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- EMDB-23827: Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23827
タイトルStructure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1
マップデータpostprocess with deepemhancer "tightTarget" model
試料
  • 複合体: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 41
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange C9orf72
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードcomplex / autophagy / ALS / GAP / small GTPase / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Atg1/ULK1 kinase complex / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / late endosome to lysosome transport / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of TORC1 signaling / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Atg1/ULK1 kinase complex / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / late endosome to lysosome transport / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of TORC1 signaling / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of immune response / regulation of autophagosome assembly / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / Flemming body / axon extension / presynaptic cytosol / negative regulation of exocytosis / positive regulation of autophagosome maturation / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / main axon / negative regulation of macroautophagy / protein kinase inhibitor activity / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of macroautophagy / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of TOR signaling / COPI-mediated anterograde transport / axonal growth cone / stress granule assembly / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / autophagosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / GTPase activator activity / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of GTPase activity / small monomeric GTPase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / regulation of autophagy / intracellular protein transport / P-body / cellular response to virus / autophagy / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / endocytosis / regulation of protein localization / presynapse / nuclear membrane / perikaryon / postsynapse / lysosome / postsynaptic density / endosome / neuron projection / protein domain specific binding / lysosomal membrane / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / dendrite / chromatin / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type ...WD repeat-containing protein 41 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / C9orf72-like protein family / Tripartite DENN C9ORF72-type domain profile. / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor 1 / Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / Guanine nucleotide exchange factor C9orf72 / WD repeat-containing protein 41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Su M-Y / Hurley JH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH2010086 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the ARF GAP activity and specificity of the C9orf72 complex.
著者: Ming-Yuan Su / Simon A Fromm / Jonathan Remis / Daniel B Toso / James H Hurley /
要旨: Mutation of C9ORF72 is the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontal temporal degeneration (FTD), which is attributed to both a gain and loss of function. C9orf72 ...Mutation of C9ORF72 is the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontal temporal degeneration (FTD), which is attributed to both a gain and loss of function. C9orf72 forms a complex with SMCR8 and WDR41, which was reported to have GTPase activating protein activity toward ARF proteins, RAB8A, and RAB11A. We determined the cryo-EM structure of ARF1-GDP-BeF bound to C9orf72:SMCR8:WDR41. The SMCR8 and C9orf72 domains form the binding pocket for ARF1. One face of the C9orf72 domain holds ARF1 in place, while the SMCR8 positions the catalytic finger Arg147 in the ARF1 active site. Mutations in interfacial residues of ARF1 and C9orf72 reduced or eliminated GAP activity. RAB8A GAP required ~10-fold higher concentrations of the C9orf72 complex than for ARF1. These data support a specific function for the C9orf72 complex as an ARF GAP. The structure also provides a model for the active forms of the longin domain GAPs of FLCN and NPRL2 that regulate the Rag GTPases of the mTORC1 pathway.
履歴
登録2021年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mge
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess with deepemhancer "tightTarget" model
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 264 pix.
= 248.16 Å		0.94 Å/pix.
x 264 pix.
= 248.16 Å		0.94 Å/pix.
x 264 pix.
= 248.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27 / ムービー #1: 0.27
最小 - 最大-0.001730138 - 1.9661589
平均 (標準偏差)0.00237881 (±0.035833158)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 248.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.940.940.94
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.160248.160248.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.0021.9660.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1

全体名称: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1
要素
  • 複合体: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 41
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide exchange C9orf72
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1

超分子名称: Complex of C9orf72:SMCR8:WDR41 with ARF1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: WD repeat-containing protein 41

分子名称: WD repeat-containing protein 41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.783805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLRWLIGGGR EPQGLAEKSP LQTIGEEQTQ NPYTELLVLK AHHDIVRFLV QLDDYRFASA GDDGIVVVWN AQTGEKLLEL NGHTQKITA IITFPSLESC EEKNQLILTA SADRTVIVWD GDTTRQVQRI SCFQSTVKCL TVLQRLDVWL SGGNDLCVWN R KLDLLCKT ...文字列:
MLRWLIGGGR EPQGLAEKSP LQTIGEEQTQ NPYTELLVLK AHHDIVRFLV QLDDYRFASA GDDGIVVVWN AQTGEKLLEL NGHTQKITA IITFPSLESC EEKNQLILTA SADRTVIVWD GDTTRQVQRI SCFQSTVKCL TVLQRLDVWL SGGNDLCVWN R KLDLLCKT SHLSDTGISA LVEIPKNCVV AAVGKELIIF RLVAPTEGSL EWDILEVKRL LDHQDNILSL INVNDLSFVT GS HVGELII WDALDWTMQA YERNFWDPSP QLDTQQEIKL CQKSNDISIH HFTCDEENVF AAVGRGLYVY SLQMKRVIAC QKT AHDSNV LHVARLPNRQ LISCSEDGSV RIWELREKQQ LAAEPVPTGF FNMWGFGRVS KQASQPVKKQ QENATSCSLE LIGD LIGHS SSVEMFLYFE DHGLVTCSAD HLIILWKNGE RESGLRSLRL FQKLEENGDL YLAV

