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- EMDB-24259: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24259
タイトルState 3 of TcdB and FZD2 at pH5
マップデータState 3 of TcdB and FZD2 at pH5
試料
  • 複合体: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin B
キーワードTOXIN / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. ...TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Jiang M / Zhang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification
著者: Jiang M / Zhang J
履歴
登録2021年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n9q
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24259.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 299.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State 3 of TcdB and FZD2 at pH5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 428 pix.
= 453.958 Å		1.06 Å/pix.
x 428 pix.
= 453.958 Å		1.06 Å/pix.
x 428 pix.
= 453.958 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.0017093937 - 1.6529615
平均 (標準偏差)0.0007570362 (±0.019416988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ428428428
Spacing428428428
セルA=B=C: 453.9582 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06064953271031.06064953271031.0606495327103
M x/y/z428428428
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.958453.958453.958
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS428428428
D min/max/mean-0.0021.6530.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : State 3 of TcdB and FZD2 at pH5

全体名称: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5
要素
  • 複合体: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5
    • タンパク質・ペプチド: Toxin B

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超分子 #1: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5

超分子名称: State 3 of TcdB and FZD2 at pH5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Toxin B

分子名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 269.807219 KDa
組換発現生物種: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
配列文字列: SLVNRKQLEK MANVRFRTQE DEYVAILDAL EEYHNMSENT VVEKYLKLKD INSLTDIYID TYKKSGRNKA LKKFKEYLVT EVLELKNNN LTPVEKNLHF VWIGGQINDT AINYINQWKD VNSDYNVNVF YDSNAFLINT LKKTVVESAI NDTLESFREN L NDPRFDYN ...文字列:
SLVNRKQLEK MANVRFRTQE DEYVAILDAL EEYHNMSENT VVEKYLKLKD INSLTDIYID TYKKSGRNKA LKKFKEYLVT EVLELKNNN LTPVEKNLHF VWIGGQINDT AINYINQWKD VNSDYNVNVF YDSNAFLINT LKKTVVESAI NDTLESFREN L NDPRFDYN KFFRKRMEII YDKQKNFINY YKAQREENPE LIIDDIVKTY LSNEYSKEID ELNTYIEESL NKITQNSGND VR NFEEFKN GESFNLYEQE LVERWNLAAA SDILRISALK EIGGMYLDVD MLPGIQPDLF ESIEKPSSVT VDFWEMTKLE AIM KYKEYI PEYTSEHFDM LDEEVQSSFE SVLASKSDKS EIFSSLGDME ASPLEVKIAF NSKGIINQGL ISVKDSYCSN LIVK QIENR YKILNNSLNP AISEDNDFNT TTNTFIDSIM AEANADNGRF MMELGKYLRV GFFPDVKTTI NLSGPEAYAA AYQDL LMFK EGSMNIHLIE ADLRNFEISK TNISQSTEQE MASLWSFDDA RAKAQFEEYK RNYFEGSLGE DDNLDFSQNI VVDKEY LLE KISSLARSSE RGYIHYIVQL QGDKISYEAA CNLFAKTPYD SVLFQKNIED SEIAYYYNPG DGEIQEIDKY KIPSIIS DR PKIKLTFIGH GKDEFNTDIF AGFDVDSLST EIEAAIDLAK EDISPKSIEI NLLGCNMFSY SINVEETYPG KLLLKVKD K ISELMPSISQ DSIIVSANQY EVRINSEGRR ELLDHSGEWI NKEESIIKDI SSKEYISFNP KENKITVKSK NLPELSTLL QEIRNNSNSS DIELEEKVML TECEINVISN IDTQIVEERI EEAKNLTSDS INYIKDEFKL IESISDALCD LKQQNELEDS HFISFEDIS ETDEGFSIRF INKETGESIF VETEKTIFSE YANHITEEIS KIKGTIFDTV NGKLVKKVNL DTTHEVNTLN A AFFIQSLI EYNSSKESLS NLSVAMKVQV YAQLFSTGLN TITDAAKVVE LVSTALDETI DLLPTLSEGL PIIATIIDGV SL GAAIKEL SETSDPLLRQ EIEAKIGIMA VNLTTATTAI ITSSLGIASG FSILLVPLAG ISAGIPSLVN NELVLRDKAT KVV DYFKHV SLVETEGVFT LLDDKIMMPQ DDLVISEIDF NNNSIVLGKC EIWRMEGGSG HTVTDDIDHF FSAPSITYRE PHLS IYDVL EVQKEELDLS KDLMVLPNAP NRVFAWETGW TPGLRSLEND GTKLLDRIRD NYEGEFYWRY FAFIADALIT TLKPR YEDT NIRINLDSNT RSFIVPIITT EYIREKLSYS FYGSGGTYAL SLSQYNMGIN IELSESDVWI IDVDNVVRDV TIESDK IKK GDLIEGILST LSIEENKIIL NSHEINFSGE VNGSNGFVSL TFSILEGINA IIEVDLLSKS YKLLISGELK ILMLNSN HI QQKIDYIGFN SELQKNIPYS FVDSEGKENG FINGSTKEGL FVSELPDVVL ISKVYMDDSK PSFGYYSNNL KDVKVITK D NVNILTGYYL KDDIKISLSL TLQDEKTIKL NSVHLDESGV AEILKFMNRK GNTNTSDSLM SFLESMNIKS IFVNFLQSN IKFILDANFI ISGTTSIGQF EFICDENDNI QPYFIKFNTL ETNYTLYVGN RQNMIVEPNY DLDDSGDISS TVINFSQKYL YGIDSCVNK VVISPNIYTD EINITPVYET NNTYPEVIVL DANYINEKIN VNINDLSIRY VWSNDGNDFI LMSTSEENKV S QVKIRFVN VFKDKTLANK LSFNFSDKQD VPVSEIILSF TPSYYEDGLI GYDLGLVSLY NEKFYINNFG MMVSGLIYIN DS LYYFKPP VNNLITGFVT VGDDKYYFNP INGGAASIGE TIIDDKNYYF NQSGVLQTGV FSTEDGFKYF APANTLDENL EGE AIDFTG KLIIDENIYY FDDNYRGAVE WKELDGEMHY FSPETGKAFK GLNQIGDYKY YFNSDGVMQK GFVSINDNKH YFDD SGVMK VGYTEIDGKH FYFAENGEMQ IGVFNTEDGF KYFAHHNEDL GNEEGEEISY SGILNFNNKI YYFDDSFTAV VGWKD LEDG SKYYFDEDTA EAYIGLSLIN DGQYYFNDDG IMQVGFVTIN DKVFYFSDSG IIESGVQNID DNYFYIDDNG IVQIGV FDT SDGYKYFAPA NTVNDNIYGQ AVEYSGLVRV GEDVYYFGET YTIETGWIYD MENESDKYYF NPETKKACKG INLIDDI KY YFDEKGIMRT GLISFENNNY YFNENGEMQF GYINIEDKMF YFGEDGVMQI GVFNTPDGFK YFAHQNTLDE NFEGESIN Y TGWLDLDEKR YYFTDEYIAA TGSVIIDGEE YYFDPDTAQL VISE

UniProtKB: Toxin B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: model prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82942
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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