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万見
- EMDB-24620: Negative stain electron microscopy single particle reconstruction... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24620
タイトルNegative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer
マップデータFinal sharpened map of negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
試料
  • 複合体: Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 antibody Fab
    • 複合体: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1
    • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab
      • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain
        • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain
      • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain
        • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Edwards RJ / Mansouri K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI144371 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Stabilized HIV-1 envelope immunization induces neutralizing antibodies to the CD4bs and protects macaques against mucosal infection.
著者: Kevin O Saunders / Robert J Edwards / Kedamawit Tilahun / Kartik Manne / Xiaozhi Lu / Derek W Cain / Kevin Wiehe / Wilton B Williams / Katayoun Mansouri / Giovanna E Hernandez / Laura ...著者: Kevin O Saunders / Robert J Edwards / Kedamawit Tilahun / Kartik Manne / Xiaozhi Lu / Derek W Cain / Kevin Wiehe / Wilton B Williams / Katayoun Mansouri / Giovanna E Hernandez / Laura Sutherland / Richard Scearce / Robert Parks / Maggie Barr / Todd DeMarco / Chloe M Eater / Amanda Eaton / Georgeanna Morton / Benjamin Mildenberg / Yunfei Wang / R Wes Rountree / Mark A Tomai / Christopher B Fox / M Anthony Moody / S Munir Alam / Sampa Santra / Mark G Lewis / Thomas N Denny / George M Shaw / David C Montefiori / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: A successful HIV-1 vaccine will require induction of a polyclonal neutralizing antibody (nAb) response, yet vaccine-mediated induction of such a response in primates remains a challenge. We found ...A successful HIV-1 vaccine will require induction of a polyclonal neutralizing antibody (nAb) response, yet vaccine-mediated induction of such a response in primates remains a challenge. We found that a stabilized HIV-1 CH505 envelope (Env) trimer formulated with a Toll-like receptor 7/8 agonist induced potent HIV-1 polyclonal nAbs that correlated with protection from homologous simian-human immunodeficiency virus (SHIV) infection. The serum dilution that neutralized 50% of virus replication (ID titer) required to protect 90% of macaques was 1:364 against the challenge virus grown in primary rhesus CD4 T cells. Structural analyses of vaccine-induced nAbs demonstrated targeting of the Env CD4 binding site or the N156 glycan and the third variable loop base. Autologous nAb specificities similar to those elicited in macaques by vaccination were isolated from the human living with HIV from which the CH505 Env immunogen was derived. CH505 viral isolates were isolated that mutated the V1 to escape both the infection-induced and vaccine-induced antibodies. These results define the specificities of a vaccine-induced nAb response and the protective titers of HIV-1 vaccine-induced nAbs required to protect nonhuman primates from low-dose mucosal challenge by SHIVs bearing a primary transmitted/founder Env.
履歴
登録2021年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final sharpened map of negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.129 / ムービー #1: 0.129
最小 - 最大-0.135518 - 0.3280068
平均 (標準偏差)-0.0005038164 (±0.025123177)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 385.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.024.024.02
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.920385.920385.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.1360.328-0.001

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添付データ

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追加マップ: Raw, unsharpened map of negative stain electron microscopy...

ファイルemd_24620_additional_1.map
注釈Raw, unsharpened map of negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of negative stain electron microscopy single...

ファイルemd_24620_half_map_1.map
注釈Half-map 1 of negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of negative stain electron microscopy single...

ファイルemd_24620_half_map_2.map
注釈Half-map 2 of negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 an...

全体名称: Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 antibody Fab
要素
  • 複合体: Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 antibody Fab
    • 複合体: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1
    • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab
      • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain
        • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain
      • 複合体: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain
        • タンパク質・ペプチド: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain

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超分子 #1: Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 an...

超分子名称: Complex of HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 with DH1025.1 antibody Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 23 KDa

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超分子 #2: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 trimer

超分子名称: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: DH1025.1 Antibody Fab

超分子名称: DH1025.1 Antibody Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #4: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain

超分子名称: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #5: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain

超分子名称: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1

分子名称: HIV Env CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEMVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDVIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS VITQACPKVS ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEMVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDVIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS VITQACPKVS FDPIPIHYCA PAGYAILKCN NKTFTGTGPC NNVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEGE IIIRSENITN NVKTIIVHLN ESVKIECTRP NNKTRTSIRI GPGQAFYATG QVIGDIREAY CNINESKWNE TLQRVSKKLK EYFPHKNITF QPSSGGDLEI TTHSFNCGGE FFYCNTSSLF NRTYMANSTD MANSTETNST RTITIHCRIK QIINMWQEVG RAMYAPPIAG NITCISNITG LLLTRDGGKN NTETFRPGGG NMKDNWRSEL YKYKVVKIEP LGVAPTRCKR RVVGRRRRRR AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD

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分子 #2: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain

分子名称: DH1025.1 Antibody Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS YYNWWSWIRQ PPGKGLEWIG YISGSSGNTY YSPSLKSRVT ISTDTSKNQF SLRLSSVTAA DTAVYYCASV LQYLDWVLPD RVGEVHWFDV WGPGVLVSVS S astkg ps vfplapss r stsestaal gclvkdyfpe ...文字列:
QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS YYNWWSWIRQ PPGKGLEWIG YISGSSGNTY YSPSLKSRVT ISTDTSKNQF SLRLSSVTAA DTAVYYCASV LQYLDWVLPD RVGEVHWFDV WGPGVLVSVS S astkg ps vfplapss r stsestaal gclvkdyfpe pvtvswnsg s ltsgvhtf pa vlqssgl ysl ssvvtv psss lgtqt yvcnv nhkp sntkvd krv eiktcgg

