.0298597 - 0.05378654
平均 (標準偏差)-0.00013971 (±0.00514203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 261.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.042.042.04
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.120261.120261.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0300.054-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex

全体名称: Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex
要素
  • 試料: Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex
  • タンパク質・ペプチド: Presenilin-1
  • タンパク質・ペプチド: Nicastrin
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-secretase subunit APH-1A
  • タンパク質・ペプチド: Gamma-secretase subunit PEN-2
  • リガンド: E ((S,S)- 2-[2-(3,5-Difluorophenyl)-acetylamino]-N-(1-methyl-2-oxo-5-phenyl-2,3-dihydro-1H-benzo[e][1,4]diazepin-3-yl)-propionamide)

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超分子 #1000: Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex

超分子名称: Compound E-bound human Presenilin 1 (PS1) complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: 1:1:1:1 / Number unique components: 5
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Presenilin-1

分子名称: Presenilin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Protein S182
詳細: N-terminus as tagged with TAP tag composed of Protein G and Streptavidin binding peptide tags separated by tobacco etch virus protease cleavage site
コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293
配列UniProtKB: Presenilin-1

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分子 #2: Nicastrin

分子名称: Nicastrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: KIAA0253 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HEK293
配列UniProtKB: Nicastrin

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分子 #3: Gamma-secretase subunit APH-1A

分子名称: Gamma-secretase subunit APH-1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Aph-1alpha / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HEK293
配列UniProtKB: Gamma-secretase subunit APH-1A

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分子 #4: Gamma-secretase subunit PEN-2

分子名称: Gamma-secretase subunit PEN-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Presenilin enhancer protein 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HEK293
配列UniProtKB: Gamma-secretase subunit PEN-2

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分子 #5: E ((S,S)- 2-[2-(3,5-Difluorophenyl)-acetylamino]-N-(1-methyl-2-ox...

分子名称: E ((S,S)- 2-[2-(3,5-Difluorophenyl)-acetylamino]-N-(1-methyl-2-oxo-5-phenyl-2,3-dihydro-1H-benzo[e][1,4]diazepin-3-yl)-propionamide)
タイプ: ligand / ID: 5 / Name.synonym: gamma-Secretase Inhibitor XXI / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 2-10 seconds
グリッド詳細: Carbon-coated 400-mesh copper grids were glow discharged in air at 600-700 V for 30-60 seconds on an Edward S150B sputter coater.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2009年9月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
実像数: 300
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細The particles were selected using EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 10651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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