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- EMDB-2372: Negative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2372
タイトルNegative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex
マップデータNegative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment (residues 2-122).
試料
  • 試料: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122).
  • タンパク質・ペプチド: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F)
  • タンパク質・ペプチド: Colicin-E9
  • タンパク質・ペプチド: Protein TolB
キーワードColicins / Porins / Translocon
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / cell cycle / protein domain specific binding / cell division / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family ...TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / His-Me finger superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Colicin-E9 / Tol-Pal system protein TolB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Lukoyanova N / Housden NG / Hopper JTS / Rodriguez-Larrea D / Wojdyla JA / Klein A / Kaminska R / Bayley H / Robinson CV / Kleanthous C / Saibil HR
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Intrinsically disordered protein threads through the bacterial outer-membrane porin OmpF.
著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V ...著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V Robinson / Colin Kleanthous /
要旨: Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) ...Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) assembles a cytotoxic translocon at the surface of Escherichia coli that incorporates the trimeric porin OmpF. Formation of the translocon involved ColE9's unstructured N-terminal domain threading in opposite directions through two OmpF subunits, capturing its target TolB on the other side of the membrane in a fixed orientation that triggers colicin import. Thus, an intrinsically disordered protein can tunnel through the narrow pores of an oligomeric porin to deliver an epitope signal to the cell to initiate cell death.
履歴
登録2013年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年7月17日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0123
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2372_ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment (residues 2-122).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0123 / ムービー #1: 0.0123
最小 - 最大-0.00128456 - 0.07485089
平均 (標準偏差)0.00008634 (±0.00161523)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0010.0750.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF tr...

全体名称: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122).
要素
  • 試料: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122).
  • タンパク質・ペプチド: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F)
  • タンパク質・ペプチド: Colicin-E9
  • タンパク質・ペプチド: Protein TolB

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超分子 #1000: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF tr...

超分子名称: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122).
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment
Number unique components: 3
分子量実験値: 166.528 KDa / 理論値: 166.572 KDa / 手法: native state ESI-MS

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分子 #1: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F)

分子名称: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: OmpF / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane
分子量実験値: 111.294 KDa / 理論値: 111.253 KDa
配列UniProtKB: UNIPROTKB: C4ZQ55

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分子 #2: Colicin-E9

分子名称: Colicin-E9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: A33C colicin E9 residues 2-122 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Colicin-E9

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分子 #3: Protein TolB

分子名称: Protein TolB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: P201C TolBHis6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: periplasm
分子量理論値: 44 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Tol-Pal system protein TolB

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 1% (w/v) n-octyl-D-glucopyranoside, 20 mM MES
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds
グリッド詳細: 300 square mesh copper grid with ~9nm carbon support, negatively glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification
日付2012年12月11日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 92 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80925 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Individual images (n=15,500) of the digested translocon complex were interactively selected from micrographs using the EMAN/Boxer software package. Particle images were normalized and band-pass filtered between 150 A and 8 A. Both angular reconstitution sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model for projection matching, final reconstructions displayed similar features at ~20 A resolution estimated by FSC at 0.5 correlation.
CTF補正詳細: phases corrected only
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: CTFFIND, Spider, EMAN1/Boxer, Imagic, IMOD, Peet
詳細: Both reconstruction by angular reconstitution and selected sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model ...詳細: Both reconstruction by angular reconstitution and selected sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model for projection matching, final reconstructions displayed similar features at ~20 A resolution estimated by FSC at 0.5 correlation
使用した粒子像数: 7000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4jml

ソフトウェア名称: Chimera
詳細crystal structures were manually fitted into the EM map
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3o0e

ソフトウェア名称: Chimera
詳細crystal structures were manually fitted into the EM map
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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