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分子 #3: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain

分子名称: DH1025.1 Antibody Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ISCQASQGIS SRLAWYQQRP GKAPKLLIHT ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQQ HHSHPLTFGG GTKVEIK lf ppsseelq a nkatlvcli sdfypgvvkv awkadgsav n agvetttp sk qsnnkya ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ISCQASQGIS SRLAWYQQRP GKAPKLLIHT ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQQ HHSHPLTFGG GTKVEIK lf ppsseelq a nkatlvcli sdfypgvvkv awkadgsav n agvetttp sk qsnnkya ass ylslts dqwk shksy scqvt hegs tvektv apa ecs

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESN-2-Hydroxyethyl-piperazine-N-2-ethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 g/dLglycerolglycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: For negative staining, 5 microliter of the diluted filter retentate was applied to a freshly glow-discharged, 300 mesh, carbon-coated EM grid and incubated 10-12 s, then rinsed with 70 ...詳細: For negative staining, 5 microliter of the diluted filter retentate was applied to a freshly glow-discharged, 300 mesh, carbon-coated EM grid and incubated 10-12 s, then rinsed with 70 microliter of 2% uranyl formate delivered in one smooth ejection from a pipet. The drop of uranyl formate remaining on the grid was allowed to incubate for 60 s, then the grid was blotted with filter paper and allowed to air dry.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細Frozen aliquots of SOSIP and Fab were thawed in an Aluminum block at room temperature for 2-3 minutes, then 10 microgram of SOSIP were mixed with 36 microgram Fab (~1:15 molar ratio) and diluted to 100 microliter final volume with HEPES-buffered saline (HBS), containing 20 mM HEPES buffer and 150 mM NaCl, pH 7.4, augmented with 5% glycerol. Mixture was incubated at 22 degrees C overnight. The following day, a 0.08% glutaraldehyde fixative was prepared by diluting an 8% stock 1/100 with HBS. Then 400 microliter of fixative was added to the SOSIP-Fab mixture and incubated 5 min at room temperature to crosslink the complex, followed by addition of 40 microliter of a 1 M Tris solution, pH 7.4 to quench any unreacted glutaraldehyde. The reaction mixture was then transferred to a 0.5-ml Amicon Ultra centrifugal filter device with a 100-kDa cutoff filter (Millipore, #UFC510096) and spun 10 min at 14,000 g in a benchtop centrifuge held at 20 degrees C to remove excess Fab. The filter retentate, usually ~25 microliter, was collected and diluted 1:1 with HBS augmented with 5% glycerol.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 102 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
詳細: Images were collected with a minimal dose approach using a manually controlled low dose unit to keep the beam blanked except during initial grid orientation and image collection. To create an ...詳細: Images were collected with a minimal dose approach using a manually controlled low dose unit to keep the beam blanked except during initial grid orientation and image collection. To create an initial atlas, the entire grid was imaged once at 49x magnification at very low beam intensity by decreasing the emission current, strongly focusing C1 (Spot Size 6) and defocusing C2 (Intensity knob fully clockwise). The stage was then quickly translated to center the desired gridsquare, with an estimated exposure of < 2 s at this very low illumination level, at which point the beam was blanked. A 3,300x magnification was then selected so that a single gridsquare approximately fills the scintillator screen. The beam was then unblanked and the stage manually tilted and the eucentric height quickly adjusted by noting the movement of the gridbars, and then the stage was translated to center on the lower-left corner of the gridsquare, with an estimated exposure of < 2 s at this very low illumination level, at which point the beam was blanked. A magnfication of 82,000x was then selected and C2 focused by a known number of clicks of the Intensity knob so that the beam would approximately fill the scintillator screen. The beam was then unblanked, the objective lens focused by eye and then adjusted to approximately 0.5 micron underfocused, and C2 adjusted so the beam just filled the scintillator screen. Because this focusing step involved a long exposure to the focused beam, no data was collected in this area. For data collection, the stage was translated blindly, with the beam blanked, by noting the micrometer markings on the left-hand stage control, to move to an un-irradiated area that was approximately two screen-widths vertically away from the initial position. The beam was then unblanked, an image captured with 0.25 s exposure to the focused beam without any adjustment of the objective lens focus, and the beam then re-blanked. The FFT of the collected image was examined and the position of the first Thon ring noted and the objective lens focus adjusted if needed for subsequent images. The stage was then moved blindly in the same direction to an un-irradiated area and a new image collected. In this way images were collected until the gridbar was encountered, at which point the beam was unblanked and the stage moved so that the gridbar occluded all of the beam except a small sliver of the gridsquare at the bottom or top of the screen, and the right hand stage control was used to translate the specimen to a new location at least two screen widths away horizontally. In this way the entire gridsquare could be imaged in a rastered fashion with each area only irradiated with the full strength beam during the 0.25 s image capture.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 82000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 130908
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An unliganded (no Fab) Env trimer homology model was built with SwissModel using the CH505 sequence and PDB 5UM8 as template, then converted to a map using UCSF Chimera's molmap ...In silico モデル: An unliganded (no Fab) Env trimer homology model was built with SwissModel using the CH505 sequence and PDB 5UM8 as template, then converted to a map using UCSF Chimera's molmap function with 15 angstrom resolution and 4.02 angstrom gridspacing
詳細: The starting model was further low-pass filtered to 60 angstroms for use in 3D classification. Resulting 3D classification map was used for as starting model for final 3d refinements.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 11536
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 12484 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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