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万見
- EMDB-24252: Cryo-EM structure of MFSD2A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24252
タイトルCryo-EM structure of MFSD2A
マップデータ
試料
  • 複合体: membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
機能・相同性
機能・相同性情報


lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / Synthesis of PC / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / photoreceptor cell morphogenesis / fatty acid transmembrane transporter activity ...lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / Synthesis of PC / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / photoreceptor cell morphogenesis / fatty acid transmembrane transporter activity / lysophospholipid translocation / lysophospholipid:sodium symporter activity / lysophospholipid transport / photoreceptor cell outer segment organization / lipid transport across blood-brain barrier / very-low-density lipoprotein particle assembly / regulation of dendrite development / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / retinal pigment epithelium development / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / establishment of blood-brain barrier / symporter activity / transcytosis / motor behavior / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / maintenance of blood-brain barrier / carbohydrate transport / regulation of multicellular organism growth / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / energy homeostasis / cellular response to starvation / hippocampus development / brain development / cognition / positive regulation of cell growth / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lactose permease-like / MFS/sugar transport protein / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang J / Feng L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of blood-brain-barrier lipid transporter MFSD2A.
著者: Chase A P Wood / Jinru Zhang / Deniz Aydin / Yan Xu / Benjamin J Andreone / Urs H Langen / Ron O Dror / Chenghua Gu / Liang Feng /
要旨: MFSD2A is a sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter that is responsible for the uptake of docosahexaenoic acid into the brain, which is crucial for the development and performance of the ...MFSD2A is a sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter that is responsible for the uptake of docosahexaenoic acid into the brain, which is crucial for the development and performance of the brain. Mutations that affect MFSD2A cause microcephaly syndromes. The ability of MFSD2A to transport lipid is also a key mechanism that underlies its function as an inhibitor of transcytosis to regulate the blood-brain barrier. Thus, MFSD2A represents an attractive target for modulating the permeability of the blood-brain barrier for drug delivery. Here we report the cryo-electron microscopy structure of mouse MFSD2A. Our structure defines the architecture of this important transporter, reveals its unique extracellular domain and uncovers its substrate-binding cavity. The structure-together with our functional studies and molecular dynamics simulations-identifies a conserved sodium-binding site, reveals a potential lipid entry pathway and helps to rationalize MFSD2A mutations that underlie microcephaly syndromes. These results shed light on the critical lipid transport function of MFSD2A and provide a framework to aid in the design of specific modulators for therapeutic purposes.
履歴
登録2021年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 7.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n98
  • 表面レベル: 7.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7n98
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24252.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.86 Å/pix.
x 232 pix.
= 199.52 Å		0.86 Å/pix.
x 232 pix.
= 199.52 Å		0.86 Å/pix.
x 232 pix.
= 199.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.45 / ムービー #1: 7.45
最小 - 最大-20.16904 - 30.35422
平均 (標準偏差)4.674832e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 199.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z232232232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z199.520199.520199.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ232232232
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS232232232
D min/max/mean-20.16930.3540.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_24252_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_24252_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : membrane protein complex

全体名称: membrane protein complex
要素
  • 複合体: membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1

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超分子 #1: membrane protein complex

超分子名称: membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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分子 #1: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1

分子名称: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 59.038602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKGEGAESG SAAGLLPTSI LQASERPVQV KKEPKKKQQL SICNKLCYAV GGAPYQLTGC ALGFFLHIYL LDVAKVEPLP ASIILFVGR AWDAFTDPLV GFCISKSSWT RLGRLMPWII FSTPLAIIAY FLIWFVPDFP SGTESSHGFL WYLLFYCLFE T LVTCFHVP ...文字列:
MAKGEGAESG SAAGLLPTSI LQASERPVQV KKEPKKKQQL SICNKLCYAV GGAPYQLTGC ALGFFLHIYL LDVAKVEPLP ASIILFVGR AWDAFTDPLV GFCISKSSWT RLGRLMPWII FSTPLAIIAY FLIWFVPDFP SGTESSHGFL WYLLFYCLFE T LVTCFHVP YSALTMFIST EQSERDSATA YRMTVEVLGT VIGTAIQGQI VGQAKAPCLQ DQNGSVVVSE VANRTQSTAS LK DTQNAYL LAAGIIASIY VLCAFILILG VREQRELYES QQAESMPFFQ GLRLVMGHGP YVKLIAGFLF TSLAFMLVEG NFA LFCTYT LDFRNEFQNL LLAIMLSATF TIPIWQWFLT RFGKKTAVYI GISSAVPFLI LVALMERNLI VTYVVAVAAG VSVA AAFLL PWSMLPDVID DFHLKHPHSP GTEPIFFSFY VFFTKFASGV SLGVSTLSLD FANYQRQGCS QPEQVKFTLK MLVTM APII LILLGLLLFK LYPIDEEKRR QNKKALQALR EEASSSGCSD TDSTELASIL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90577
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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