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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24188 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 Protomer in 'Down' conformation in GDN | |||||||||||||||
マップデータ | Focused map of 'Down' protomer of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 in GDN | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | mechanically activated ion channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Dionaea muscipula (ハエジゴク) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jojoa-Cruz S / Saotome K / Lee WH / Patapoutian A / Ward AB | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the Venus flytrap mechanosensitive ion channel Flycatcher1. 著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Kei Saotome / Che Chun Alex Tsui / Wen-Hsin Lee / Mark S P Sansom / Swetha E Murthy / Ardem Patapoutian / Andrew B Ward / 要旨: Flycatcher1 (FLYC1), a MscS homolog, has recently been identified as a candidate mechanosensitive (MS) ion channel involved in Venus flytrap prey recognition. FLYC1 is a larger protein and its ...Flycatcher1 (FLYC1), a MscS homolog, has recently been identified as a candidate mechanosensitive (MS) ion channel involved in Venus flytrap prey recognition. FLYC1 is a larger protein and its sequence diverges from previously studied MscS homologs, suggesting it has unique structural features that contribute to its function. Here, we characterize FLYC1 by cryo-electron microscopy, molecular dynamics simulations, and electrophysiology. Akin to bacterial MscS and plant MSL1 channels, we find that FLYC1 central core includes side portals in the cytoplasmic cage that regulate ion preference and conduction, by identifying critical residues that modulate channel conductance. Topologically unique cytoplasmic flanking regions can adopt 'up' or 'down' conformations, making the channel asymmetric. Disruption of an up conformation-specific interaction severely delays channel deactivation by 40-fold likely due to stabilization of the channel open state. Our results illustrate novel structural features and likely conformational transitions that regulate mechano-gating of FLYC1. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24188.map.gz | 74.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24188-v30.xml emd-24188.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24188_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24188.png | 103.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24188.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_24188_half_map_1.map.gz emd_24188_half_map_2.map.gz | 65.3 MB 65.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24188 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24188 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24188_validation.pdf.gz | 762.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24188_full_validation.pdf.gz | 761.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24188_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24188_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24188 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24188 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7n5fMC 7n5dC 7n5eC 7n5gC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10740 (タイトル: Cryo-EM of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 in GDN Data size: 5.7 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of FLYC1 in GDN, dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrographs of FLYC1 in GDN, dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: Gain references for dataset 1 and dataset 2 [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused map of 'Down' protomer of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 in GDN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_24188_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_24188_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FLYC1
全体 | 名称: FLYC1 |
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要素 |
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-超分子 #1: FLYC1
超分子 | 名称: FLYC1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Dionaea muscipula (ハエジゴク) / 器官: Trap / 組織: Trigger hair |
分子量 | 理論値: 607 KDa |
-分子 #1: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
分子 | 名称: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dionaea muscipula (ハエジゴク) / 器官: Trap / 組織: Trigger hair |
分子量 | 理論値: 86.814523 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGSYLHEPPG DEPSMRIEQP KTADRAPEQV AIHICEPSKV VTESFPFSET AEPEAKSKNC PCPEIARIGP CPNKPPKIPI NRGLSRIST NKSRPKSRFG EPSWPVESSL DLTSQSPVSP YREEAFSVEN CGTAGSRRGS FARGTTSRAA SSSRKDETKE G PDEKEVYQ ...文字列: MGSYLHEPPG DEPSMRIEQP KTADRAPEQV AIHICEPSKV VTESFPFSET AEPEAKSKNC PCPEIARIGP CPNKPPKIPI NRGLSRIST NKSRPKSRFG EPSWPVESSL DLTSQSPVSP YREEAFSVEN CGTAGSRRGS FARGTTSRAA SSSRKDETKE G PDEKEVYQ RVTAQLSARN QKRMTVKLMI ELSVFLCLLG CLVCSLTVDG FKRYTVIGLD IWKWFLLLLV IFSGMLITHW IV HVAVFFV EWKFLMRKNV LYFTHGLKTS VEVFIWITVV LATWVMLIKP DVNQPHQTRK ILEFVTWTIV TVLIGAFLWL VKT TLLKIL ASSFHLNRFF DRIQESVFHH SVLQTLAGRP VVELAQGISR TESQDGAGQV SFMEHTKTQN KKVVDVGKLH QMKQ EKVPA WTMQLLVDVV SNSGLSTMSG MLDEDMVEGG VELDDDEITN EEQAIATAVR IFDNIVQDKV DQSYIDRVDL HRFLI WEEV DHLFPLFEVN EKGQISLKAF AKWVVKVYND QAALKHALND NKTAVKQLNK LVTAILIVMM IVIWLIVTGI ATTKLI VLL SSQLVVAAFI FGNTCKTIFE AIIFVFVMHP FDVGDRCVID GNKMLVEEMN ILTTVFLKWD KEKVYYPNSI LCTKAIG NF FRSPDQGDVL EFSVDFTTPV LKIGDLKDRI KMYLEQNLNF WHPQHNMVVK EIENVNKIKM ALFVNHTINF QDFAEKNR R RSELVLELKK IFEELDIKYN LLPQEISIRN MGSGSLEVLF Q |
-分子 #2: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7n5f: |