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万見
- EMDB-2410: Hsc70-induced Changes in Clathrin-Auxilin Cage Structure Suggest ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2410
タイトルHsc70-induced Changes in Clathrin-Auxilin Cage Structure Suggest a Role for Clathrin Light Chains in Cage Disassembly
マップデータClathrin-auxilin-hsc70 complex
試料
  • 試料: Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: auxilin401-910
キーワードEndocytosis / coated vesicles / clathrin / hsc70 / auxilin
生物種Rattus (ネズミ) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Young A / Stoilova-McPhie S / Rothnie A / Vallis Y / Harvey-Smith P / Ranson N / Kent H / Brodsky FM / Pearse BM / Roseman A / Smith CJ
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2013
タイトル: Hsc70-induced changes in clathrin-auxilin cage structure suggest a role for clathrin light chains in cage disassembly.
著者: Anna Young / Svetla Stoilova-McPhie / Alice Rothnie / Yvonne Vallis / Phillip Harvey-Smith / Neil Ranson / Helen Kent / Frances M Brodsky / Barbara M F Pearse / Alan Roseman / Corinne J Smith /
要旨: The molecular chaperone, Hsc70, together with its co-factor, auxilin, facilitates the ATP-dependent removal of clathrin during clathrin-mediated endocytosis in cells. We have used cryo-electron ...The molecular chaperone, Hsc70, together with its co-factor, auxilin, facilitates the ATP-dependent removal of clathrin during clathrin-mediated endocytosis in cells. We have used cryo-electron microscopy to determine the 3D structure of a complex of clathrin, auxilin(401-910) and Hsc70 at pH 6 in the presence of ATP, frozen within 20 seconds of adding Hsc70 in order to visualize events that follow the binding of Hsc70 to clathrin and auxilin before clathrin disassembly. In this map, we observe density beneath the vertex of the cage that we attribute to bound Hsc70. This density emerges asymmetrically from the clathrin vertex, suggesting preferential binding by Hsc70 for one of the three possible sites at the vertex. Statistical comparison with a map of whole auxilin and clathrin previously published by us reveals the location of statistically significant differences which implicate involvement of clathrin light chains in structural rearrangements which occur after Hsc70 is recruited. Clathrin disassembly assays using light scattering suggest that loss of clathrin light chains reduces the efficiency with which auxilin facilitates this reaction. These data support a regulatory role for clathrin light chains in clathrin disassembly in addition to their established role in regulating clathrin assembly.
履歴
登録2013年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月10日-
マップ公開2013年7月10日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2410.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Clathrin-auxilin-hsc70 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 29.0 / ムービー #1: 29
最小 - 最大-49.826423650000002 - 111.215446470000003
平均 (標準偏差)0.0 (±5.78422499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1638.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.46.46.4
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1638.4001638.4001638.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-49.826111.2150.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70

全体名称: Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70
要素
  • 試料: Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: Hsc70
  • タンパク質・ペプチド: auxilin401-910

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超分子 #1000: Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70

超分子名称: Clathrin, auxilin (residues 401-910) and Hsc70 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Not experimentally determined / Number unique components: 3

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分子 #1: Hsc70

分子名称: Hsc70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ) / 別称: Rat

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分子 #2: auxilin401-910

分子名称: auxilin401-910 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: 20mM MES, 2mM magnesium acetate, 25mM KCl, 10mM (NH4)2SO4, 1.8mM Hepes, 18mM NaCl, 1mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grids, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
Timed resolved state: Vitrified rapidly following addition of Hsc70-ATP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2011
日付2004年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Whole micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, SPIDER, FREALIGN
詳細: The EM map has been sharpened to match a Fourier amplitude profile derived from a model of the hexagonal barrel (the biological unit) created from the crystal structure atomic model pdb ...詳細: The EM map has been sharpened to match a Fourier amplitude profile derived from a model of the hexagonal barrel (the biological unit) created from the crystal structure atomic model pdb id1XI5. Fourier filtered to 30 Angstroms.
使用した粒子像数: 1051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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