[日本語] English
万見
- EMDB-2368: Negative-staining electron microscopy structure of the Agrobacter... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2368
タイトルNegative-staining electron microscopy structure of the Agrobacterium tumefaciens T-complex, composed of the protein VirE2 coating single-stranded DNA.
マップデータNegative-staining EM reconstruction of the Agrobacterium T-complex
試料
  • 試料: Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex
  • タンパク質・ペプチド: Agrobacterium tumefaciens VirE2 protein
  • DNA: short oligomeric 26mer DNA
キーワードT-complex / agrobacterium / helical reconstruction / negative staining
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Abu-Arish A / Frenkiel-Krispin D / Fricke T / Tzfira T / Citovsky V / Wolf SG / Elbaum M
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional reconstruction of Agrobacterium VirE2 protein with single-stranded DNA.
著者: Asmahan Abu-Arish / Daphna Frenkiel-Krispin / Tobin Fricke / Tzvi Tzfira / Vitaly Citovsky / Sharon Grayer Wolf / Michael Elbaum /
要旨: Agrobacterium tumefaciens infects plant cells by a unique mechanism involving an interkingdom genetic transfer. A single-stranded DNA substrate is transported across the two cell walls along with the ...Agrobacterium tumefaciens infects plant cells by a unique mechanism involving an interkingdom genetic transfer. A single-stranded DNA substrate is transported across the two cell walls along with the bacterial virulence proteins VirD2 and VirE2. A single VirD2 molecule covalently binds to the 5'-end of the single-stranded DNA, while the VirE2 protein binds stoichiometrically along the length of the DNA, without sequence specificity. An earlier transmission/scanning transmission electron microscopy study indicated a solenoidal ("telephone coil") organization of the VirE2-DNA complex. Here we report a three-dimensional reconstruction of this complex using electron microscopy and single-particle image-processing methods. We find a hollow helical structure of 15.7-nm outer diameter, with a helical rise of 51.5 nm and 4.25 VirE2 proteins/turn. The inner face of the protein units contains a continuous wall and an inward protruding shelf. These structures appear to accommodate the DNA binding. Such a quaternary arrangement naturally sequesters the DNA from cytoplasmic nucleases and suggests a mechanism for its nuclear import by decoration with host cell factors. Coexisting with the helices, we also found VirE2 tetrameric ring structures. A two-dimensional average of the latter confirms the major features of the three-dimensional reconstruction.
履歴
登録2013年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月29日-
マップ公開2013年6月5日-
更新2013年6月5日-
現状2013年6月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2368.jpg

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-staining EM reconstruction of the Agrobacterium T-complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 256. Å		3.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 256. Å		3.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0175 / ムービー #1: 0.0175
最小 - 最大-0.00776185 - 0.04504754
平均 (標準偏差)0.00569092 (±0.0096853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.23.23.2
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0080.0450.006

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex

全体名称: Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex
要素
  • 試料: Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex
  • タンパク質・ペプチド: Agrobacterium tumefaciens VirE2 protein
  • DNA: short oligomeric 26mer DNA

-
超分子 #1000: Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex

超分子名称: Negative-staining recosntruction of the Agrobacterium T-complex
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Helical assembly / 集合状態: Helical / Number unique components: 2

-
分子 #1: Agrobacterium tumefaciens VirE2 protein

分子名称: Agrobacterium tumefaciens VirE2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Negative-staining EM reconstruction of the Agrobacterium T-complex
集合状態: Helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
分子量理論値: 58 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
分子 #2: short oligomeric 26mer DNA

分子名称: short oligomeric 26mer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1.5% Uranyl acetate staining
グリッド詳細: Carbon coated grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER
詳細Protein was mixed with M13 circular single-stranded DNA.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2004年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Helical reconstruction using IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 12.11 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 84.7 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / ソフトウェア - 名称: Bsoft, Spider, IHRSR
CTF補正詳細: Phase-flipping

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る