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- EMDB-23846: Signal subtracted reconstruction of the AAA1 domain of dynein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23846
タイトルSignal subtracted reconstruction of the AAA1 domain of dynein in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Map 3
マップデータ
試料
  • 複合体: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound
    • タンパク質・ペプチド: Dynein
キーワードAAA ATPase / ATPase inhibitor / Motor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / viral release from host cell by cytolysis / Neutrophil degranulation / peptidoglycan catabolic process / mitotic spindle organization / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cell cortex / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 ...: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Santarossa CC / Coudray N / Urnavicius L / Ekiert DC / Bhabha G / Kapoor TM
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM98579 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM130234-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDFS-20-16 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Targeting allostery in the Dynein motor domain with small molecule inhibitors.
著者: Cristina C Santarossa / Keith J Mickolajczyk / Jonathan B Steinman / Linas Urnavicius / Nan Chen / Yasuhiro Hirata / Yoshiyuki Fukase / Nicolas Coudray / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Tarun M Kapoor /
要旨: Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, ...Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, four distinct nucleotide-binding sites, and conformational dynamics pose challenges for the design of potent and selective chemical inhibitors. Here we use structural approaches to develop a model for the inhibition of a well-characterized S. cerevisiae dynein construct by pyrazolo-pyrimidinone-based compounds. These data, along with functional assays of dynein motility and mutagenesis studies, suggest that the compounds inhibit dynein by engaging the regulatory ATPase sites in the AAA3 and AAA4 domains, and not by interacting with dynein's main catalytic site in the AAA1 domain. A double Walker B mutation of the AAA3 and AAA4 sites substantially reduces enzyme activity, suggesting that targeting these regulatory domains is sufficient to inhibit dynein. Our findings reveal how chemical inhibitors can be designed to disrupt allosteric communication across dynein's AAA domains.
履歴
登録2021年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月26日-
マップ公開2021年5月26日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.52 Å/pix.
x 368 pix.
= 190.624 Å		0.52 Å/pix.
x 368 pix.
= 190.624 Å		0.52 Å/pix.
x 368 pix.
= 190.624 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.518 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.007295873 - 0.012461186
平均 (標準偏差)0.0000038187586 (±0.00067209266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 190.62401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.5180.5180.518
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.624190.624190.624
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.0070.0120.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_23846_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_23846_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-ba...

全体名称: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound
要素
  • 複合体: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound
    • タンパク質・ペプチド: Dynein

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超分子 #1: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-ba...

