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万見
- PDB-7n98: Cryo-EM structure of MFSD2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n98
タイトルCryo-EM structure of MFSD2A
要素Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / Synthesis of PC / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / photoreceptor cell morphogenesis / lysophospholipid translocation ...lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / Synthesis of PC / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / photoreceptor cell morphogenesis / lysophospholipid translocation / fatty acid transmembrane transporter activity / lysophospholipid:sodium symporter activity / lysophospholipid transport / photoreceptor cell outer segment organization / lipid transport across blood-brain barrier / very-low-density lipoprotein particle assembly / regulation of dendrite development / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / retinal pigment epithelium development / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / establishment of blood-brain barrier / symporter activity / transcytosis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / motor behavior / maintenance of blood-brain barrier / carbohydrate transport / regulation of multicellular organism growth / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / energy homeostasis / hippocampus development / cellular response to starvation / brain development / cognition / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of cell growth / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lactose permease-like / MFS/sugar transport protein / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Feng, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of blood-brain-barrier lipid transporter MFSD2A.
著者: Chase A P Wood / Jinru Zhang / Deniz Aydin / Yan Xu / Benjamin J Andreone / Urs H Langen / Ron O Dror / Chenghua Gu / Liang Feng /
要旨: MFSD2A is a sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter that is responsible for the uptake of docosahexaenoic acid into the brain, which is crucial for the development and performance of the ...MFSD2A is a sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter that is responsible for the uptake of docosahexaenoic acid into the brain, which is crucial for the development and performance of the brain. Mutations that affect MFSD2A cause microcephaly syndromes. The ability of MFSD2A to transport lipid is also a key mechanism that underlies its function as an inhibitor of transcytosis to regulate the blood-brain barrier. Thus, MFSD2A represents an attractive target for modulating the permeability of the blood-brain barrier for drug delivery. Here we report the cryo-electron microscopy structure of mouse MFSD2A. Our structure defines the architecture of this important transporter, reveals its unique extracellular domain and uncovers its substrate-binding cavity. The structure-together with our functional studies and molecular dynamics simulations-identifies a conserved sodium-binding site, reveals a potential lipid entry pathway and helps to rationalize MFSD2A mutations that underlie microcephaly syndromes. These results shed light on the critical lipid transport function of MFSD2A and provide a framework to aid in the design of specific modulators for therapeutic purposes.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24252
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0391
ポリマ－59,0391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24560 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1 / NLS1 / Sodium-dependent LPC symporter 1 / Major facilitator superfamily domain-containing protein 2A


分子量: 59038.602 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mfsd2a, Mfsd2, Nls1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9DA75
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: membrane protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90577 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0043725
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.685084
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.9502
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046598
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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