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万見
- EMDB-24741: Cryo EM analysis reveals inherent flexibility of authentic murine... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24741
タイトルCryo EM analysis reveals inherent flexibility of authentic murine papillomavirus capsids
マップデータRecombined Full Virus Capsid
試料
  • ウイルス: Mouse papillomavirus 1 (パピローマウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
キーワードMmuPV1 / papillomavirus / L1 / capsomer / subparticle / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus papillomavirus type 1 (パピローマウイルス) / Mouse papillomavirus 1 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hartmann SR / Hafenstein S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD026822-01 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorAl134910-01A1 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Cryo EM Analysis Reveals Inherent Flexibility of Authentic Murine Papillomavirus Capsids.
著者: Samantha R Hartmann / Daniel J Goetschius / Jiafen Hu / Joshua J Graff / Carol M Bator / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein /
要旨: Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. However, studies have been hampered due to restricted tropism that makes production and ...Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. However, studies have been hampered due to restricted tropism that makes production and purification of high titer virus problematic. This issue has been overcome by developing alternative HPV production methods such as virus-like particles (VLPs), which are devoid of a native viral genome. Structural studies have been limited in resolution due to the heterogeneity, fragility, and stability of the VLP capsids. The mouse papillomavirus (MmuPV1) presented here has provided the opportunity to study a native papillomavirus in the context of a common laboratory animal. Using cryo EM to solve the structure of MmuPV1, we achieved 3.3 Å resolution with a local symmetry refinement method that defined smaller, symmetry related subparticles. The resulting high-resolution structure allowed us to build the MmuPV1 asymmetric unit for the first time and identify putative L2 density. We also used our program ISECC to quantify capsid flexibility, which revealed that capsomers move as rigid bodies connected by flexible linkers. The MmuPV1 flexibility was comparable to that of a HPV VLP previously characterized. The resulting MmuPV1 structure is a promising step forward in the study of papillomavirus and will provide a framework for continuing biochemical, genetic, and biophysical research for papillomaviruses.
履歴
登録2021年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ryj
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ryj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Recombined Full Virus Capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 600 pix.
= 660. Å		1.1 Å/pix.
x 600 pix.
= 660. Å		1.1 Å/pix.
x 600 pix.
= 660. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-12.272377000000001 - 19.263096000000001
平均 (標準偏差)0.000000000003009 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 660.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z660.000660.000660.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-300
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-12.27219.2630.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse papillomavirus 1

全体名称: Mouse papillomavirus 1 (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Mouse papillomavirus 1 (パピローマウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1

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超分子 #1: Mouse papillomavirus 1

超分子名称: Mouse papillomavirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2171376 / 生物種: Mouse papillomavirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 57.623543 KDa
配列文字列: MAMWTPQTGK LYLPPTTPVA KVQSTDEYVY PTSLFCHAHT DRLLTVGHPF FSVIDNDKVT VPKVSGNQYR VFRLKFPDPN KFALPQKDF YDPEKERLVW RLRGLEIGRG GPLGIGTTGH PLFNKLGDTE NPNKYQQGSK DNRQNTSMDP KQTQLFIVGC E PPTGEHWD ...文字列:
MAMWTPQTGK LYLPPTTPVA KVQSTDEYVY PTSLFCHAHT DRLLTVGHPF FSVIDNDKVT VPKVSGNQYR VFRLKFPDPN KFALPQKDF YDPEKERLVW RLRGLEIGRG GPLGIGTTGH PLFNKLGDTE NPNKYQQGSK DNRQNTSMDP KQTQLFIVGC E PPTGEHWD VAKPCGALEK GDCPPIQLVN SVIEDGDMCD IGFGNMNFKE LQQDRSGVPL DIVSTRCKWP DFLKMTNEAY GD KMFFFGR REQVYARHFF TRNGSVGEPI PNSVSPSDFY YAPDSTQDQK TLAPSVYFGT PSGSLVSSDG QLFNRPFWLQ RAQ GNNNGV CWHNELFVTV VDNTRNTNFT ISQQTNTPNP DTYDSTNFKN YLRHVEQFEL SLIAQLCKVP LDPGVLAHIN TMNP TILEN WNLGFVPPPQ QSISDDYRYI TSSATRCPDQ NPPKEREDPY KGLIFWEVDL TERFSQDLDQ FALGRKFLYQ AGIRT AVTG RGVKRAASTT SASSRRVVKR KRGSK

UniProtKB: Major capsid protein L1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 X / 構成要素 - 名称: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2859 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10181
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10181
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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