超分子名称: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Dynein

分子名称: Dynein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GEFVIEKSLN RIKKFWKEAQ YEVIEHSSGL KLVREWDVLE QACKEDLEEL VSMKASNYYK IFEQDCLDLE SKLTKLSEIQ VNWVEVQFY WLDLYGILGE NLDIQNFLPL ETSKFKSLTS EYKMITTRAF QLDTTIEVIH IPNFDTTLKL TIDSLKMIKS S LSTFLERQ ...文字列:
GEFVIEKSLN RIKKFWKEAQ YEVIEHSSGL KLVREWDVLE QACKEDLEEL VSMKASNYYK IFEQDCLDLE SKLTKLSEIQ VNWVEVQFY WLDLYGILGE NLDIQNFLPL ETSKFKSLTS EYKMITTRAF QLDTTIEVIH IPNFDTTLKL TIDSLKMIKS S LSTFLERQ RRQFPRFYFL GNDDLLKIIG SGKHHDQVSK FMKKMFGSIE SIIFLEDFIT GVRSVEGEVL NLNEKIELKD SI QAQEWLN ILDTEIKLSV FTQFRDCLGQ LKDGTDIEVV VSKYIFQAIL LSAQVMWTEL VEKCLQTNQF SKYWKEVDMK IKG LLDKLN KSSDNVKKKI EALLVEYLHF NNVIGQLKNC STKEEARLLW AKVQKFYQKN DTLDDLNSVF ISQSGYLLQY KFEY IGIPE RLIYTPLLLI GFATLTDSLH QKYGGCFFGP AGTGKTETVK AFGQNLGRVV VVFNCDDSFD YQVLSRLLVG ITQIG AWGC FDQFNRLDEK VLSAVSANIQ QIQNGLQVGK SHITLLEEET PLSPHTAVFI TLNPGYNGRS ELPENLKKSF REFSMK SPQ SGTIAEMILQ IMGFEDSKSL ASKIVHFLEL LSSKCSSMNH YHFGLRTLKG VLRNCSPLIS EFGEGEKTVV ESLKRVI LP SLGDTDELVF KDELSKIFDS AGTPLNSKAI VQCLKDAGQR SGFSMSEEFL KKCMQFYYMQ KTQQALILVG KAGCGKTA T WKTVIDAMAI FDGHANVVYV IDTKVLTKES LYGSMLKATL EWRDGLFTSI LRRVNDDITG TFKNSRIWVV FDSDLDPEY VEAMNSVLDD NKILTLPNGE RLPIPPNFRI LFETDNLDHT TPATITRCGL LWFSTDVCSI SSKIDHLLNK SYEALDNKLS MFELDKLKD LISDSFDMAS LTNIFTCSND LVHILGVRTF NKLETAVQLA VHLISSYRQW FQNLDDKSLK DVITLLIKRS L LYALAGDS TGESQRAFIQ TINTYFGHDS QELSDYSTIV IANDKLSFSS FCSEIPSVSL EAHEVMRPDI VIPTIDTIKH EK IFYDLLN SKRGIILCGP PGSGKTMIMN NALRNSSLYD VVGINFSKDT TTEHILSALH RHTNYVTTSK GLTLLPKSDI KNL VLFCDE INLPKLDKYG SQNVVLFLRQ LMEKQGFWKT PENKWVTIER IHIVGACNPP TDPGRIPMSE RFTRHAAILY LGYP SGKSL SQIYEIYYKA IFKLVPEFRS YTEPFARASV HLYNECKARY STGLQSHYLF SPRELTRLVR GVYTAINTGP RQTLR SLIR LWAYEAWRIF ADRLVGVKEK NSFEQLLYET VDKYLPNQDL GNISSTSLLF SGLLSLDFKE VNKTDLVNFI EERFKT FCD EELEVPMVIH ESMVDHILRI DRALKQVQGH MMLIGASRTG KTILTRFVAW LNGLKIVQPK IHRHSNLSDF DMILKKA IS DCSLKESRTC LIIDESNILE TAFLERMNTL LANADIPDLF QGEEYDKLLN NLRNKTRSLG LLLDTEQELY DWFVGEIA K NLHVVFTICD PTNNKSSAMI SSPALFNRCI INWMGDWDTK TMSQVANNMV DVIPMEFTDF IVPEVNKELV FTEPIQTIR DAVVNILIHF DRNFYQKMKV GVNPRSPGYF IDGLRALVKL VTAKYQDLQE NQRFVNVGLE KLNESVLKVN ELNKTLGSGS GSNIFEMLR IDEGLRLKIY KDTEGYYTIG IGHLLTKSPS LNAAKSELDK AIGRNTNGVI TKDEAEKLFN QDVDAAVRGI L RNAKLKPV YDSLDAVRRA ALINMVFQMG ETGVAGFTNS LRMLQQKRWD EAAVNLAKSR WYNQTPNRAK RVITTFRTGT WD AYGSGSG SSISLVKSLT FEKERWLNTT KQFSKTSQEL IGNCIISSIY ETYFGHLNER ERADMLVILK RLLGKFAVKY DVN YRFIDY LVTLDEKMKW LECGLDKNDY FLENMSIVMN SQDAVPFLLD PSSHMITVIS NYYGNKTVLL SFLEEGFVKR LENA IRFGS VVIIQDGEFF DPIISRLISR EFNHAGNRVT VEIGDHEVDV SGDFKLFIHS CDPSGDIPIF LRSRVRLVHF VTNKE (LIG)(LIG)SI ETRIFDITLT EENAEMQRKR EDLIKLNTEY KLKLKNLEKR LLEELNNSQG NMLENDELMV TLNNLKKE A MNIEKKLSES EEFFPQFDNL VEEYSIIGKH SVKIFSMLEK FGQFHWFYGI SIGQFLSCFK RVFIKKSRET RAARTRVDE ILWLLYQEVY CQFSTALDKK FKMIMAMTMF CLYKFDIESE QYKEAVLTMI GVLSESSDGV PKLTVDTNDD LRYLWDYVTT KSYISALNW FKNEFFVDEW NIADVVANSE NNYFTMASER DVDGTFKLIE LAKASKESLK IIPLGSIENL NYAQEEISKS K IEGGWILL QNIQMSLSWV KTYLHKHVEE TKAAEEHEKF KMFMTCHLTG DKLPAPLLQR TDRVVYEDIP GILDTVKDLW GS QFFTGKI SGVWSVYCTF LLSWFHALIT ARTRLVPHGF SKKYYFNDCD FQFASVYLEN VLATNSTNNI PWAQVRDHIA TIV YGGKID EEKDLEVVAK LCAHVFCGSD NLQIVPGVRI PQPLLQQSEE EERARLTAIL SNTIEPADSL SSWLQLPRES ILDY ERLQA KEVASSTEQL LQEMGSGSGS HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
50.0 mMPotassium AcetateK-Ac
2.0 mMMagnesium AcetateMg(Ac)2
1.0 mMEGTA
10.0 %Glycerol
80.0 uMCompound 20
0.2 %DMSO
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4893 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 7278
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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