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万見
- EMDB-24209: Structure of nevanimibe bound human ACAT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24209
タイトルStructure of nevanimibe bound human ACAT2
マップデータStructure of nevanimibe bound human ACAT2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human ACAT2 with nevanimibe
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 2
  • リガンド: nevanimibe
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: OLEIC ACID
キーワードInhibitor / TRANSFERASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / fatty-acyl-CoA binding / low-density lipoprotein particle clearance / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / fatty-acyl-CoA binding / low-density lipoprotein particle clearance / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / cholesterol efflux / acyltransferase activity / cholesterol binding / brush border / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol O-acyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Li X / Long T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Molecular structures of human ACAT2 disclose mechanism for selective inhibition.
著者: Tao Long / Yang Liu / Xiaochun Li /
要旨: Endoplasmic reticulum-localized acyl-CoA:cholesterol acyltransferases (ACAT), including ACAT1 and ACAT2, convert cholesterol to cholesteryl esters that become incorporated into lipoproteins or stored ...Endoplasmic reticulum-localized acyl-CoA:cholesterol acyltransferases (ACAT), including ACAT1 and ACAT2, convert cholesterol to cholesteryl esters that become incorporated into lipoproteins or stored in cytosolic lipid droplets. Selective inhibition of ACAT2 has been shown to considerably attenuate hypercholesterolemia and atherosclerosis in mice. Here, we report cryogenic electron microscopy structures of human ACAT2 bound to its specific inhibitor pyripyropene A or the general ACAT inhibitor nevanimibe. Structural analysis reveals that ACAT2 has a topology in membranes similar to that of ACAT1. A catalytic core with an entry site occupied by a cholesterol molecule and another site for allosteric activation of ACAT2 is observed in these structures. Enzymatic assays show that mutations within sites of cholesterol entry or allosteric activation attenuate ACAT2 activity in vitro. Together, these results reveal mechanisms for ACAT2-mediated esterification of cholesterol, providing a blueprint to design new ACAT2 inhibitors for use in the prevention of cardiovascular disease.
履歴
登録2021年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n6r
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24209.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of nevanimibe bound human ACAT2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 274.89 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 274.89 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 274.89 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-27.171768 - 40.061194999999998
平均 (標準偏差)0.00465659 (±1.0150539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 274.89 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.890274.890274.890
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-27.17240.0610.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human ACAT2 with nevanimibe

全体名称: human ACAT2 with nevanimibe
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human ACAT2 with nevanimibe
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 2
  • リガンド: nevanimibe
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: OLEIC ACID

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超分子 #1: human ACAT2 with nevanimibe

超分子名称: human ACAT2 with nevanimibe / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sterol O-acyltransferase 2

分子名称: Sterol O-acyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sterol O-acyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.893 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKE PGGARLRLQR TGGLGGERER QPCGDGNTET HRAPDLVQWT RHMEAVKAQL LEQAQGQLRE LLDRAMREAI QSYPSQDKP LPPPPPGSLS RTQEPSLGKQ KVFIIRKSLL DELMEVQHFR TIYHMFIAGL CVFIISTLAI DFIDEGRLLL E FDLLIFSF ...文字列:
MDYKDDDDKE PGGARLRLQR TGGLGGERER QPCGDGNTET HRAPDLVQWT RHMEAVKAQL LEQAQGQLRE LLDRAMREAI QSYPSQDKP LPPPPPGSLS RTQEPSLGKQ KVFIIRKSLL DELMEVQHFR TIYHMFIAGL CVFIISTLAI DFIDEGRLLL E FDLLIFSF GQLPLALVTW VPMFLSTLLA PYQALRLWAR GTWTQATGLG CALLAAHAVV LCALPVHVAV EHQLPPASRC VL VFEQVRF LMKSYSFLRE AVPGILRARR GEGIQAPSFS SYLYFLFCPT LIYRETYPRT PYVRWNYVAK NFAQALGCVL YAC FILGRL CVPVFANMSR EPFSTRALVL SILHATLPGI FMLLLIFFAF LHCWLNAFAE MLRFGDRMFY RDWWNSTSFS NYYR TWNVV VHDWLYSYVY QDGLRLLGAR ARGVAMLGVF LVSAVAHEYI FCFVLGFFYP VMLILFLVIG GMLNFMMHDQ RTGPA WNVL MWTMLFLGQG IQVSLYCQEW YARRHCPLPQ ATFWGLVTPR SWSCHT

UniProtKB: Sterol O-acyltransferase 2

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分子 #2: nevanimibe

分子名称: nevanimibe / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ROV
分子量理論値: 421.618 Da
Chemical component information

ChemComp-ROV:
nevanimibe

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #4: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210603
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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