UniProtKB: WD repeat-containing protein 41

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分子 #2: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8

分子名称: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.149094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MISAPDVVAF TKEEEYEEEP YNEPALPEEY SVPLFPFASQ GANPWSKLSG AKFSRDFILI SEFSEQVGPQ PLLTIPNDTK VFGTFDLNY FSLRIMSVDY QASFVGHPPG SAYPKLNFVE DSKVVLGDSK EGAFAYVHHL TLYDLEARGF VRPFCMAYIS A DQHKIMQQ ...文字列:
MISAPDVVAF TKEEEYEEEP YNEPALPEEY SVPLFPFASQ GANPWSKLSG AKFSRDFILI SEFSEQVGPQ PLLTIPNDTK VFGTFDLNY FSLRIMSVDY QASFVGHPPG SAYPKLNFVE DSKVVLGDSK EGAFAYVHHL TLYDLEARGF VRPFCMAYIS A DQHKIMQQ FQELSAEFSR ASECLKTGNR KAFAGELEKK LKDLDYTRTV LHTETEIQKK ANDKGFYSSQ AIEKANELAS VE KSIIEHQ DLLKQIRSYP HRKLKGHDLC PGEMEHIQDQ ASQASTTSNP DESADTDLYT CRPAYTPKLI KAKSTKCFDK KLK TLEELC DTEYFTQTLA QLSHIEHMFR GDLCYLLTSQ IDRALLKQQH ITNFLFEDFV EVDDRMVEKQ ESIPSKPSQD RPPS SSLEE CPIPKVLISV GSYKSSVESV LIKMEQELGD EEYKEVEVTE LSSFDPQENL DYLDMDMKGS ISSGESIEVL GTEKS TSVL SKSDSQASLT VPLSPQVVRS KAVSHRTISE DSIEVLSTCP SEALIPDDFK ASYPSAINEE ESYPDGNEGA IRFQAS ISP PELGETEEGS IENTPSQIDS SCCIGKESDG QLVLPSTPAH THSDEDGVVS SPPQRHRQKD QGFRVDFSVE NANPSSR DN SCEGFPAYEL DPSHLLASRD ISKTSLDNYS DTTSYVSSVA STSSDRIPSA YPAGLSSDRH KKRAGQNALK FIRQYPFA H PAIYSLLSGR TLVVLGEDEA IVRKLVTALA IFVPSYGCYA KPVKHWASSP LHIMDFQKWK LIGLQRVASP AGAGTLHAL SRYSRYTSIL DLDNKTLRCP LYRGTLVPRL ADHRTQIKRG STYYLHVQSM LTQLCSKAFL YTFCHHLHLP THDKETEELV ASRQMSFLK LTLGLVNEDV RVVQYLAELL KLHYMQESPG TSHPMLRFDY VPSFLYKI

UniProtKB: Guanine nucleotide exchange protein SMCR8

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分子 #3: Guanine nucleotide exchange C9orf72

分子名称: Guanine nucleotide exchange C9orf72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.391477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTLCPPPSP AVAKTEIALS GKSPLLAATF AYWDNILGPR VRHIWAPKTE QVLLSDGEIT FLANHTLNGE ILRNAESGAI DVKFFVLSE KGVIIVSLIF DGNWNGDRST YGLSIILPQT ELSFYLPLHR VCVDRLTHII RKGRIWMHKE RQENVQKIIL E GTERMEDQ ...文字列:
MSTLCPPPSP AVAKTEIALS GKSPLLAATF AYWDNILGPR VRHIWAPKTE QVLLSDGEIT FLANHTLNGE ILRNAESGAI DVKFFVLSE KGVIIVSLIF DGNWNGDRST YGLSIILPQT ELSFYLPLHR VCVDRLTHII RKGRIWMHKE RQENVQKIIL E GTERMEDQ GQSIIPMLTG EVIPVMELLS SMKSHSVPEE IDIADTVLND DDIGDSCHEG FLLNAISSHL QTCGCSVVVG SS AEKVNKI VRTLCLFLTP AERKCSRLCE AESSFKYESG LFVQGLLKDS TGSFVLPFRQ VMYAPYPTTH IDVDVNTVKQ MPP CHEHIY NQRRYMRSEL TAFWRATSEE DMAQDTIIYT DESFTPDLNI FQDVLHRDTL VKAFLDQVFQ LKPGLSLRST FLAQ FLLVL HRKALTLIKY IEDDTQKGKK PFKSLRNLKI DLDLTAEGDL NIIMALAEKI KPGLHSFIFG RPFYTSVQER DVLMT F

UniProtKB: Guanine nucleotide exchange factor C9orf72

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分子 #4: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.994572 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATEMRILMVG LDAAGKTTIL YKLKLGEIVT TIPTIGFNVE TVEYKNISFT VWDVGGQDKI RPLWRHYFQN TQGLIFVVDS NDRERVNEA REELMRMLAE DELRDAVLLV FANKQDLPNA MNAAEITDKL GLHSLRHRNW YIQATCATSG DGLYEGLDWL S NQLRNQ

UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1

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分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細concentration range of 0.16-0.2 mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 796219
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7mge:
Structure of C9orf72:SMCR8:WDR41 in complex with ARF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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