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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23911 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reveals partially and fully assembled native glycine receptors,homomeric tetramer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / taurine binding / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of acrosome reaction / 先体反応 / neuromuscular process controlling posture / inhibitory synapse / righting reflex / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / extracellularly glycine-gated chloride channel activity ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / taurine binding / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of acrosome reaction / 先体反応 / neuromuscular process controlling posture / inhibitory synapse / righting reflex / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / glycinergic synapse / inhibitory postsynaptic potential / cellular response to ethanol / adult walking behavior / cellular response to zinc ion / glycine binding / startle response / chloride channel complex / neuropeptide signaling pathway / neuronal action potential / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / 視覚 / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / muscle contraction / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Pig (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu H / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Architecture and assembly mechanism of native glycine receptors. 著者: Hongtao Zhu / Eric Gouaux / 要旨: Glycine receptors (GlyRs) are pentameric, 'Cys-loop' receptors that form chloride-permeable channels and mediate fast inhibitory signalling throughout the central nervous system. In the spinal cord ...Glycine receptors (GlyRs) are pentameric, 'Cys-loop' receptors that form chloride-permeable channels and mediate fast inhibitory signalling throughout the central nervous system. In the spinal cord and brainstem, GlyRs regulate locomotion and cause movement disorders when mutated. However, the stoichiometry of native GlyRs and the mechanism by which they are assembled remain unclear, despite extensive investigation. Here we report cryo-electron microscopy structures of native GlyRs from pig spinal cord and brainstem, revealing structural insights into heteromeric receptors and their predominant subunit stoichiometry of 4α:1β. Within the heteromeric pentamer, the β(+)-α(-) interface adopts a structure that is distinct from the α(+)-α(-) and α(+)-β(-) interfaces. Furthermore, the β-subunit contains a unique phenylalanine residue that resides within the pore and disrupts the canonical picrotoxin site. These results explain why inclusion of the β-subunit breaks receptor symmetry and alters ion channel pharmacology. We also find incomplete receptor complexes and, by elucidating their structures, reveal the architectures of partially assembled α-trimers and α-tetramers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23911.map.gz | 121.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23911-v30.xml emd-23911.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23911.png | 169.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23911 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Native homomeric glycine receptor tetramer bound with 3D1 fab
全体 | 名称: Native homomeric glycine receptor tetramer bound with 3D1 fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Native homomeric glycine receptor tetramer bound with 3D1 fab
超分子 | 名称: Native homomeric glycine receptor tetramer bound with 3D1 fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 実験値: 400 KDa |
-超分子 #2: Native homomeric glycine receptor tetramer
超分子 | 名称: Native homomeric glycine receptor tetramer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-超分子 #3: 3D1 fab
超分子 | 名称: 3D1 fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: 3D1 Fab Light Chain
分子 | 名称: 3D1 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.743124 KDa |
組換発現 | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
配列 | 文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVS TAVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPG RFTGSGSGTD YTLTISSVQA EDLSLYYCQ QHYSTPRTFG GGTKLEIK |
-分子 #2: 3D1 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 3D1 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.983512 KDa |
組換発現 | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLQQSGAE LMKPGAAVKI SCKATGHTIS RYWIDWLKQR PGHGLEWIGE ILPGSGSTNY NEKFKGKATF TAEKSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCAMG VRGNYFDYWG QGTTLTVSS |
-分子 #3: Glycine receptor alpha 1
分子 | 名称: Glycine receptor alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pig (ブタ) |
分子量 | 理論値: 52.64475 KDa |
配列 | 文字列: MYRFNTLRLY LWETIVFFSL AASKEAEAAR SASKPMSPSD FLDKLMGRTS GYDARIRPNF KGPPVNVSCN IFINSFGSIA ETTMDYRVN IFLRQQWNDP RLAYNEYPDD SLDLDPSMLD SIWKPDLFFA NEKGAHFHEI TTDNKLLRIS RNGNVLYSIR I TLTLACPM ...文字列: MYRFNTLRLY LWETIVFFSL AASKEAEAAR SASKPMSPSD FLDKLMGRTS GYDARIRPNF KGPPVNVSCN IFINSFGSIA ETTMDYRVN IFLRQQWNDP RLAYNEYPDD SLDLDPSMLD SIWKPDLFFA NEKGAHFHEI TTDNKLLRIS RNGNVLYSIR I TLTLACPM DLKNFPMDVQ TCIMQLESFG YTMNDLIFEW QEQGAVQVAD GLTLPQFILK EEKDLRYCTK HYNTGKFTCI EA RFHLERQ MGYYLIQMYI PSLLIVILSW ISFWINMDAA PARVGLGITT VLTMTTQSSG SRASLPKVSY VKAIDIWMAV CLL FVFSAL LEYAAVNFVS RQHKELLRFR RKRRHHKSPM LNLFQEDEAG EGRFNFSAYG MGPACLQAKD GISVKGANNT TTNP PPAPS KSPEEMRKLF IQRAKKIDKI SRIGFPMAFL IFNMFYWIIY KIVRREDVHN Q |
-分子 #7: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-分子 #8: beta-D-mannopyranose
分子 | 名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: BMA |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-BMA: |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 28.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 129772 |