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- EMDB-24444: Mouse GITR (mGITR) with DTA-1 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24444
タイトルMouse GITR (mGITR) with DTA-1 Fab fragment
マップデータmGITR with DTA-1 Fab
試料
  • 複合体: mGITR with DTA-1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: DTA-1 (heavy chain)
    • タンパク質・ペプチド: DTA-1 (light chain)
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor activity / bioluminescence / positive regulation of cell adhesion / generation of precursor metabolites and energy / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor receptor 18 / Tumour necrosis factor receptor 18, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhanced green fluorescent protein / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Muromegalovirus G4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Meyerson JR / He C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Therapeutic antibody activation of the glucocorticoid-induced TNF receptor by a clustering mechanism.
著者: Changhao He / Rachana R Maniyar / Yahel Avraham / Roberta Zappasodi / Radda Rusinova / Walter Newman / Heidi Heath / Jedd D Wolchok / Rony Dahan / Taha Merghoub / Joel R Meyerson /
要旨: GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a ...GITR is a TNF receptor, and its activation promotes immune responses and drives antitumor activity. The receptor is activated by the GITR ligand (GITRL), which is believed to cluster receptors into a high-order array. Immunotherapeutic agonist antibodies also activate the receptor, but their mechanisms are not well characterized. We solved the structure of full-length mouse GITR bound to Fabs from the antibody DTA-1. The receptor is a dimer, and each subunit binds one Fab in an orientation suggesting that the antibody clusters receptors. Binding experiments with purified proteins show that DTA-1 IgG and GITRL both drive extensive clustering of GITR. Functional data reveal that DTA-1 and the anti-human GITR antibody TRX518 activate GITR in their IgG forms but not as Fabs. Thus, the divalent character of the IgG agonists confers an ability to mimic GITRL and cluster and activate GITR. These findings will inform the clinical development of this class of antibodies for immuno-oncology.
履歴
登録2021年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2022年3月9日-
現状2022年3月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rfp
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rfp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mGITR with DTA-1 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.34 / ムービー #1: 0.34
最小 - 最大-2.0556781 - 3.9750853
平均 (標準偏差)0.0005896952 (±0.04446873)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 420.86398 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.864420.864420.864
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-2.0563.9750.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mGITR with DTA-1 Fab

全体名称: mGITR with DTA-1 Fab
要素
  • 複合体: mGITR with DTA-1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: DTA-1 (heavy chain)
    • タンパク質・ペプチド: DTA-1 (light chain)

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超分子 #1: mGITR with DTA-1 Fab

超分子名称: mGITR with DTA-1 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced gre...

分子名称: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18,Enhanced green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Muromegalovirus G4 (ウイルス)
分子量理論値: 54.848238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGAWAMLYGV SMLCVLDLGQ PSVVEEPGCG PGKVQNGSGN NTRCCSLYAP GKEDCPKERC ICVTPEYHCG DPQCKICKHY PCQPGQRVE SQGDIVFGFR CVACAMGTFS AGRDGHCRLW TNCSQFGFLT MFPGNKTHNA VCIPEPLPTE QYGHLTVIFL V MAACIFFL ...文字列:
MGAWAMLYGV SMLCVLDLGQ PSVVEEPGCG PGKVQNGSGN NTRCCSLYAP GKEDCPKERC ICVTPEYHCG DPQCKICKHY PCQPGQRVE SQGDIVFGFR CVACAMGTFS AGRDGHCRLW TNCSQFGFLT MFPGNKTHNA VCIPEPLPTE QYGHLTVIFL V MAACIFFL TTVQLGLHIW QLRRQHMCPR ETQPFAEVQL SAEDACSFQF PEEERGEQTE EKCHLGGRWP AGLVPRGSAA AM VSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPDH MKQ HDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMADK QKNG IKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITLGMDE LYKSG LRHH HHHHHH

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分子 #2: DTA-1 (heavy chain)

分子名称: DTA-1 (heavy chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 51.014621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE LQLVESGGGL VQPGRSLKLS CSASGFIFSN SYMAWVRQAP KKGLEWVATI NPSGSRTYYP DSVKGRFTI SRDTAKSSLY LQMNSLKSED TATYYCARHD LSFDYWGQGV MVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE LQLVESGGGL VQPGRSLKLS CSASGFIFSN SYMAWVRQAP KKGLEWVATI NPSGSRTYYP DSVKGRFTI SRDTAKSSLY LQMNSLKSED TATYYCARHD LSFDYWGQGV MVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK THTCPPC PAPELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRV VSVLTV LHQDWLNGKE YKCKVSNKAL PAPIEKTISK AKGQPREPQV YTLPPSREEM TKNQVSLTCL VKGFYPSDIA VEWE SNGQP ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSPGK

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分子 #3: DTA-1 (light chain)

分子名称: DTA-1 (light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.320057 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ FTLTQPKSVS GSLRSTITIP CDRSSGGIRD SYVSWYQQHL GRPPLNVIYA DDQRPSEVSD RFSGSIDSS SNSASLTITN LQMDDEADYF CQSYDSDFDV YIFGGGTKLT VLGQRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ FTLTQPKSVS GSLRSTITIP CDRSSGGIRD SYVSWYQQHL GRPPLNVIYA DDQRPSEVSD RFSGSIDSS SNSASLTITN LQMDDEADYF CQSYDSDFDV YIFGGGTKLT VLGQRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 423425
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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