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万見
- EMDB-24116: CryoEM structure of Venezuelan equine encephalitis virus VLP in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24116
タイトルCryoEM structure of Venezuelan equine encephalitis virus VLP in complex with the LDLRAD3 receptor
マップデータSharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of LDLRAD3 receptor
試料
  • 複合体: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of the LDLRAD3 receptor
    • 複合体: Venezuelan equine encephalitis VLP
      • タンパク質・ペプチド: E1 envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid
    • 細胞器官・細胞要素: LDLRAD3 receptor domain 1
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...regulation of protein processing / T=4 icosahedral viral capsid / receptor-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...: / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Basore K / Nelson CA / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of Venezuelan equine encephalitis virus in complex with the LDLRAD3 receptor.
著者: Katherine Basore / Hongming Ma / Natasha M Kafai / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
要旨: LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present ...LDLRAD3 is a recently defined attachment and entry receptor for Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), a New World alphavirus that causes severe neurological disease in humans. Here we present near-atomic-resolution cryo-electron microscopy reconstructions of VEEV virus-like particles alone and in a complex with the ectodomains of LDLRAD3. Domain 1 of LDLRAD3 is a low-density lipoprotein receptor type-A module that binds to VEEV by wedging into a cleft created by two adjacent E2-E1 heterodimers in one trimeric spike, and engages domains A and B of E2 and the fusion loop in E1. Atomic modelling of this interface is supported by mutagenesis and anti-VEEV antibody binding competition assays. Notably, VEEV engages LDLRAD3 in a manner that is similar to the way that arthritogenic alphaviruses bind to the structurally unrelated MXRA8 receptor, but with a much smaller interface. These studies further elucidate the structural basis of alphavirus-receptor interactions, which could inform the development of therapies to mitigate infection and disease against multiple members of this family.
履歴
登録2021年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年11月10日-
現状2021年11月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n1h
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7n1h
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24116.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of LDLRAD3 receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 700 pix.
= 770. Å		1.1 Å/pix.
x 700 pix.
= 770. Å		1.1 Å/pix.
x 700 pix.
= 770. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.01069855 - 2.1788745
平均 (標準偏差)0.011070774 (±0.07157769)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-349-349-349
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 770.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z700700700
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z770.000770.000770.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-349-349-349
NC/NR/NS700700700
D min/max/mean-0.0112.1790.011

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis...

ファイルemd_24116_additional_1.map
注釈Unsharpened electron microscopy map of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of LDLRAD3 receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half map #1 of Venezuelan equine encephalitis...

ファイルemd_24116_half_map_1.map
注釈Unsharpened half map #1 of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of LDLRAD3 receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half map #2 of Venezuelan equine encephalitis...

ファイルemd_24116_half_map_2.map
注釈Unsharpened half map #2 of Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of LDLRAD3 receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of th...

全体名称: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of the LDLRAD3 receptor
要素
  • 複合体: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of the LDLRAD3 receptor
    • 複合体: Venezuelan equine encephalitis VLP
      • タンパク質・ペプチド: E1 envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 envelope glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid
    • 細胞器官・細胞要素: LDLRAD3 receptor domain 1
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of th...

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis VLP in complex with domain 1 of the LDLRAD3 receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
株: TC-83
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #3: Venezuelan equine encephalitis VLP

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis VLP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
詳細: Virus like particle produce in HEK293F cells by recombinant expression of structural proteins.
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
株: TC-83
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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超分子 #2: LDLRAD3 receptor domain 1

超分子名称: LDLRAD3 receptor domain 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Receptor fragment produced asserted Fc fusion in Expi293F cells and released by HRV 3C Cleavage.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293F

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分子 #1: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3

分子名称: Low-density lipoprotein receptor class A domain-containing protein 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 4.312861 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ECNIPGNFMC SNGRCIPGAW QCDGLPDCFD KSDEKECPK

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分子 #2: E1 envelope glycoprotein

分子名称: E1 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 47.952066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST ...文字列:
YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST AWTPFDRKIV QYAGEIYNYD FPEYGAGQPG AFGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GF EQWKKDK APSLKFTAPF GCEIYTNPIR AENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKY SASKSG KCAVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IVTHPQYHAQ TFTA AVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQKHN

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分子 #3: E2 envelope glycoprotein

分子名称: E2 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 47.113746 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH ...文字列:
STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH LPGSEVDSSL VSLSGSSVTV TPPDGTSALV ECECGGTKIS ETINKTKQFS QCTKKEQCRA YRLQNDKWVY NS DKLPKAA GATLKGKLHV PFLLADGKCT VPLAPEPMIT FGFRSVSLKL HPKNPTYLIT RQLADEPHYT HELISEPAVR NFT VTEKGW EFVWGNHPPK RFWAQETAPG NPHGLPHEVI THYYHRYPMS TILGLSICAA IATVSVAAST WLFCRSRVAC LTPY RLTPN ARIPFCLAVL CCARTARA

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分子 #4: Capsid

分子名称: Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 18.19584 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KRQRMVMKLE SDKTFPIMLE GKINGYACVV GGKLFRPMHV EGKIDNDVLA ALKTKKASKY DLEYADVPQN MRADTFKYTH EKPQGYYSW HHGAVQYENG RFTVPKGVGA KGDSGRPILD NQGRVVAIVL GGVNEGSRTA LSVVMWNEKG VTVKYTPENC E QW

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3j0c

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 12216
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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