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- EMDB-23605: Cryo-EM Structure of disulfide stabilized HMPV F v4-B -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23605
タイトルCryo-EM Structure of disulfide stabilized HMPV F v4-B
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: HMPV F v4-B
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSimons Foundation (SF349247) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Interprotomer disulfide-stabilized variants of the human metapneumovirus fusion glycoprotein induce high titer-neutralizing responses.
著者: Guillaume B E Stewart-Jones / Jason Gorman / Li Ou / Baoshan Zhang / M Gordon Joyce / Lijuan Yang / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kathryn E Foulds / Wing-Pui Kong / Adam S Olia / Mallika ...著者: Guillaume B E Stewart-Jones / Jason Gorman / Li Ou / Baoshan Zhang / M Gordon Joyce / Lijuan Yang / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kathryn E Foulds / Wing-Pui Kong / Adam S Olia / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Yongping Yang / Peter L Collins / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Diana G Scorpio / John R Mascola / Ursula J Buchholz / Peter D Kwong /
要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory disease worldwide, particularly among children and the elderly. Although there is no licensed HMPV vaccine, promising candidates have been ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory disease worldwide, particularly among children and the elderly. Although there is no licensed HMPV vaccine, promising candidates have been identified for related pneumoviruses based on the structure-based stabilization of the fusion (F) glycoprotein trimer, with prefusion-stabilized F glycoprotein trimers eliciting significantly higher neutralizing responses than their postfusion F counterparts. However, immunization with HMPV F trimers in either prefusion or postfusion conformations has been reported to elicit equivalent neutralization responses. Here we investigate the impact of stabilizing disulfides, especially interprotomer disulfides (IP-DSs) linking protomers of the F trimer, on the elicitation of HMPV-neutralizing responses. We designed F trimer disulfides, screened for their expression, and used electron microscopy (EM) to confirm their formation, including that of an unexpected postfusion variant. In mice, IP-DS-stabilized prefusion and postfusion HMPV F elicited significantly higher neutralizing responses than non-IP-DS-stabilized HMPV Fs. In macaques, the impact of IP-DS stabilization was more measured, although IP-DS-stabilized variants of either prefusion or postfusion HMPV F induced neutralizing responses many times the average titers observed in a healthy human cohort. Serological and absorption-based analyses of macaque responses revealed elicited HMPV-neutralizing responses to be absorbed differently by IP-DS-containing and by non-IP-DS-containing postfusion Fs, suggesting IP-DS stabilization to alter not only the immunogenicity of select epitopes but their antigenicity as well. We speculate the observed increase in immunogenicity by IP-DS trimers to be related to reduced interprotomer flexibility within the HMPV F trimer.
履歴
登録2021年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lze
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23605.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.867353 - 3.992982
平均 (標準偏差)0.0056837033 (±0.09117918)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 289.3704 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.09609848484851.09609848484851.0960984848485
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z289.370289.370289.370
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-1.8673.9930.006

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23605_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_23605_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_23605_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_23605_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HMPV F v4-B

全体名称: HMPV F v4-B
要素
  • 複合体: HMPV F v4-B
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HMPV F v4-B

超分子名称: HMPV F v4-B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 54.473844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCTDCPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LAREEQIEGG GGGGFVLGA IALGVATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGCLKTTNEC VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIAD ...文字列:
LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCTDCPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LAREEQIEGG GGGGFVLGA IALGVATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGCLKTTNEC VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIAD LCMAVSFSQF NRRFLNVVRQ FSDNAGITPA ISLDLMTDAE LARAVSYMPT SAGQIKLMLE NRAMVRRKGF GI LIGVYGS SVIYMVQLPI FGVIDTPCWI IKAAPSCSEK DGNYACLLRE DQGWYCKNAG STVYYPNDKD CETRGDHVFC DTA AGINVA EQSRECNINI STTNYPCKVS TGRHPISMVA LSPLGALVAC YKGVSCSIGS NRVGIIKQLP KGCSYITNQD ADTV TIDNT VYQLSKVEGE QHVIKGRPVS SSFDPICFPE DQFNVALDQV FESIENCQAL VDQSNKILNS AESAIGGYIP EAPRD GQAY VRKDGEWVLL STFLGGLVPR

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 64.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 59432
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5l1x

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7lze:
Cryo-EM Structure of disulfide stabilized HMPV F v4-B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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