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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24418 | |||||||||
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タイトル | Microtubule subtomogram average of deconvolved particles, randomized starting azimuth and restricted angular search | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Croxford M / Villa E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Entropy-regularized deconvolution of cellular cryotransmission electron tomograms. 著者: Matthew Croxford / Michael Elbaum / Muthuvel Arigovindan / Zvi Kam / David Agard / Elizabeth Villa / John Sedat / 要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in contrast at different frequencies, as well as reduced Z resolution. Here, we applied entropy-regularized deconvolution (ER-DC) to cryo-ET data generated from transmission electron microscopy (TEM) and reconstructed using weighted back projection (WBP). We applied deconvolution to several in situ cryo-ET datasets and assessed the results by Fourier analysis and subtomogram analysis (STA). | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24418.map.gz | 775 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24418-v30.xml emd-24418.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24418_fsc.xml | 2.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24418.png | 37 KB | ||
その他 | emd_24418_half_map_1.map.gz emd_24418_half_map_2.map.gz | 780.1 KB 778.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24418 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24418_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24418_full_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24418_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24418_validation.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24418 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.984 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24418_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24418_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Microtubule
全体 | 名称: Microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1: Microtubule
超分子 | 名称: Microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Subtomogram average of a polymerized microtubule. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / 器官: Kidney |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 96.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |