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- EMDB-24072: Ab1245 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 and 8ANC195 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24072
タイトルAb1245 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 and 8ANC195 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bound to BG505 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 8ANC195 G52K5 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab light chain
    • 複合体: Ab1245 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Ab1245 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Ab1245 Fab light chain
    • 複合体: BG505 SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / non-neutralizing / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Abernathy ME / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCAVD INV-002143 米国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2021
タイトル: Antibody elicited by HIV-1 immunogen vaccination in macaques displaces Env fusion peptide and destroys a neutralizing epitope.
著者: Morgan E Abernathy / Harry B Gristick / Jost Vielmetter / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Amelia Escolano / Rajeev Gautam / Michael S Seaman / Malcolm A Martin / ...著者: Morgan E Abernathy / Harry B Gristick / Jost Vielmetter / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Amelia Escolano / Rajeev Gautam / Michael S Seaman / Malcolm A Martin / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: HIV-1 vaccine design aims to develop an immunogen that elicits broadly neutralizing antibodies against a desired epitope, while eliminating responses to off-target regions of HIV-1 Env. We report ...HIV-1 vaccine design aims to develop an immunogen that elicits broadly neutralizing antibodies against a desired epitope, while eliminating responses to off-target regions of HIV-1 Env. We report characterization of Ab1245, an off-target antibody against the Env gp120-gp41 interface, from V3-glycan patch immunogen-primed and boosted macaques. A 3.7 Å cryo-EM structure of an Ab1245-Env complex reveals one Ab1245 Fab binding asymmetrically to Env trimer at the gp120-gp41 interface using its long CDRH3 to mimic regions of gp41. The mimicry includes positioning of a CDRH3 methionine into the gp41 tryptophan clasp, resulting in displacement of the fusion peptide and fusion peptide-proximal region. Despite fusion peptide displacement, Ab1245 is non-neutralizing even at high concentrations, raising the possibility that only two fusion peptides per trimer are required for viral-host membrane fusion. These structural analyses facilitate immunogen design to prevent elicitation of Ab1245-like antibodies that block neutralizing antibodies against the fusion peptide.
履歴
登録2021年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月27日-
マップ公開2021年10月27日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mxe
  • 表面レベル: 0.0154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mxe
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0154 / ムービー #1: 0.0154
最小 - 最大-0.06302578 - 0.107740745
平均 (標準偏差)0.00025866996 (±0.0043946602)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 290.7744 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.865398809523810.865398809523810.86539880952381
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z290.774290.774290.774
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-0.0630.1080.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24072_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: blurred map

ファイルemd_24072_additional_1.map
注釈blurred map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_24072_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_24072_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bou...

全体名称: Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bound to BG505 SOSIP.664 trimer
要素
  • 複合体: Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bound to BG505 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 8ANC195 G52K5 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab light chain
    • 複合体: Ab1245 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Ab1245 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Ab1245 Fab light chain
    • 複合体: BG505 SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bou...

超分子名称: Complex of NHP-isolated Ab1245 Fab and bNAb 8ANC195 G52K5 Fab bound to BG505 SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 500 KDa

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超分子 #2: 8ANC195 G52K5 Fab

超分子名称: 8ANC195 G52K5 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Ab1245 Fab

超分子名称: Ab1245 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

+
超分子 #4: BG505 SOSIP.664 trimer

超分子名称: BG505 SOSIP.664 trimer / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain

分子名称: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.153283 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKT HH HHHH

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分子 #2: 8ANC195 G52K5 Fab light chain

分子名称: 8ANC195 G52K5 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.460047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41

分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #4: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120

分子名称: Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.864086 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ...文字列:
NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MI RSENITN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQAFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHF GNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAM YAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STNSTTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR RRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #5: Ab1245 Fab heavy chain

分子名称: Ab1245 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 28.154803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLQQSGPGL VKPSETLSLT CTVSGGSISE SYYWKWIRQP PGKGLEWVGR IYGSGVSTSY NPSLESRVT ISKDTSKNHF SLKLTSVTAA DTAVYYCARS YVRAETLMFA SLGGPYNRFD VWGAGVLVTV SSASTKGPSV F PLAPSSKS ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLQQSGPGL VKPSETLSLT CTVSGGSISE SYYWKWIRQP PGKGLEWVGR IYGSGVSTSY NPSLESRVT ISKDTSKNHF SLKLTSVTAA DTAVYYCARS YVRAETLMFA SLGGPYNRFD VWGAGVLVTV SSASTKGPSV F PLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNS(UNK)ALT SGVHTFPAVL QSS(UNK)LYSLSS VVTVPSSSLG TQTY ICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKT HHHHHH

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分子 #6: Ab1245 Fab light chain

分子名称: Ab1245 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 25.306172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGSWAQ SALTQPSSAS ASLGASVTLT CTLSSGYSNS AVDWHQQRPG KGPQFVMRVG TGGIVGSKGD GIPDRFSGS GSGLNRYLII KNIQEEDESD YHCGADHGTG SAFVYVFGGG TKLTVLGQPK ASPLVTLFPP SSEELQANKA T LVCLISDF ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGSWAQ SALTQPSSAS ASLGASVTLT CTLSSGYSNS AVDWHQQRPG KGPQFVMRVG TGGIVGSKGD GIPDRFSGS GSGLNRYLII KNIQEEDESD YHCGADHGTG SAFVYVFGGG TKLTVLGQPK ASPLVTLFPP SSEELQANKA T LVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTPEQWKSHR SYSCQVTHEG STVEKTVAPT EC S

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分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 23 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added.
詳細Ab1245 was incubated with BG505 SOSIP at room temperature for 3 hours, after which 8ANC195 Fab was added and the complex was incubated overnight at RT before SEC purification and concentration to 4.7 mg/mL.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2307 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 421388
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 172731
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5cjx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6nc3

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6nc3

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7mxe:
Ab1245 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 and 8ANC195 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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